九年，突厥犯边，诏元吉率师拒之，元吉因兵集，将与建成克期举事。长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德、侯君集等日夜固争曰："事急矣！若不行权道，社稷必危。周公圣人，岂无情于骨肉？为存社稷，大义灭亲。今大王临机不断，坐受屠戮，于义何成？若不见听，无忌等将窜身草泽，不得居王左右。"太宗然其计。六月三日，密奏建成、元吉淫乱后宫，因自陈曰："臣于兄弟无丝毫所负，今欲杀臣，似为世充、建德报仇。臣今枉死，永违君亲，魂归地下，实亦耻见诸贼。"高祖省之愕然，报曰："明日当勘问，汝宜早参。"四日，太宗将左右九人至玄武门自卫。高祖已召裴寂、萧瑀、陈叔达、封伦、宇文士及、窦诞、颜师古等，欲令穷覆其事。建成、元吉行至临湖殿，觉变，即回马，将东归宫府。太宗随而呼之，元吉马上张弓，再三不彀。太宗乃射之，建成应弦而毙，元吉中流矢而走，尉迟敬德杀之。俄而东宫及齐府精兵二千人结阵驰攻玄武门，守门兵仗拒之，不得入，良久接战，流矢及于内殿。太宗左右数百骑来赴难，建成等兵遂败散。高祖大惊，谓裴寂等曰："今日之事如何？"萧瑀、陈叔达进曰："臣闻内外无限，父子不亲，当断不断，反受其乱。建成、元吉，义旗草创之际，并不预谋；建立已来，又无功德，常自怀忧，相济为恶，衅起萧墙，遂有今日之事。秦王功盖天下，率土归心，若处以元良，委之国务，陛下如释重负，苍生自然乂安。"高祖曰："善！此亦吾之夙志也。"乃命召太宗而抚之曰："近日已来，几有投杼之惑。"太宗哀号久之。建成死时年三十八。长子太原王承宗早卒。次子安陆王承道、河东王承德、武安王承训、汝南王承明、钜鹿王承义并坐诛。太宗即位，追封建成为息王，谥曰隐，以礼改葬。葬日，太宗于宜秋门哭之甚哀，仍以皇子赵王福为建成嗣。十六年五月，又追赠皇太子，谥仍依旧。
卫王玄霸，高祖第三子也。早薨无子。武德元年，追赠卫王，谥曰怀。四年，封太宗子泰为宜都王以奉其祀，以礼改葬，太子以下送于郭外。泰后徙封于越，又以宗室赠西平王琼之子保定为嗣。贞观五年薨，无子，国除。
巢王元吉，高祖第四子也。义师起，授太原郡守，封姑臧郡公。寻进封齐国公，授十五郡诸军事、镇北大将军，留镇太原，许以便宜行事。武德元年，进爵为王，授并州总管。二年，刘武周南侵汾、晋，诏遣右卫将军宇文歆助元吉守并州。元吉性好畋猎，载网罟三十余两，尝言"我宁三日不食，不能一日不猎"，又纵其左右攘夺百姓。歆频谏不纳，乃上表曰："王在州之日，多出微行，常共窦诞游猎，蹂践谷稼，放纵亲昵，公行攘夺，境内六畜，因之殆尽。当衢而射，观人避箭以为笑乐。分遣左右，戏为攻战，至相击刺毁伤至死。夜开府门，宣淫他室。百姓怨毒，各怀愤叹。以此守城，安能自保！"元吉竟坐免。又讽父老诣阙请之，寻令复职。时刘武周率五千骑至黄蛇岭，元吉遣车骑将军张达以步卒百人先尝之。达以步卒少，固请不行。元吉强遣之，至则尽没于贼。达愤怒，因引武周攻陷榆次，进逼并州。元吉大惧，绐其司马刘德威曰："卿以老弱守城，吾以强兵出战。"因夜出兵，携其妻妾弃军奔还京师，并州遂陷。高祖怒甚，谓礼部尚书李纲曰："元吉幼小，未习时事，故遣窦诞、宇文歆辅之。强兵数万，食支十年，起义兴运之基，一朝而弃。宇文歆首画此计，我当斩之。"纲曰："赖歆令陛下不失爱子，臣以为有功。"高祖问其故，纲封曰："罪由窦诞不能规讽，致令军人怨愤。又齐王年少，肆行骄逸，放纵左右，侵渔百姓。诞曾无谏止，乃随顺掩藏，以成其衅，此诞之罪。宇文歆论情则疏，向彼又浅，王之过失，悉以闻奏。且父子之际，人所难言，而歆言之，岂非忠恳？今欲诛罪，不录其心，臣愚窃以为过。"翌日，高祖召纲入，升御坐，谓曰："今我有公，遂使刑罚不滥。元吉自恶，结怨于人。歆既曾以表闻，诞亦焉能禁制？皆非其罪也。"寻加授元吉侍中、襄州道行台尚书令、稷州刺史。四年，太宗征窦建德，留元吉与屈突通围王世充于东都。世充出兵拒战，元吉设伏击破之，斩首八百级，生擒其大将乐仁昉、甲士千余人。世充平，拜司空，余官如故，加赐衮冕之服、前后部鼓吹乐二部、班剑二十人、黄金二千斤，与太宗各听三炉铸钱以自给。六年，加授隰州总管。及与建成连谋，各募壮士，多匿罪人。复内结宫掖，递加称誉，又厚赂中书令封伦以为党助。由是高祖颇疏太宗而加爱元吉。太宗尝从高祖幸其第，元吉伏其护军宇文宝于寝内，将以刺太宗。建成恐事不果而止之，元吉愠曰："为兄计耳，于我何害！"九年，转左卫大将军，寻进位司徒、兼侍中，并州大都督、隰州都督、稷州刺史并如故。