臣蒙陛下曲垂天奖，弃瑕录用，授之刺举，又加连率。材轻职重，忧责更深，常思报效，冀酬万一，智力浅短，淹滞无成。久在海外，每从征役，军旅之事，实有所闻。具状封奏，伏愿详察。臣看见在兵募，手脚沉重者多，勇健奋发者少，兼有老弱，衣服单寒，唯望西归，无心展效。臣问："往在海西，见百姓人人投募，争欲征行，乃有不用官物，请自办衣粮，投名义征。何因今日募兵，如此伫弱？"皆报臣云："今日官府，与往日不同，人心又别。贞观、永徽年中，东西征役，身死王事者，并蒙敕使吊祭，追赠官职，亦有回亡者官爵与其子弟。从显庆五年以后，征役身死，更不借问。往前渡辽海者，即得一转勋官；从显庆五年以后，频经渡海，不被记录。州县发遣兵募，人身少壮、家有钱财、参逐官府者，东西藏避，并即得脱；无钱参逐者，虽是老弱，推背即来。显庆五年，破百济勋，及向平壤苦战勋，当时军将号令，并言与高官重赏，百方购募，无种不道。洎到西岸，唯闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，求住不得，公私困弊，不可言尽。发海西之日，已有自害逃走，非独海外始逃。又为征役，蒙授勋级，将为荣宠，频年征役，唯取勋官，牵挽辛苦，与白丁无别。百姓不愿征行，特由于此。"陛下再兴兵马，平定百济，留兵镇守，经略高丽。百姓有如此议论，若为成就功业？臣闻琴瑟不调，改而更张，布政施化，随时取适。自非重赏明罚，何以成功？臣又问："见在兵募，旧留镇五年，尚得支济；尔等始经一年，何因如此单露？"并报臣道："发家来日，唯遣作一年装束，自从离家，已经二年。在朝阳瓮津，又遣来去运粮，涉海遭风，多有漂失。"臣勘责见在兵募，衣裳单露，不堪度冬者，给大军还日所留衣裳，且得一冬充事。来年秋后，更无准拟。陛下若欲殄灭高丽，不可弃百济土地。余丰在北，余勇在南，百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦相影响，若无兵马，还成一国。既须镇压，又置屯田，事藉兵士，同心同德。兵士既有此议，不可胶柱因循，须还其渡海官勋及平百济向平壤功效。除此之外，更相褒赏，明敕慰劳，以起兵募之心。若依今日以前布置，臣恐师老且疲，无所成就。臣又见晋代平吴，史籍具载。内有武帝、张华，外有羊祜、杜预，筹谋策画，经纬谘询。王浚之徒，折冲万里，楼船战舰，已到石头。贾充、王浑之辈，犹欲斩张华以谢天下。武帝报云："平吴之计，出自朕意，张华同朕见耳，非其本心。"是非不同，乖乱如此。平吴之后，犹欲苦绳王浚，赖武帝拥护，始得保全。不逢武帝圣明，王浚不存首领。臣每读其书，未尝不抚心长叹。伏惟陛下既得百济，欲取高丽，须外内同心，上下齐奋，举无遗策，始可成功。百姓既有此议，更宜改调。臣恐是逆耳之事，无人为陛下尽言。自顾老病日侵，残生讵几？奄忽长逝，衔恨九泉，所以披露肝胆，昧死闻奏。
上深纳其言。又遣刘仁愿率兵渡海，与旧镇兵交代，仍授扶余隆熊津都督，遣以招辑其余众。扶余勇者，扶余隆之弟也，是时走在倭国，以为扶余丰之应，故仁轨表言之。于是仁轨浮海西还。初，仁轨将发带方州，谓人曰："天将富贵此翁耳！"于州司请历日一卷，并七庙讳，人怪其故，答曰："拟削平辽海，颁示国家正朔，使夷俗遵奉焉。"至是皆如其言。
麟德二年，封泰山，仁轨领新罗及百济、耽罗、倭四国酋长赴会，高宗甚悦，擢拜大司宪。乾封元年，迁右相，兼检校太子左中护，累前后战功，封乐城县男。三年，为熊津道安抚大使，兼浿江道总管，副司空李勣讨平高丽。总章二年，军回，以疾辞职，加金紫光禄大夫，听致仕。咸亨元年，复授陇州刺史。三年，征拜太子左庶子、同中书门下三品，监修国史。五年，为鸡林道大总管，东伐新罗。仁轨率兵径度瓠卢河，破其北方大镇七重城。以功进爵为公，并子侄三人，并授上柱国。州党荣之，号其所居为乐城乡三柱里。上元二年，拜尚书左仆射、同中书门下三品，兼太子宾客，依旧监修国史。仪凤二年，以吐蕃入寇，命仁轨为洮河道行军镇守大使。仁轨每有奏请，多被中书令李敬玄抑之，由是与敬玄不协。仁轨知敬玄素非边将才，冀欲中伤之，上言西蕃镇守事非敬玄莫可。高宗遽命敬玄代之。敬玄至洮河军，寻为吐蕃所败。永隆二年，兼太子太傅。未几，以老乞骸骨，听解尚书左仆射，以太子太傅依旧知政事。永淳元年，高宗幸东都，皇太子京师监国，遣仁轨与侍中裴炎、中书令薛元超留辅太子。二年，太子赴东都，又令太孙重照京师留守，仍令仁轨为副。则天临朝，加授特进，复拜尚书左仆射、同中书门下三品，专知留守事。仁轨复上疏辞以衰老，请罢居守之任，因陈吕后祸败之事，以申规谏。则天使武承嗣赍玺书往京慰喻之曰："今日以皇帝谅暗不言，眇身且代亲政。远劳劝诫，复表辞衰疾，怪望既多，徊徨失据。又云'吕后见嗤于后代，禄、产贻祸于汉朝'，引喻良深，愧慰交集。公忠贞之操，终始不渝；劲直之风，古今罕比。初闻此语，能不罔然；静而思之，是为龟镜。且端揆之任，仪刑百辟，况公先朝旧德，遐迩具瞻。愿以匡救为怀，无以暮年致请。"寻进封郡公。垂拱元年，从新令改为文昌左相、同凤阁鸾台三品。寻薨，年八十四。则天废朝三日，令在京百官以次赴吊，册赠开府仪同三司、并州大都督，陪葬乾陵，赐其家实封三百户。仁轨虽位居端揆，不自矜倨。每见贫贱时故人，不改布衣之旧。初为陈仓尉，相工袁天纲谓曰："君终当位邻台辅，年将九十。"后果如其言。仁轨身经隋末之乱，辑其见闻，著《行年记》，行于代。