二年四月丁丑，庞师古下彭门，枭时溥首以献。八月，帝遣庞师古移兵攻兖，驻于曲阜，与朱瑾屡战，皆败之。十二月，师古遣先锋葛从周引军以攻齐州，刺史朱威告急于兖、郓。既而朱瑄以援兵至，遂固其垒。
乾宁元年二月，帝亲领大军由郓州东路北次于鱼山。朱瑄觇知，即以兵径至，且图速战。帝整军出寨，时瑄、瑾已阵于前，须臾，东南风大起，我军旌旗失次，甚有惧色，即令骑士扬鞭呼啸。俄而西北风骤发，时两军皆在草莽中，帝因令纵火。既而烟焰亘天，乘势以攻贼阵，瑄、瑾大败。杀万余人，余众拥入清河，因筑京观于鱼山之下，驻军数日而还。
二年正月癸亥，遣朱友恭帅师复伐兖，遂堑而围之。未几，朱瑄自郓率步骑援粮欲入于兖，友恭设伏以败之，尽夺其饷于高吴，因擒蕃将安福顺、安福庆。二月己酉，帝领亲军屯于单父，以为友恭之援。四月，濠、寿二州复为杨行密所陷。是时，太原遣将史俨儿、李承嗣以万骑驰入于郓。朱友恭遂归于汴。八月，帝领亲军伐郓，至大仇，遣前军挑战，设伏于梁山以待之。既而获蕃将史完府，夺马数百匹。朱瑄脱身遁去，复入于郓。十月，帝驻军于郓，齐州刺史朱琼遣使请降，琼即瑾之从父兄也。帝因移军至兖，琼果来降。未几，琼为朱瑾所绐，掠而杀之，帝即以其弟玭为齐州防御使。十一月，朱瑄复遣将贺瑰、柳存及蕃将何怀宝等万余人以袭曹州，庶解兖州之围也。帝知之，自兖领军策马先路至钜野南，追而败之，杀戮将尽，生擒贺瑰、柳存、何怀宝及贼党三千余人。是日申时，狂风暴起，沙尘沸涌，帝曰：“此乃杀人未足耳。”遂下令尽杀所获囚俘，风亦止焉。翼日，絷贺瑰等以示于兖。帝素知瑰名，乃释之，惟斩何怀宝于兖城之下，乃班师。十二月，葛从周领兵复伐兖。既至，与朱瑾战于垒下，杀千余众，擒其将孙汉筠已下二十人，遂旋师。
三年正月，河东李克用既破邠州，欲谋争霸，乃遣蕃将张污落以万骑寨于河北之莘县，声言欲救兖、郓。魏博节度使罗宏信患之，使来求援。二月，帝领亲军屯于单父，会寒食，帝乃亲拜文穆皇帝陵于砀日县午沟里。四月辛酉，河东泛涨，将坏滑城。帝令决堤岸以分其势为二河，夹滑城而东，为害滋甚。是月，帝遣许州刺史朱友恭领兵万人渡淮，以便宜从事。时黄、鄂二州累遣使求援，故有是行。五月，命葛从周统军屯于洹水，以备蕃军。六月，李克用帅蕃汉诸军营于斥丘，遣其男落落将铁林小儿三千骑薄于洹水，从周与战，大败之，生擒落落以献。克用悲骇，请修旧好以赎其子，帝不许，遂执落落送于罗宏信，斩之。越七日，我军还屯阳留以伐郓。八月，复壁于洹水。是时，昭宗幸华州，遣使就加帝检校太师，守中书令。
四年正月，帝以洹水之师大举伐郓。辛卯，营于济水之次，庞师古令诸将撤木为桥。乙未夜，师古以中军先济，声振于郓，朱瑄闻之，弃壁夜走。葛从周逐之至中都北，擒瑄并其妻男以献。寻斩汴桥下。郓州平，乙亥，帝入于郓，以朱友裕为郓州兵马留后。时帝闻朱瑾与史俨儿在丰沛间搜索粮馈，惟留康怀英以守兖州，帝因乘胜遣葛从周以大军袭兖。怀英闻郓失守，俄又我军大至，乃出降；朱瑾、史俨儿遂奔淮南。兖、海、沂、密等州平。乃以葛从周为兖州留后。五月丁丑，朱友恭遣使上言，大破淮寇于武昌，收复黄、鄂二州。八月，陕州节度使王珙遣使来乞师。是时，珙弟珂实为蒲帅，迭相愤怒，日寻干戈，而珙兵寡，故来求援。帝遣张存敬、杨师厚等领兵赴陕，既而与蒲人战于猗氏，大败之。九月，帝以兖、郓既平，将士雄勇，遂大举南征。命庞师古以徐、宿、宋、滑之师直趋清口，葛从周以兖、郓、曹、濮之众径赴安丰。淮人遣朱瑾领兵以拒师古，因决水以浸军，遂为淮人所败，师古没焉。葛从周行及濠梁，闻师古之败，亦命班师。