八月乙酉，供奉官张承业赍诏告谕。泾帅张铛已领步骑三万于京西北，扼邠、岐之路。武皇进营渭北，遣史俨将三千骑往石门扈驾，遣李存信、李存审会鄜延之兵攻行瑜之梨园寨。天子削夺行瑜官爵，以武皇为天下兵马都招讨使，以鄜州李思孝为北面招讨使，以泾州张铛为西南面招讨使。天子又遣延王、丹王赐武皇御衣及大将茶酒、弓矢，命二王兄事武皇。延王传天子密旨云：“日昨非卿至此，已为贼庭行酒之人矣。所虑者二凶缔合，卒难翦除，且欲姑息茂贞，令与卿修好，俟枭斩行瑜，更与卿商量。”武皇上表，请驾还京。令李存节领二千骑于京西北，以防邠贼奔突。辛亥，天子还宫，加武皇守太师、中书令、邠宁四面行营都统。
时王行瑜弟兄固守梨园寨，我师攻之甚急，李茂贞遣兵万余来援行瑜，营于龙泉镇，茂贞自率兵三万迫咸阳。武皇奉请诏茂贞罢兵，兼请削夺茂贞官爵。诏曰：“茂贞勒兵，盖备非常，寻已发遣归镇。”又言：“茂贞已诛李继鹏、李继晸，卿可切戒兵甲，无犯土疆。”武皇请赐河中王珂旌节，三表许之。又表李罕之为副都统。
十月丙戌，李存信于梨园寨北遇贼军，斩首千余级，自是贼闭壁不出。戊子，天子赐武皇内弟子四人，又降朱书御札，赐魏国夫人陈氏。是月，王行瑜因败衄之后，闭壁自固，武皇令李罕之昼夜急攻，贼军乏食，拔营而去。李存信与罕之等先伏军于厄路，俟贼军之至，纵兵击之，杀戮万计。是日，收梨园等三寨，生擒行瑜之子知进，并毌丘氏、大将李元福等二百人，送赴阙庭。庚寅，王行约、王行实烧劫宁州遁走，宁州守将徐景乞降。武皇表苏文建为邠州节度使，且于宁州为治所。十一月丁巳，收龙泉寨。时行瑜以精甲五千守之，李茂贞出兵来援，为李罕之所败，邠贼遂弃龙泉寨而去。行瑜复入邠州，大军进逼其城，行瑜登城号哭曰：“行瑜无罪，昨杀南北司大臣，是岐帅将兵胁制主上，请治岐州，行瑜乞束身归朝。”武皇报曰：“王尚父何恭之甚耶！仆受命讨三贼臣，公其一也。如能束身归阙，老夫未敢专命，为公奏取进止。”行瑜惧，弃城而遁。武皇收其城，封府库，遽以捷闻。既而庆州奏，王行瑜将家属五百人到州界，为部下所杀，传首阙下。武皇既平行瑜，还军渭北。
十二月，武皇营于云阳，候讨凤翔进止。乙未，天子赐武皇为忠贞平难功臣，进封晋王，加实封二百户。武皇复上表请讨李茂贞，天子不允。武皇私谓诏使曰：“观主上意，疑仆别有他肠，复何言哉！但祸不去胎，忧患未已。”又奏：“臣统领大军，不敢径赴朝觐。”遂班师。
乾宁三年正月，汴人大举以攻兖、郓，朱瑄、朱瑾再乞师于武皇，假道于魏州，罗宏信许之。乃令都指挥使李存信将步骑三万与李承嗣、史俨会军，以拒汴人。存信军于莘，与朱瑾合势，频挫汴军，汴帅患之，乃间魏人。存信御兵无法，稍侵魏之刍牧者，宏信乃与汴帅通，出师三万攻存信军。存信揭营而退，保于洺州。三月，武皇大掠相、魏诸邑，攻李固、洹水，杀魏兵万余人，进攻魏州。五月，汴将葛从周、氏叔琮引兵赴援。
六月，李茂贞举兵犯京师。七月，车驾幸华州。是月，武皇与汴军战于洹水之上，铁林指挥使落落被擒。落落，武皇之长子也。既战，马踣于坎，武皇驰骑以救之，其马亦踣，汴之追兵将及，武皇背射一发而毙，乃退。
九月，李存信攻魏之临清，汴将葛从周等引军来援，大败于宗城北。存信进攻魏州。十月，武皇败魏军于白龙潭，追击至观音门，汴军救至，乃退。十一月，武皇征兵于幽、镇、定三州，将迎驾于华下，幽州刘仁恭托以契丹入寇，俟敌退听命。
乾宁四年正月，汴军陷兖、郓，骑将李承嗣、史俨与朱瑾同奔于淮南。三月，陕帅王珙攻河中，王珂来告难；武皇遣李嗣昭率二千骑赴之，破陕军于猗氏，乃解河中之围。至是，天子遣延王戒丕至晋阳，传宣旨于武皇：“朕不取卿言，以及于此，苟非英贤竭力，朕何由再谒庙廷！在卿表率，予所望也。”
七月，武皇复征兵于幽州，刘仁恭辞旨不逊，武皇以书让之；仁恭捧书谩骂，抵之于地，仍囚武皇之行人。八月，大举以伐仁恭。九月，师次蔚州。戊寅，晨雾晦暝，占者云不利深入。辛巳，攻安塞，俄报“燕将单可及领骑军至矣。”武皇方置酒高会，前锋又报“贼至矣”！武皇曰：“仁恭何在？”曰：“但见可及辈。”武皇张目怒曰：“可及辈何足为敌！”仍促令出师。燕军已击武皇军寨，武皇乘醉击贼，燕军披靡。时步兵望贼而退，为燕军所乘，大败于木瓜涧。俄而大风雨震电，燕军解去，武皇方醒。甲午，师次代州，刘仁恭遣使谢罪于武皇，武皇亦以书报之，自此有檄十余返。