二年，王处存合忠武之师，败贼将尚让，乘胜入京师，贼遁去。处存不为备，是夜复为贼寇袭，官军不利。贼怒坊市百姓迎王师，乃下令洗城，丈夫丁壮，杀戮殆尽，流血成渠。九月，贼将同州刺史朱温降重荣。十一月，李克用率代北之师，自夏阳渡河，屯沙苑。
三年正月，败黄揆于沙苑，进营乾坑。二月，贼将林言、赵章、尚让率众十万援华州。克用合河中、易定、忠武之师，战于梁田坡，大败贼军，俘斩数万，乘胜攻华州，堑栅以环之。克用骑军在渭北，令薛志勤、康君立每夜突入京师，燔积聚，俘级而旋。黄揆弃华州，官军收城。四月八日，克用合忠武骑将庞从遇贼于渭南，决战三捷，大败贼军。十日夜，贼巢散走。诘旦，克用由光泰门入，收京师。巢贼出蓝田、七盘路，东走关东。天下兵马都监押杨复光露布献捷于行在，陈破贼事状曰：
顷者妖兴雾市，盗啸丛祠，而岳牧藩侯，备盗不谨。谓大同之运，常可容奸；谓无事之秋，纵其长恶。贼首黄巢，因得充盈窟穴，蔓延萑蒲，驱我蒸黎，徇其凶逆。展鉏鹤以成锋刃，杀耕牛以恣燔炮，魑魅昼行，虺蜴夜噬。自南海失守，湖外丧师，养虎灾深，驯枭逆大，物无不害，恶靡不为，豺狼贻朝市之忧，疮磐及腹心之痛。遂至毒流万姓，盗污两京。衣冠衔涂炭之悲，郡邑起丘墟之叹。万方共怒，十道齐攻，伏九庙之威灵，殄积年之凶丑。
河中节度使王重荣神资壮烈，天付机谋，誓立功名，志安家国。至于屯田待敌，率士当冲，收百姓十万余家，降贼党三万余众。法当持重，功遂晚成，久稽原野之刑，未快雷霆之怒。自收同、华，逼近京师，夕烽高照于国门，游骑俯临于灞岸。既知四隅断绝，百计奔冲，如穷鸟触笼，似飞蛾赴烛。
雁门节度使李克用神传将略，天付忠贞，机谋与武艺皆优，臣节共本心相称。杀贼无非手刃，入阵率以身先，可谓雄才，得名飞将。自统本军南下，与臣同力前驱，虽在寝餐，不忘寇孽。
今月八日，遣衙队前锋杨守宗、河中骑将白志迁、横野军使满存、蹑云都将丁行存、朝邑镇将康师贞、忠武黄头军使庞从等三十都，随李克用自光泰门先入京师，力摧凶寇。又遣河中将刘让、王环、冀君武、孙珙，忠武将乔从遇，郑滑将韩从威，荆南将申屠悰，沧州将贾滔，易定将张仲庆，寿州将张行方，天德将顾彦朗，左神策弩手甄君楚、公孙佐，横冲军使杨守亮，蹑云都将高周彝，忠顺都将胡真，绛州监军毛宣伯、聂弘裕等七十都继进。贼尚为坚阵，来抗官军。雁门李克用率励骁雄，整齐金革，叫噪而声将动瓦，喑呜而气欲吞沙，宽列戈矛，密张罗网。于是麾军背击，分骑横冲，日明而剑跃飞轮，风急而旗开走电。使贼如浪，便可塞流；使贼如山，亦须折角。蹂践则横尸入地，腾凌则积血成尘，不烦即墨之牛，若驾昆阳之象。杨守宗等齐驱直入，合势夹攻，从卯至申，群凶大溃。自望春宫前蹙杀，至昇阳殿下攻围，戈不滥挥，矢无虚发。其贼一时奔走，南入商山，徒延漏刃之生，伫作饮头之器。
自收平京阙，二面皆立大功；若破敌摧凶，李克用实居其首。其余将佐，同效驱驰。兼臣所部领万余人，数岁栉风沐雨。既兹平荡，并录以闻。
五月，巢贼先锋将孟楷攻蔡州，节度使秦宗权以兵逆战，为贼所败。攻城急，宗权乃称臣于贼。遂攻陈、许，营于溵水。陈州刺史赵犨迎战，败贼前锋，生擒孟楷，斩之。黄巢素宠楷，悲惜之。乃悉众攻陈州，营于城北五里，为宫阙之制，曰八仙营。于是自唐、邓、许、汝、孟、洛、郑、汴、曹、濮、徐、兖数十州，毕罹其毒。贼围陈郡百日，关东仍岁无耕稼，人饿倚墙壁间，贼俘人而食，日杀数千。贼有舂磨砦，为巨碓数百，生纳人于臼碎之，合骨而食，其流毒若是。
赵犨求援于太原。四年二月，李克用率山西诸军，由蒲、陕济河，会关东诸侯，赴援陈州。三月，诸侯之师复集。四月，官军败贼于太康，俘斩万计，拔其四壁。又败贼将黄邺于西华，拔其壁。巢贼大恐，收军营于故阳里，官军进攻之。五月，大雨震雷，平地水深三尺，坏贼垒，贼自离散，复聚于尉氏，逼中牟。翌日，营汴水北。是日，复大雨震电，沟塍涨流。贼分寇汴州，李克用自郑州引军袭击，大败之，获贼将李用、杨景。残众保胙县、冤句，官军追讨，贼无所保。其将李谠、杨能、霍存、葛从周、张归厚、张归霸各率部下降于大梁，尚让率部下万人归时溥。贼自相猜间，相杀于营中，所残者千人，中夜遁去。克用追击至济阴而还。贼散于兖、郓界。黄巢入泰山，徐帅时薄遣将张友与尚让之众掩捕之。至狼虎谷，巢将林言斩巢及二弟邺、揆等七人首，并妻子皆送徐州。是月贼平。