五月甲申，以大学士、九卿改和珅所拟李侍尧监候为斩决，谕各督抚各抒所见，定拟题奏。丁亥，上还京师。癸巳，赐汪如洋等一百五十五人进士及第出身有差。丁酉，宥孙士毅罪。己亥，上秋狝木兰。乙巳，上驻跸避暑山庄。甲寅，免湖北沔阳等五州县本年水灾额赋。乙卯，召大学士三宝入阁办事。调富勒浑为闽浙总督，舒常为湖广总督。丁卯，以和珅为正白旗领侍卫内大臣。庚午，江苏睢宁郭家渡河决。
秋七月丁丑，起孙士毅为编修。丁酉，班禅额尔德尼自后藏入觐，上御清旷殿，赐坐，赐茶。戊戌，顺天良乡永定河决。庚子，上御万树园，赐班禅额尔德尼及王、公、大臣，蒙古王、贝勒、贝子、公、额驸、台吉等宴，并赐冠服金币有差。辛丑，山东曹县及河南考城河决。壬寅，以李本为贵州巡抚。
八月戊申，赈河南宁陵等四县水灾。乙卯，大学士程景伊卒。丁巳，永定河决口合龙。湖北巡抚郑大进贡金器，不纳，切责之。己未，上七旬万寿节，御澹泊敬诚殿，王、公、大臣及蒙古王、贝勒、贝子、额驸、台吉等行庆贺礼。癸酉，调闵鹗元为江苏巡抚，农起为安徽巡抚。甲戌，上诣东西陵，免经过地方本年额赋十分之三。赈浙江诸暨等七县水灾。
九月，以嵇璜为文渊阁大学士，蔡新为吏部尚书、协办大学士。调周煌为兵部尚书，以周元理为工部尚书。壬午，上谒昭西陵、孝陵、孝东陵、景陵，诣孝贤皇后陵奠酒。辛卯，上谒泰陵、泰东陵。睢宁郭家渡决口合龙。乙未，上还京师。乙巳，赈吉林珲春水灾。
冬十月戊申，定李侍尧斩监候。调雅德为河南巡抚。辛酉，免河南仪封等六县本年水灾额赋。壬戌，免直隶霸州等六十三州县本年水灾额赋。免江苏清河等八州县卫本年水旱额赋。免甘肃皋兰等三十五厅州县四十四年水灾额赋。甲戌，命博清额署左都御史，和珅仍兼署理藩院尚书。
十一月庚辰，命博清额为钦差大臣，护送班禅额尔德尼往穆鲁乌苏地方。壬午，以庆桂为乌里雅苏台将军。癸未，班禅额尔德尼卒於京师。
十二月乙卯，赈甘肃皋兰等十八厅州县饥民。庚申，以会同四译馆屋坏，压毙朝鲜人，礼部尚书等下部严议。丁卯，命阿桂会同陈辉祖、富勒浑、李质颖勘视海塘。
四十六年春正月己卯，定蒙古喀尔喀，青海杜尔伯特、土尔扈特、和硕特，回部王、公、札萨克、台吉等世袭爵秩。丙申，朝鲜国王李算表谢赐缎匹，仍贡方物，温谕受之。癸卯，召富勒浑、李质颖来京。以陈辉祖为闽浙总督，兼管浙江巡抚，督办塘工。调李奉翰为江南河道总督，韩鑅为河东河道总督。
二月丙辰，免浙江诸暨水灾额赋。癸亥，命阿桂勘视江南、河南河工。乙丑，上西巡五台山，免经过地方本年额赋十分之三。丙寅，免顺天保定七府州县逋赋。己巳，调雅德为山西巡抚。庚午，以富勒浑为河南巡抚。王燧论绞。
三月甲戌朔，上幸正定府阅兵。乙亥，免安徽亳州等九州县、凤阳等三卫水灾额赋有差。丙子，免江苏清河等八州县卫水灾额赋有差。戊寅，召庆桂来京，以巴图署乌里雅苏台将军。辛巳，上驻跸五台山。己丑，免甘肃皋兰等十五厅州县雹灾额赋有差。甲午，以宗室嵩椿为绥远城将军。庚子，上还京师。壬寅，甘肃循化厅撒拉尔回匪苏四十三等作乱，陷河州，命西安提督马彪同勒尔谨剿之。癸卯，回匪犯兰州，命阿桂往甘肃调度剿贼机宜。
夏四月甲申朔，命尚书和珅、额驸拉旺多尔济、领侍卫内大臣海兰察，并巴图鲁侍卫等，赴甘肃剿贼。乙巳，命安徽巡抚农起往甘肃办理军需，宥李侍尧罪，赏三品顶戴赴甘肃。己酉，甘肃官军收复河州，仁和进援省城。庚申，休致大理寺卿尹嘉铨坐妄请其父从祀孔庙及著书狂悖，处绞。免直隶霸州等五十厅州县水灾额赋。戊辰，赐钱棨等一百六十九人进士及第出身有差。庚午，逮勒尔谨，以李侍尧管理陕甘总督事，未至，以阿桂兼管之。召和珅回京。辛未，免安徽寿州等十二州县卫、河南仪封等五县水灾额赋。
五月辛卯，谕阿桂等除回民新教。
闰五月癸卯朔，勒尔谨论斩。己酉，免江苏阜宁等七县卫逋赋。庚戌，上秋狝木兰。丙辰，上驻跸避暑山庄。
六月庚辰，江苏睢宁魏家庄河决。己丑，以甘肃累年冒赈，命刑部严鞫勒尔谨，逮王亶望至都。壬辰，免陕西西安等十二府州民欠仓穀。癸巳，甘肃回匪苏四十三等伏诛。