八月丁巳，以直隶天津、河间二府水灾重，免因灾缓徵额赋。戊午，永定河南工决口合龙。己巳，以明岁御宇届六十年，普免各省漕粮一次。甲戌，上回跸。调福宁为河南巡抚，穆和蔺为山东巡抚，江兰护之。福康安奏四川大宁教匪谢添秀等传习邪教，蔓延陕西、湖北、河南，谕严为捕治。丁丑，免直隶通州等二十三州县逋赋。甲申，毕沅降山东巡抚，罚缴湖广总督养廉五年。以福宁为湖广总督，穆和蔺留为河南巡抚。
九月己丑，赈湖北沔阳等州县水灾。丙申，以秀林为吉林将军。己亥，赈福建漳、泉二府水灾。减直隶遵化内务府官地租。命福宁驻襄阳，督缉邪教案犯。辛丑，以校正石经，加彭元瑞太子少保衔。癸卯，赈广东高要等县水灾。以湖北来凤县教匪段汉荣等纠众拒捕，谕责毕沅废弛。戊申，免齐齐哈尔等三城水灾逋赋。
冬十月丙辰，免河南汲县等九县、山东临清等十州县逋赋。壬戌，勒保奏获邪教首犯刘松。命安徽严缉其徒刘之协。癸亥，荷兰入贡。乙丑，免福建漳州府属四厅州县本年水灾额赋。戊辰，命将科布多威豁尔等七卡移驻原处北界，馀地赏杜尔伯特汗玛克素尔札布等游牧。己卯，调陈用敷为湖北巡抚，惠龄为安徽巡抚。辛巳，释恒秀罪。
十一月丙戌，以河南扶沟县知县刘清鼐疏防刘之协潜逃，革逮，穆和蔺下部严议。壬辰，免山东临清等州县本年漕赋。壬寅，命富纲署刑部尚书。甲辰，穆和蔺褫职，发乌鲁木齐效力。以阿精阿为河南巡抚。
十二月丙辰，普免各省积年逋赋。丙子，吏部尚书金简卒，以保宁代之。以明亮为伊犁将军。戊寅，命舒亮为黑龙江将军。改绥远城将军图桑阿为西安将军，以永琨代之。
六十年春正月甲申朔，日食，免朝贺。乙酉，赈直隶天津等二十州县、河南汲县等十四县、山东临清等十州县上年被水贫民有差。丙戌，召苏凌阿来京，调福宁为两江总督，复以毕沅为湖广总督，玉德为山东巡抚。戊子，调陈用敷为贵州巡抚，英善为湖北巡抚，毕沅兼署。乙未，以固伦额驸丰绅殷德为内务府大臣。辛丑，免山东积年逋赋。庚戌，免江苏积年逋赋。免江西应缓徵银穀。
二月癸丑朔，免广东积年逋赋。陈用敷以查拏要犯刘之协办理错谬，褫职逮问。调姚棻为贵州巡抚，以成林为广西巡抚。丙辰，免陕西积年逋赋。贵州松桃厅苗匪石柳邓等、湖南永绥苗匪石三保等作乱。戊午，湖南苗匪陷乾州厅，同知宋如椿等死之。命福康安往剿，毕沅驻常德筹办粮饷。庚申，以大学士阿桂等书上谕不能称旨，停甄叙，侍郎成策等下部议处。予总督福康安等议叙。辛酉，贵州苗匪围镇远镇总兵珠隆阿於正大营。免奉天广宁、锦州旗地逋赋。免甘肃皋兰等四十五州县积年逋赋。丙寅，命四川总督和琳赴酉阳州备苗，孙士毅仍留四川办理报销。丁卯，免浙江积年民地灶地逋赋。己巳，苗匪陷永绥厅鸦酉寨，镇筸镇总兵明安图等死之。辛未，湖南永顺苗匪张廷仲等作乱，扰保靖、泸溪。丙子，免安徽积年逋赋。壬午，贵州苗匪扰思南、印江一带，窜入四川秀山。福康安赴铜仁督剿。命德楞泰领巴图鲁侍卫等赴贵州军营。
闰二月乙酉，福康安奏解正大营之围。壬辰，冯光熊留为贵州巡抚，调姚棻为云南巡抚。以苗匪乱，免贵州铜仁府属松桃、正大等处额赋。乙未，上诣东陵，免经过地方钱粮十分之三。戊戌，上谒昭西陵、孝陵、孝东陵、景陵。己亥，福康安奏解嗅脑围。乙巳，福康安奏攻克石城，剿除岩洞苗匪。丁未，上谒泰陵、泰东陵，尊孝贤皇后陵。免两淮场灶积欠。戊申，福康安奏解松桃之围。
三月乙卯，和琳奏肃清秀山后路，命往松桃与福康安会剿。以孙士毅署四川总督。己未，福康安奏殄除长冲、卡落苗匪，进兵楚境。命额勒登保迅赴福康安军营。己卯，福康安奏解湖南永绥匪围。
夏四月辛卯，台湾彰化匪徒陈周全等作乱，陷县城，寻复之。癸巳，窦光鼐以会试衡文失当，降调。以朱珪为左都御史，仍留广东巡抚任。己亥，以魁伦劾洋盗肆行，命浦霖来京候旨，调姚棻为福建巡抚，以魁伦署之，江兰为云南巡抚。庚子，赐王以衔等一百十一人进士及第出身有差。癸卯，赏会试荐卷文理较优之举人徐炘、傅淦、李端内阁中书。戊申，上诣广润祠祈雨。是夜，雨。丁未，免贵州官兵经过地方本年额赋有差。福康安等奏克黄瓜寨。己酉，以福宁、惠龄经理湖南军务未竣，命苏凌阿仍署两江总督，费淳为安徽巡抚。庚戌，免福建龙溪等四县上年水灾额赋有差。匪首陈周全等伏诛。