十一月壬寅朔，以王庆云为陕西巡抚。丙午，福建官军克复厦门。安徽贼陷舒城，办团大臣侍郎吕贤基死之。庚戌，贼陷仪徵。癸丑，命侍郎曾国藩督带水师剿贼安徽。丁卯，胜保剿贼独流，不利，阵殁副都统佟鉴，赠将军赐恤。
十二月甲戌，扬州贼溃围出，官军复其城，琦善、慧成等均褫职从军。乙亥，诏以黄州贼〈舟宗〉麕集，饬吴文镕出省剿贼。戊子，琦善复仪徵。己丑，贼陷庐州，江忠源死之。以福济为安徽巡抚，邵灿为漕运总督。丙申，以侍郎杜翰为军机大臣。翁心存罢，以赵光为工部尚书。己亥，祫祭太庙。
是岁，免奉天、直隶、山东、山西、浙江、湖北、湖南、广西、云南、甘肃等省三百四十四厅州县卫灾赋。又免甘肃中卫地震银粮、草束各有差。朝鲜、琉球、暹罗、越南、缅甸、南掌入贡。
四年甲寅春正月辛丑朔，蒙古各盟长亲王、郡王迭次报效军需银两，温旨嘉奖，均卻还之。乙巳，拨内库银三十万两解赴胜保军营。庚戌，官军克独流镇，踞匪回窜。壬子，张芾罢，以陈启迈为江西巡抚。王履谦疏陈河南吏治废弛，军需浮冒，河工糜费。下英桂查覆。丙辰，浙江海运漕米改由刘河口放洋，命江苏派员设局。己未，命福济经理淮北盐务。以王懿德为闽浙总督，吕佺孙为福建巡抚。辛酉，袁甲三疏请事关筹饟，由军机处径交所司，勿发内阁，从之。乙丑，命广东购办夷炮运赴武昌。丙寅，贼踞束城村，严诏僧格林沁、胜保迅速剿擒。丁卯，湖北进攻黄州兵溃，总督吴文镕，署按察使、前布政使唐树义死之。户部议覆四川学政何绍基捐廉疏上违式用骈文，上责祁俊藻曰：“当阅何绍基疏时，卿亦议其迂拘，何为尤而效之？大学士管部，乃不能动司官稿一字乎！”贼窜献县东城庄，僧格林沁、胜保合军击之。贼窜陷阜城，分股窜山东。己巳，江苏六合县绅团力保危城，诏嘉之，免一年钱粮。
二月丁丑，上御经筵。己卯，许乃普罢直南书房，降内阁学士。以朱凤标为刑部尚书，周祖培为左都御史。起翁心存为吏部左侍郎。辛巳，以台涌为湖广总督。壬午，曾国藩奏统带水陆师万七千人，自衡州起程驰赴湖北。癸巳，奕兴罢，以英隆为盛京将军。曾国藩疏请前巡抚杨健之孙杨江捐银二万两，准杨健入祀乡贤祠。得旨：“杨健系休致之员，乡贤钜典，非可以捐纳得之。曾国藩不应遽为陈请，下部议处。”军兴以来，饟空事棘，而帝於名器犹慎之如此。予殉难安徽布政使刘裕珍世职，谥勤壮。癸未，前协办大学士汤金钊、兵部尚书特登额重宴鹿鸣，加宫衔，赐御书匾额。丙戌，张亮基奏获戕害大员之贼目王小涌，摘心遥祭。得旨，即传知佟鉴、谢子澄家属告祭。命托明阿帮办僧格林沁军务。癸巳，以青麟为湖北巡抚，崇纶丁忧，仍同守城。戊戌，张亮基奏捻贼渡河由丰县窜入单县，官兵迎击获胜，复陷金乡。
三月庚子朔，张亮基奏贼陷钜野、郓城。辛丑，命载龄带兵一千驻防河间，桂龄、台禄带马步兵千五百驻防德州。骆秉章奏贼陷岳州，曾国藩回省防堵，留候补道胡林翼楚南剿贼。壬寅，贼陷阳穀，知县文颖莅任五日，死之，优恤建祠。甲辰，贼由阳穀、冠县窜至清河之小滩，又分窜至临清之李官庄。乙巳，命胜保迎击山东窜贼，布政使崇恩奏带兵扼守临清州。辛亥，上耕耤田。丁巳，贼陷临清。越十日，官军复之，溃匪南窜，胜保追击。曾国藩奏剿贼岳州失利，回守长沙。下部议处。
夏四月庚辰，顺承郡王春山薨。阜城贼窜连镇，僧格林沁追击围之。壬午，胜保奏马队追剿临清溃匪，全数殄灭。得旨嘉奖，加太子少保，德勒克色楞、善禄黄马褂。己丑，予告大学士潘世恩卒。内大臣壁昌卒。辛卯，鲍起豹罢，以塔齐布署湖南提督，曾国藩夺职剿贼。曾国藩克复湘潭，塔齐布、彭玉麟、杨载福剿贼大胜，靖港贼退。
五月己亥朔，葛云飞祠成，赐御书匾额。廓尔喀国王表请出兵剿贼。温诏止之。辛丑，孙瑞珍免，以朱凤标为户部尚书，赵光为刑部尚书，彭蕴章为工部尚书。副都统绵洵追贼於丰县，败之，赐巴图鲁勇号。乙巳，连镇贼首李开方窜陷高唐州，胜保督兵追之。壬申，上祈雨大高殿。丁巳，祈雨天神坛。庚申，荆州将军官文奏官军收复监利县、宜昌府城。敕塔齐布统军赴湖北剿贼。前湖北巡抚崇纶以讬病夺职。壬戌，雨。癸亥，和春、福济奏收复安徽六安州城。
六月戊辰朔，赐临清、冠县被贼难民一月口粮。江西贼窜湖北德安。庚辰，许乃钊免，以吉尔杭阿为江苏巡抚。诏曰：“中国海口，除通商五口外，夷船向不驶入。近日乃有阑入金陵、镇江之事，意欲何为？叶名琛即向各国夷酋正言阻止。”辛巳，诏直省团练杀贼者，建立总坊，入祀忠义祠，妇女遇难捐躯者，入祀节孝祠。癸未，贼陷武昌。台涌罢，以杨霈为湖北巡抚，署总督。命曾国藩由岳州进剿，英桂赴信阳防堵。副都统达洪阿卒於军，赠都统。辛卯，敕叶名琛剿捕广东会匪盗船。铸铁钱、铅钱。