夏四月乙丑朔，禁热河围场垦红椿内地。肃州回匪踞嘉峪关，围州城，抚彝回匪亦起。丁卯，彭玉麟疏辞漕督，请专办水师，允之。留吴棠漕运总督任，办清、淮防务。己巳，官军复盐茶厅，免已革提督成瑞罪。庚午，回匪陷古城，领队大臣惠庆等死之。乙亥，台湾肃清。丁丑，黔军复玉屏、天柱。命恭亲王仍直军机，毋复议政。甘州回匪陷永固堡。壬午，粤匪再陷沭、宿。霆军十八营不原西征，溃於金口。止鲍超西征，命招集溃勇赴闽剿贼。乙酉，宁夏官军剿贼大捷。丙戌，粤、捻并回窜兖、济，命刘铭传赴直隶设防。己丑，赐崇绮等二百六十五人进士及第出身有差。壬辰，以山东贼势蔓延，命曾国藩出省督师，会僧格林沁军南北合击。癸巳，僧格林沁剿贼於菏泽南吴家店，失利，与内阁学士全顺、总兵何建鳌等均死之。事闻，辍朝三日，特予配飨太庙。命曾国藩督师剿贼，李鸿章署两江总督。
五月乙未朔，谕成禄进剿肃州踞匪。霆营叛勇由江西窜福建。粤、捻并窜开州、东明。丙申，陶茂林军溃，回匪围安定，兰州戒严。戊戌，命曾国藩节制直、豫、鲁三省军防。甘肃溃勇窜扰陕西。乙巳，免李元度遣戍。丁未，粤、捻并渡运河，东窜济宁、兖、泰。戊申，严谕盛京、吉林剿办马贼。己酉，以剿贼无功，褫官文、张之万、毛昶熙职，均留任，并撤官文宫衔。趣鲍超赴江西。辛亥，命侍读学士卫荣光赴东昌督办沿河民团。壬子，官军克漳州、南靖。允沈葆桢终制。曾国藩辞节制三省军务，不许。回匪陷肃州。粤、捻分窜丰、沛。谕整顿沿海水师。窜陕溃勇平。谕刘长佑驻直境，崇厚驻东昌，部署沿河防务。黔匪陷广顺，旋复之。甲寅，雨。粤匪围永定。乙卯，苏军复漳浦。以刘坤一为江西巡抚。庚申，以防剿迟延，褫提督刘铭传职，仍留任。杨岳斌请开缺，不允，仍命赴甘。壬戌，奇台官军复济木萨。癸亥，官军复阶州。
闰五月甲子朔，起沈葆桢督办江西防剿。乙丑，粤匪由福建窜嘉应。戊辰，粤军复平和、诏安。川军复正安。壬申，泗城匪平。甲戌，减杭、嘉、湖属漕米二十六万石。丁丑，汪海洋回窜永定，官军失利，总兵丁长胜等死之。己卯，回匪踞阜康。张总愚南窜至雉河集，谕刘铭传、吴棠等会剿。粤匪陷广东镇平。遵义匪降。丙戌，鄂尔多斯蒙兵击退花马池回匪。黔匪陷绥阳。己丑，上临僧忠亲王丧，赐奠。赏其孙那尔苏贝勒、温苏都辅国公。曾国藩驻军临淮。特克慎卒，命皂保查巴尔虎争界事，恩合为吉林将军。庚寅，以久旱，谕修省求言。癸巳，谕耆英获咎，毋庸昭雪。禁肃顺之子出仕。以耆英子庆锡鸣冤，谓其死由肃顺也。
六月甲午朔，增设安徽安庐滁和道。改凤庐颍道为凤颍六泗道，仍兼凤阳关监督。命刘长佑回保定，潘鼎新军驻济宁。丙申，甘肃民勇复嘉峪关。以安西、玉门诸县回乱，谕杨岳斌进驻兰州。己亥，申谕各省甄别牧令。壬寅，塔尔巴哈台回匪诱戕参赞锡霖等，围城，为喇嘛棍噶札拉参兵击退。调武隆额为塔尔巴哈台参赞大臣。以额腾额为叶尔羌参赞大臣。丙午，雨。论载华等办工侵蚀罪，夺载华贝子、恩弼辅国公，仍圈禁二年。己酉，沈桂芬以忧免，命曾国荃为山西巡抚。黔匪复陷天柱，扰湖南会同，劳崇光、李瀚章合剿之。黔军复黔西，在独山失利。壬子，岷州回匪乱，戕知州增启等，扰洮州。乙卯，援黔川军复正安。丁巳，奇台、哈密陷，哈密办事大臣札克当阿死之。文麟退巴里坤。谕杨岳斌、成禄、联捷军进击肃州匪。回子台吉陆布沁投诚。丁巳，御史穆缉香阿请慎选侍御仆从。谕内务府稽察有便僻侧媚者，举实严惩。是夏，免陕西、浙江、福建等州县被扰额赋，及哈密兵扰粮课。
秋七月癸亥朔，谕刘蓉严防定边、鄜、延、邠、陇，杨岳斌防范回酋赫明堂。甲子，回匪陷巴燕岱，伊犁领队大臣穆克登额等死之。褫助逆伯克都鲁素等职。官军复库尔喀喇乌苏。命布尔和德署领队大臣，援塔城。雷正绾各军攻金积堡失利，退至韦州。丁卯，武隆额剿礼拜寺回逆，平之。黔匪陷石阡，知府严谨阵没，官军旋复其城。癸酉，命董恂、崇厚为全权大臣，办理商约事务。己卯，赏科尔沁亲王伯彦那谟祜世袭博多勒噶台亲王号。壬午，御史蔡寿祺以妄言褫职。黔匪陷大定，旋复之。己丑，奉天马贼扰遵化、蓟州，罢玉明，予严议。以恩合署盛京将军。换荷兰约。庚寅，谕禁法教士干预军事。壬辰，陈国瑞罢帮办军务。