五月壬寅朔，法、越和议定，谕边将安辑内迁难民。壬子，上幸圆明园还宫。日本攻台湾番社。丁巳，以慈禧太后圣节，予在京旗官六十以上者恩赏，停本年秋审、朝审人犯句决。己未，彗星见。乙丑，诏赈奉天灾民。丙辰，允沈葆桢请，建台湾海口炮台，抚番社，撤疲兵。戊辰，日本师船游弋福建各海口。日使柳原前光与总署王大臣商台湾兵事。
六月乙亥，谕饬总兵孙开华接办厦门防务。己卯，召杨岳斌、曾国荃、阎敬铭、赵德辙、丁日昌、鲍超、蒋益澧、郭嵩焘来京。壬午，乌索寨降众复叛，滇军剿平之。癸未，允李鸿章请，以徐州唐定奎军渡海赴台。乙酉，谕户部撙节不急之需，豫筹海防经费。谕沈葆桢部署南北路防守。丁酉，命翁同龢仍直弘德殿。
秋七月丁未，李鹤年请闽省陆路选立练军，议行。庚戌，玛纳斯回匪犯西湖，官军击退之。壬子，命左宗棠为大学士，仍留陕甘总督任，景廉为钦差大臣，督办新疆军务，金顺帮办军务。庚申，觐见比使谢恩施等於紫光阁。甲子，内务府大臣贵宝以任郎中时，於知府李光昭报效木植，欺罔奏陈，严议褫职。乙丑，马贼陷宁古塔，旋复之。允福建军饷借用洋款二百万，由海关税分年抵还。己巳，停修圆明园工程。庚午，谕责恭亲王召对失仪，夺亲王世袭，降郡王，仍为军机大臣，并革载澂贝勒郡王衔。白彦虎等犯济木萨，官军击败之。
八月辛未朔，懿旨复恭亲王世袭及载澂爵衔，训勉之。谕修葺三海工程，力求撙节。丙戌，河南蝗。戊子，李光昭论斩。庚寅，谕各省整顿捕务。乙未，命左宗棠督办西征粮台转运事宜，以内阁学士袁保恒为帮办。诏各省酌裁釐局，禁种罂粟。丁酉，上幸南苑。戊戌，阅御前王大臣、乾清门侍卫射。己亥，上行围。
九月庚子朔，上幸晾鹰台，撒围。辛丑，上幸晾鹰台，阅神机营兵。壬寅，阅王大臣、侍卫等射。丁未，瑞麟卒，以英翰为两广总督。庚戌，日本续遣大久保利通来，与总署王大臣论台湾番社兵事。丙辰，宁古塔匪首王文拴伏诛。辛酉，王大臣与日使成议，退兵回国，给日本难民恤金及台湾军费共五十万。乙丑，贾桢卒。丙寅，谕李鸿章等於总署条奏海防、练兵、简器、造船、筹饷、用人、持久诸事，详议以闻。
十月辛未，以慈禧皇太后四旬万寿，复刘铭传提督。己卯，上庆贺礼成，赏废员职衔，免王公、文武官处分，馀进叙有差。庚辰，恤广东飓灾。癸巳，命广寿、夏同善赴陕西查事。己亥，上不豫，命李鸿藻代阅章奏。
十一月甲辰，命恭亲王代缮批答清文摺件。丁未，赈徐、海水灾。己酉，命内外奏牍呈两宫披览。以宝鋆为大学士。壬子，日本退兵。癸丑，冬至，祀天圜丘，遣醇亲王代。颁部帑百五十万筑石庄户堤工。甲寅，上以两宫调护康吉，崇上徽号，诏刑部及各省罪犯分别减等。庚申，议行河南练军。甲子，以石庄户堤难就，允丁宝桢请，於贾庄一带建壩筑堤。
十二月辛未，诏蠲免云南被扰荒地钱粮十年。甲戌，李宗羲病免，以刘坤一署两江总督。上疾大渐，崩於养心殿，年十九。
慈安皇太后、慈禧皇太后召惇亲王奕誴、恭亲王奕、醇亲王奕譞，孚郡王奕譓、惠郡王奕详，贝勒载治、载澂，公奕谟，御前大臣伯彦讷谟祜、奕劻、景寿，军机大臣宝鋆、沈桂芬、李鸿藻，内务府大臣英桂、崇纶、魁龄、荣禄、明善、贵宝、文锡，直弘德殿徐桐、翁同龢、王庆祺，南书房黄钰、潘祖荫、孙诒经、徐郙、张家骧入奉懿旨，以醇亲王之子承继文宗为嗣皇帝。
光绪元年二月戊子，皇后阿鲁特氏崩。三月己亥，上尊谥曰继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝，庙号穆宗。五年三月庚午，葬惠陵。
论曰：穆宗冲龄即阼，母后垂帘。国运中兴，十年之间，盗贼划平，中外乂安。非夫宫府一体，将相协和，何以臻兹？泊帝亲裁大政，不自暇逸。遇变修省，至勤也。闻灾蠲恤，至仁也。不言符瑞，至明也。藉使蕲至中寿，日新而光大之，庸讵不与前古媲隆。顾乃奄弃臣民，未竟所施，惜哉！