二曰同堂异室之制。后汉明帝遵俭自抑，遗诏无起寝庙，但藏其主于光武庙中更衣别室。其后章帝又复如之，后世遂不敢加。而公私之庙，皆用同堂异室之制。先儒朱熹以谓至使太祖之位，下同孙子，而更僻处于一隅，无以见为七庙之尊；群庙之神，则又上厌祖考，不得自为一庙之主。以人情论之，生居九重，穷极壮丽，而设祭一室，不过寻丈，甚或无地以容鼎俎，而阴损其数，子孙之心，于此宜亦有所不安矣。且如命士以上，其父子妇姑，犹且异处，谨尊卑之序，不相亵渎。况天子贵为一人，富有四海，而祖宗神位数世同处一堂，有失人子事亡如事存之意矣。
十六年八月丁酉，以江南所获玉爵及坫，凡四十九事，纳于太庙。十七年十二月甲申，告迁于太庙。癸巳，承旨和礼霍孙，太常卿太出、秃忽思等，以祏室内栗主八位并日月山板位、圣安寺木主俱迁。甲午，和礼霍孙、太常卿撒里蛮率百官奉太祖、睿宗二室金主于新庙安奉，遂大享焉。乙未，毁旧庙。
十八年二月，博士李时衍等议：“历代庙制，俱各不同。欲尊祖宗，当从都宫别殿之制；欲崇俭约，当从同堂异室之制。”三月十一日，尚书段那海及太常礼官奏曰：“始议七庙，除正殿、寝殿、正门、东西门已建外，东西六庙不须更造，余依太常寺新图建之。”遂为前庙、后寝，庙分七室。二十一年三月丁卯，太庙正殿成，奉安神主。九月，庙室挂铁纲钉錾笼门告成。
二十二年十二月丁未，皇太子薨。太常博士议曰：“前代太子薨，梁武帝谥统曰昭明，齐武帝谥长懋曰文惠，唐宪宗谥宁曰惠昭，金世宗谥允恭曰宣孝，又建别庙以奉神主，准中祀以陈登歌，例设令丞，岁供洒扫。斯皆累代之典，莫不追美洪休。”时中书、翰林诸老臣，亦议宜加谥，立别庙奉祀。遂谥曰明孝太子，作主用金。二十五年冬享，制送白马一。三十年十月朔，皇太子祔于太庙。
三十一年，成宗即位，追尊皇考为皇帝，庙号裕宗。元贞元年冬十月癸卯，有事于太庙。中书省臣言：“去岁世祖、皇后、裕宗祔庙，以绫代玉册。今玉册、玉宝成，请纳诸各室。”帝曰：“亲飨之礼，祖宗未尝行之。其奉册以来，朕躬祝之。”命献官迎导入庙。大德元年十一月，太保月赤察儿等奏请庙享增用马，制可。二年正月，特祭太庙，用马一，牛一，羊鹿野豕天鹅各七，余品如旧，为特祭之始。四年八月，以皇妣、皇后祔。六年五月戊申，太庙寝殿灾。
十一年，武宗即位，追尊皇考为皇帝，庙号顺宗。太祖室居中，睿宗西第一室，世祖西第二室，裕宗西第三室，顺宗东第一室，成宗东第二室。追尊先元妃为皇后，祔成宗室。至大二年春正月乙未，以受尊号，恭谢太庙，为亲祀之始。十月，以将加谥太祖、睿宗，择日请太祖、睿宗尊谥于天，择日请光献皇后、庄圣皇后尊谥于庙，改制金表神主，题写尊谥庙号。十二月乙卯，亲享太庙，奉玉册、玉宝。加上太祖圣武皇帝尊谥曰法天启运，庙号太祖，光献皇后曰翼圣。加上睿宗景襄皇帝曰仁圣，庙号睿宗，庄圣皇后曰显懿。其旧制，金表神主，以椟贮两旁，自是主皆范金作之，如金表之制。
延祐七年，仁宗升祔，增置庙室。太常礼仪院下博士检讨历代典故，移书礼部、中书集议曰：“古者天子祭七代，兄弟同为一代，庙室皆有神主，增置庙室。”又议：“大行皇帝升祔太庙，七室皆有神主，增室不及。依前代典故，权于庙内止设幄座，面南安奉。今相视得第七室近南对室地位，东西一丈五尺，除设幄座外，余五尺，不妨行礼。”乃结彩为殿，置武宗室南，权奉神主。十月戊子，英宗将以四时躬祀太庙，命太常礼官与中书、翰林、集贤等官集议其礼制，曰：“此追远报本之道也，毋以朕劳而有所损焉，其一遵典礼。”丙寅，中书以躬谢太庙仪注进。十一月丙子朔，帝御斋宫。丁丑，备法驾仪卫，躬谢太庙，至棂星门驾止，有司进辇不御，步至大次，服衮冕端拱以俟。礼仪使请署祝，帝降御座正立书名。及读祝，敕高赞御名。至仁宗室，辄歔欷流涕，左右莫不感动。退至西神门，殿中监受圭，出降没阶乃授。甲辰，太常进时享太庙仪式。
至治元年正月乙酉，始命于太庙垣西北建大次殿。丙戌，始以四孟月时享，亲祀太室。礼成，坐大次谓群臣曰：“朕缵承祖宗丕绪，夙夜祗栗，无以报称，岁惟四祀，使人代之，不能至如在之诚，实所未安。自今以始，岁必亲祀，以终朕身。”五月，中书省臣言：“以庙制事，集御史台、翰林院、太常院臣议。谨按前代庙室，多寡不同。晋则兄弟同为一室，正室增为十四间，东西各一间。唐九庙，后增为十一室。宋增室至十八，东西夹室各一间，以藏祧主。今太庙虽分八室，然兄弟为世，止六世而已。世祖所建前庙后寝，往岁寝殿灾。请以今殿为寝，别作前庙十五间，中三间通为一室，以奉太祖神主，余以次为室，庶几情文得宜。谨上太常庙制。”制曰：“善，期以来岁营之。”