康熙三年十二月，礼部议“时宪书面‘依西洋新法’五字拟改‘奏准’二字”，从之。四年，议政王等言：每日百刻，新法改为九十六刻；二十八宿次序，汤若望将觜、参二宿改易前后；又将四馀删去紫炁，俱不合。其选择不用正五行，用洪范五行，以致山向、日月俱犯忌杀，事犯重大，将汤若望及科官等分别拟凌迟斩决。敕汤若望从宽免死，时宪科李祖白等五人俱处斩。於是复用大统旧术，以杨光先掌监务，光先抗疏屡辞，不允。光先於推步之学本不深，唐熙七年，谓明年当闰十二月，寻知其误，自行检举，而时宪书已颁行，乃谕天下停止闰月云。是年监副吴明烜言：“古法差谬，五官正暨回回科所进各不同，立加校正。”下礼部议。礼部覆奏：“五官正戈继文等所算七政金水二星差错太甚，主簿陈聿新所推七政未经测验，亦有差错，监副吴明烜所推七政与天象相近，理应颁行，仍令监臣同四科官，每日昼测晷景以定节气，夜测月五星以定行度。”从之。
十一月，西人南怀仁言所颁各法不合天象，乃召南怀仁、利类思、安文思及监官马祐、杨光先、吴明烜等至东华门，大学士李霨传谕：“授时乃国家要政，尔等勿挟宿仇，以己为是，以彼为非。是者当遵用，非者当更改，务期归於至善。”十二月，南怀仁劾吴明烜所造康熙八年七政时宪书纠谬，下王大臣、九卿、科道会议，议政王等言：“乞派大臣同南怀仁等测验。”乃遣图海、李霨等二十人赴观象台测验。八年二月，议政王等议覆：“图海等赴观象台测验，南怀仁所言皆合，吴明烜所言皆谬，问监正马祐等，亦言南怀仁所算实与天象合。窃思百刻虽行之已久，但南怀仁九十六刻之法既合天象，自应颁用。又南怀仁言罗睺、计都、月孛系推算所用，故载於七政之后，其紫炁星无用处，不应造入。应自康熙九年为始，用九十六刻之历”，时明烜言“臣祗知天文，不知历法”，光先言“臣不知历法，惟知历理”。光先语尤不逊，褫职。三月，授南怀仁钦天监监副。先是监官依古法推算，康熙八年十二月应置闰，南怀仁言雨水为正月中气，是月二十九日值雨水，即为康熙九年正月，不应置闰，置闰当在明年二月。监官多直怀仁，从其言，改闰九年二月，於是大统、回回两法俱废，专用西洋法，如顺治之初。八月，南怀仁劾杨光先诬陷汤若望叛逆，议政王等议“汤若望应复通微教师，照原品赐恤，杨光先应反坐”。敕“免议”。
十三年二月，新造仪象志告成，南怀仁加太常寺卿衔。十四年二月，谕监副安泰从何君锡学古历法。十五年二月，钦天监奏五月朔日食，监副安泰依古法算，应食五分六十秒，南怀仁新法只应食二十微三分秒之一。至期登台测验，酉正食甚，将及一分，戌初刻复圆，古法所推分数失之甚远，而新法亦不甚合。南怀仁曰：“此清蒙气之所为，蒙气能映小为大故也。”
十七年七月，钦天监进呈康熙永年表三十二卷。二十二年十月，监臣推算盛京九十度表告成。初，南怀仁奏：“各省北极高度不同，其交合之时刻食分俱不等，全凭各省之九十度表推算。向来不知盛京北极高度，即用京师之九十度表，今测得盛京北极比京师高二度，请依其高度推算九十度表。”从之。至是，以盛京九十度表进呈，谕“永远遵守”云。
四十一年十月，大学士李光地以宣城贡生梅文鼎历学疑问三卷进呈，上曰：“朕留心历算多年，此事朕能决其是非。”乃亲加批点还之，事具梅文鼎传。文鼎论中、西二法之同异曰：“今之用新历也，乃兼用其长，以补旧法之未备，非尽废古法而从新法术也。夫西历之同乎中法者，不止一端。其言五星之最高加减也，即中法之盈缩历也，在太阴，则迟疾历也。其言五星之岁轮也，即中法之段目也。其言恒星东行也，即中法之岁差也。其言节气之以日躔过宫也，即中法之定气也。其言各省真节气不同也，即中法之里差也。但中法言盈缩迟疾，而西说以最高最卑明其故；中法言段目，而西说以岁轮明其故；中法言岁差，而西说以恒星东行明其故。是则中历所言者当然之运，而西历所推者其所以然之理，此其可取者也。若夫定气里差，中历原有其法，但不以法历耳，非古无而今始有也。西历始有者，则五星之纬度是也。中历之纬度，惟太阳、太阴有之，而五星则未有及之者。今西历之五星有交点、有纬行，亦如太阳太阴之详明，是则中历缺陷之大端，得西法以补其未备矣。夫於中法之同，亦既有以明其所以然之故，而於中法之未备者，又有以补其缺，於是吾之积候者，得彼说而益信，而彼说之若难信者，亦因吾之积候而有以知其不诬，虽圣人复起，亦在所兼收而并取矣。”