行御史台。至正十六年九月二十八日，命太尉纳麟为江南诸道行御史台御史大夫，以次官员，各依等第选用。是日，御史台奉旨，移置行台于绍兴。十二月，合台官属，开台署事。是年，置河南廉访司于沂州。十八年，御史台奏准，江西湖东道肃政廉访司，权于建宁路开司署事。二十二年九月，权置山北廉访司于惠州。二十三年六月，济南路复置肃政廉访司。二十五年闰十月，御史大夫完者帖木儿奏：“江南诸道行御史台衙门，尝奉旨于绍兴路开设，近因道梗，湖南、湖北、广东、广西、海北、江西、福建等处，凡有文书，北至南台，风信不便，径申内台，未委事情虚实。宜于福建置分台，给降印信，俾湖南、湖北、广东、广西、海北、江西、福建各道文书，由分台以达内台，于事体为便。”有旨从之。十一月，仍置河东廉访司于冀宁。
行宣政院。元统二年正月，革罢广教总管府一十六处，置行宣政院于杭州。除院使二员，同知二员，副使二员，同佥、院判各一员。首领官：经历二员，都事、知事、照磨各一员，令史八人，译史二人，宣使八人。至元二年五月，西番寇起，置行宣政院，以也先帖木儿为院使往讨之。至正二年，江浙行宣政院设崇教所，拟行中书省理问官，秩四品，以理僧民之事。
河南山东都水监。至正六年五月，以连年河决为患，置都水监，以专疏塞之任。
行都水监。至正八年二月，河水为患，诏于济宁郓城立行都水监。九年，又立山东河南等处行都水监。十一年十二月，立河防提举司，隶行都水监，掌巡视河道，从五品。十二年正月，行都水监添设判官二员。十六年正月，又添设少监、监丞、知事各一员。
都水庸田使司。至元二年正月，置都水庸田使司于平江，既而罢之。至五年，复立。至正十二年，因海运不通，京师阙食，诏河南洼下水泊之地，置屯田八处，于汴梁添都水庸田使司，正三品，掌种植稻田之事。庸田使二员，副使二员，佥事二员。首领官：经历、知事、照磨各一员，司吏十二人，译史二人。
都总制庸田使司。至正十年，置河南江北等处都总制庸田使司，定置都总制庸田使二员，从二品；副使二员，从三品；佥司六员，从四品。首领官：经历二员，从六品；都事二员，从七品；照磨兼管勾承发架阁一员，从八品；蒙古必犛赤、回回令使、怯里马赤、知印各一人，令史十八人，宣使十八人，壕寨十八人，典吏四人。其属官，则有军民屯田总管府，凡五处，置达鲁花赤各一员，从三品；总管各一员，正五品；同知各一员，正六品；府判各一员，从七品。首领官：经历各一员，从八品；知事各一员，从九品；提控案牍兼管勾承发架阁各一员，蒙古译史各一人，司吏各六人，典吏各二人。又有农政司，置农政一员，正五品；农丞一员，正六品；提控一员，司吏二人。又有丰盈库，置提领一员，正八品；大使、副使各一员，正九品。
分司农司。至正十三年正月，命中书右丞悟良哈台、左丞乌古孙良桢兼大司农卿，给分司农司印。西自西山，南至保定、河间，北至檀、顺州，东至迁民镇，凡系官地，及元管各处屯田，悉从分司农司立法募民佃种之。
大兵农司。至正十五年，诏有水田去处，置大兵农司，招诱夫丁，有事则乘机招讨，无事则栽植播种。所置司之处，曰保定等处大兵农使司、河间等处大兵农使司、武清等处大兵农使司、景蓟等处大兵农使司。其属，有兵农千户所，共二十四处；百户所，共四十八处；镇抚司各一。
大都督兵农司。至正十九年二月，置大都督兵农司于西京，以孛罗帖木儿领之，从其所请也。仍置分司十道，专掌屯种之事。
茶运司。元统元年十一月，复置湖广江西榷茶都转运司。
盐运司。至正二年十一月，中书省奉旨讲究盐法，奏准于杭州、嘉兴、绍兴、温台四处，各置检校批验所，直隶运司，专掌批验盐商引目，均平袋法称盘等事。每所置检校批验官一员，从六品；相副官一员，正七品。
漕运司。至元二年五月，京畿都漕运司添设提调官、运副、运判各一员。至正九年，添设海道巡防官，给降正七品印信，掌统领军人水手，防护粮船。巡防官二员，相副官二员。
防御海道运粮万户府。至正十五年七月，升台州海道巡防千户所为防御海道运粮万户府。九月，置分府于平江。