神宗嗣位，尤先理财。熙宁初，命翰林学士司马光等置局看详裁减国用制度，仍取庆历二年数，比今支费不同者，开析以闻。后数日，光登对言："国用不足，在用度大奢，赏赐不节，宗室繁多，官职冗滥，军旅不精。必须陛下与两府大臣及三司官吏，深思救弊之术，磨以岁月，庶几有效，非愚臣一朝一夕所能裁减。"帝遂罢裁减局，但下三司共析。
王安石执政，议置三司条例司，讲修钱谷之法。帝因论措置之宜，言："今财赋非不多，但用不节，何由给足？宫中一私身之奉有及八十千者，嫁一公主至费七十万缗，沈贵妃料钱月八百缗。闻太宗时宫人惟系皂绸襜，元德皇后尝用金线缘襜，太宗怒其奢。仁宗初定公主奉料，以问献穆，再三始言初仅得五贯尔，异时中宫月有止七百钱者。"时天下承平，帝方经略四夷，故每以财用不给为忧。日与大臣讲求其故，命官考三司簿籍，商量经久废置之宜，凡一岁用度及郊祀大费，皆编著定式。
有司请造龙图、天章阁覆栏槛青毡四百九十。帝谓："禁中诸殿栏槛率故弊，不必覆也。"既而并延福宫覆槛毡罢之。后吕嘉问复建议省仪鸾司供禁中彩帛。是岁，诏内外勿给土木工作，非两宫、仓廪、武库，皆罢省。三年，仪鸾司阙毡三千，三司请命河东制之。帝曰："牛羊司积毛数万斤，皆同粪壤，三司不取于此，而欲勤远民乎？"金州岁贡班竹帘，简州岁贡绵绸，安州市红花万斤，梓州市碌二千斤，帝皆以道远扰民，亟命停罢。
制置司言："诸路科置上供羊，民费钱几倍，而河北榷场博买契丹羊岁数万，路远，抵京皆瘦恶耗死，公私费钱四十余万缗。"诏著作佐郎程博文访利害。博文募民有保任者，以产为抵，官预给钱，约期限、口数、斤重以输。民多乐从，岁计充足。凡供御膳及祀祭与泛用者，皆别其牢栈，以三千为额，所裁省冗费十之四。其后，又用吕嘉问、刘永渊之言，治灶藏冰，以省工费。
帝尝患增置官司费财。王安石谓增置官司，所以省费。帝曰："古者什一而税，今取财百端。"安石谓古非特什一而已。帝又以仓吏给军食，多侵盗，诏足其概量，严立诸仓丐取法。中书因请增诸仓主典、役人禄至一万八千九百缗，且尽增选人之禄，均其多寡。令、禄增至十五千；司理至簿、尉，防团军监推、判官增至十二千。其后又增中书、审官东西、三班院、枢密院、三司、吏部流内铨、南曹、开封府吏禄，受财者以仓法论。安石盖欲尽禄天下之吏，帝以役法未就，缓其议。三司上新增吏禄数：京师岁增四十一万三千四百余缗，监司、诸州六十八万九千八百余缗。时主新法者皆谓吏禄既厚，则人知自重，不敢冒法，可以省刑。然良吏实寡，赇取如故，往往陷重辟，议者不以为善。
初，陕西用兵，凡费缗钱七百余万。帝以问王安石，安石曰："楚建中考沈起簿书，计一道半岁费钱银绸绢千二百万贯、匹、两。"帝因欲知陕西岁用钱谷、金帛及增亏凡数，乃诏薛向条上。王安石以为扰，力请罢之，止诏三司帐司会计熙宁六年天下财用出入之数以闻。
韩绛既相，建言："三司总天下财赋，请选官置司，以天下户口、人丁、税赋、场务、坑冶、河渡、房园之类租额年课，及一路钱谷出入之数，去其重复，岁比较增亏、废置及羡余、横费。计赢阙之处，使有无相通，而以任职能否为黜陟，则国计大纲可以省察。"三司使章惇亦以为言，乃诏置三司会计司，以绛提举。其后一州一路会计式成，上之，余未就绪，未几遂罢。
元丰官制既行，三司所掌职务散于六曹、诸寺监。元祐初，司马光言："今户部尚书，旧三司使之任，左曹隶尚书，右曹不隶焉。天下之财分而为二，视彼有余，视此不足，不得移用。宜令尚书兼领左右曹，侍郎分职而治，旧三司所掌钱谷财用事，有散于五曹及诸寺、监者，并归户部。"遂诏尚书省立法。
有司请以府界、诸路在京库务及常平等文帐悉归户部。初，熙宁五年，患天下文帐之繁，命曾布删定法式。布因请选吏于三司颛为一司，帐司之置始此。至元丰三年，首尾七八年，所设官吏仅六百人，费钱三十九万缗，而勾磨出失陷钱止万缗。朝廷知其无益，遂罢帐司，使州郡应上省帐皆归转运司，惟钱帛、粮草、酒曲、商税等别为计帐上户部。至是，令户部尽收诸路文帐。苏辙时为谏官，谓徒益纷纷，请如旧为便。不行。