监正掌治术数，典历象日月星辰，宿离不贷。岁终奏新历，送礼部颁行。监副佐之。时宪科掌推天行之度，验岁差以均节气，制时宪书，以国书、蒙文译布者，满、蒙五官正司之。推算日月交食、七政相距、冲退留伏、交宫同度，汉五官正司之。颁之四方。天文科掌观天象，书云物禨祥；率天文生登观象台，凡晴雨、风雷、云霓、晕珥、流星、异星，汇录册簿，应奏者送监，密疏上闻。漏刻科掌调壶漏，测中星，审纬度；祭祀、朝会、营建，诹吉日，辨禁忌。主簿掌章奏文移，簿籍员数。天文生分隶三科，掌司观候推算。阴阳生隶漏刻科，掌主谯楼直更，监官以时考其术业而进退之。助教掌分教算学诸生。
初，顺治元年设钦天监，分天文、时宪、漏刻、回回四科，置监正、监副、五官正、保章正、挈壶正、灵台郎、监候、司晨、司书、博士、主簿等官，并汉人为之，行文具题隶礼部。是岁仲秋朔日食，以西人汤若望推算密合，大统、回回两法时刻俱差。令修时宪，领监务。十四年，省回回科，改其职隶秋官正，寻复旧制。十五年，定与礼部分析职掌。康熙二年，仍属礼部。明年，增置天文科满洲官五人，满员入监自此始。又明年，定满、汉监正各一人，左、右监副各二人，主簿各一人，满、蒙五官正各二人。省回回科博士仍隶秋官正。置汉军秋官正一人，春、夏、中、秋、冬五官正汉各一人。满洲灵台郎三人，乾隆四十七年改一人为蒙古员缺。汉军一人，汉四人。满洲挈壶正二人，乾隆四十七年改一人为蒙古员缺。汉二人。汉监候一人，保章正二人，正八品。十四年省。司书二人。十四年省一人。汉军司晨一人，汉一人。十四年省。满洲博士六人，乾隆四十七年改一人为蒙古员缺。汉军二人，汉三十有六人。寻省十四人，五年复置二人，通旧二十有四人。并定监官升转不离本署，积劳止加升衔，著为例。先是新安卫官生杨光先请诛邪教，镌若望职。至是以光先为监副，寻升监正，仍用回回法。南怀仁具疏讼冤。八年，复罢光先，以南怀仁充汉监正，更名监修，用西法如初。雍正三年，实授西人戴进贤监正，去监修名。八年，增置西洋监副一人。乾隆四年，置汉算学助教一人，隶国子监。十年，定监副以满、汉、西洋分用。十八年省满、汉各一人，增西洋二人，分左、右。四十四年，更命亲王领之。道光六年，仍定满、汉监正各一人，左、右监副各二人。时西人高拱宸等或归或没，本监已谙西法，遂止外人入官。光绪三十一年，改国子监助教始来隶。
太医院管理院事王大臣一人。特简。院使，初制正五品。宣统元年升正四品。左、右院判，初制正六品。宣统元年升正五品。俱汉一人。其属：御医十有三人，内兼首领厅事二人。初制正八品。雍正七年升七品，给六品冠带。宣统元年升正六品。吏目二十有六人，内兼首领厅事一人。初制八、九品各十有三人。宣统元年，改八品为七品，九品为八品。医士二十人，内兼首领厅事一人，给从九品冠带。医生三十人。
院使、院判掌考九科之法，帅属供医事。御医、吏目、医士各专一科，曰大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、咽喉科、正骨科，是为九科。初设十一科。后痘疹科归小方脉，咽喉、口齿并为一科。掌分班侍直，给事宫中曰宫直，给事外廷曰六直。西苑寿乐房以本院官二人直宿。
顺治元年，置院使，左、右院判各一人，吏目三十人，十八年省二十人，康熙九年复故。十四年省十人，雍正元年又复。豫授吏目十人，十八年省。康熙九年复故，三十一年又省。御医十人，康熙五十三年省二人。雍正元年复故，七年增五人。道光二十三年省二人。医士二十人。十八年省二十人。康熙九年复故，十四年省十人。雍正元年增二十人。凡药材出入隶礼部。十六年，改归本院。十八年，生药库复隶礼部。康熙三年，定直省岁解药材，并折色钱粮，由户部收储付库。雍正七年，定八品吏目十人，九品二十人。后定各十三人。乾隆五十八年，命内府大臣领院务。宣统元年，院使张仲元疏请变通旧制，特崇院使以次各官品秩。初制，入院肄业，考补恩粮，历时甚久，军营、刑狱医士悉由院简选。光绪末叶，民政部医官，陆军部军医司长，与院使、院判品秩相等。至是釐定，崇内廷体制也。又定制，院官迁转不离本署。同治间，曾议吏目食俸六年，升用按察司经历、州判。嗣以与素所治相剌，乃寝。