大臣掌主海军，稽覈水师及司令部，以固海疆。副大臣贰之。参谋掌参订改革。参事掌法律章制。秘书掌机密文移。军制掌规制铨法，旌别水师人员，功过、封荫、赏恤并典领之。军政掌营造船舰，检校器械，兼司军港工程。军学掌学校教育，舰队训练。军枢掌文牍典章，汇纪员司集课文簿。军储掌经营费用，稽覈粮廪服装与其物用。军法、军医、主计职掌视陆军部。
光绪十一年，诏设海军衙门，依军机总署例，命醇亲奕譞综之，大学士李鸿章专司筹办。十三年，北洋海军成，置提督、总兵等官。甲午师熸。至三十三年，始议恢复，设海军处，暂隶陆军部。置正使，视协都统。副使，视正参领。各一人。承发官二人，录事四人。设机要、船政、运筹三司，置司长、副官各一人。科长七人，机要科四：曰制度，曰筹械，曰驾驭，曰轮机。运筹科三：曰谋略，曰教务，曰测海。科各一人。船政不分科。承发官三人，司各一人。一、二、三等科员十有八人。机要十二人，运筹六人。考工官五人，船政司置。艺师三人，船政一人，运筹二人。艺士四人。船政运筹各二人。股长、股员，视事闲剧酌置。录事十有八人。明年，改设海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司。寻设主计处，置计长、副长各一人。宣统元年，命肃亲王善耆等筹备海军，设参赞厅，分秘书、庶务两司，置一、二、三等参谋官，并设第一、第二、第三、第四四司，置司长以下各职。其夏，更命贝勒载涛等充筹办海军大臣，增设医务司。二年，订海军暂行官制，改第一司曰军制，第二司曰军政，第三司曰军学，第四曰军防，医务司曰军医，秘书司曰军枢，庶务司曰军储；别设军法一司，是为八司。省参赞厅各职。寻改处为部，省军防司，置大臣、副大臣各一人。
法部司法大臣，副大臣，各一人。左、右丞，参议，各一人。参事四人。审录、制勘、编置、宥恤、举叙、典狱、会计、都事八司，郎中二十有五人，审录四人，内宗室一缺。馀各三人。员外郎三十有四人，制勘、编置各五人，内宗室各一缺。馀俱四人。主事三十有三人。宥恤五人，内宗室一缺。馀俱四人。收发所员外郎、主事各二人。七品小京官二十有六人。内宗室二缺。八品录事五十有三人，九品三十人。内宗室各二缺。
大臣掌主法职，监督大理院及京、外审判、检察，以维法治。副大臣贰之。审录掌朝审录囚，覆覈大理院、审判厅刑名。兼稽云南、贵州、广东、广西、察哈尔左翼案状。制勘掌秋录实缓，定科刑禁。兼稽四川、河南、陕西、甘肃、新疆、乌里雅苏台、科布多案状。编置掌盗犯减等，定地编发。兼稽奉天、吉林、黑龙江、山东、山西、察哈尔右翼、绥远城、归化城案状。宥恤掌恩诏赦典，清理庶狱。兼稽江苏、安徽、江西、福建、浙江、湖北、湖南案状。举叙掌升迁调补，籍纪功罪，徵考法官、律师、书记。典狱掌修葺囹圄，严固扃钥，习艺所俘隶簿录并典司之。会计掌财用出入，勾稽罚钅爰钧金。都事掌繙译章奏，收发罪囚文移。所辖：司狱总管守长、正管守长各二人，副管守长六人，监医正、正八品。监医副正九品。各一人。
光绪三十二年改刑部设，置尚书，侍郎，左、右丞、参以次各官。并十七司为八司。设收发所。置员外郎、主事各官。明年，增置宗室郎中、主事各一人；员外郎，小京官，八、九品录事，各二人。裁司务入都事司，司库入会计司。司狱一职，改令典狱司小京官兼充，曰正管守长；八、九品录事兼充，曰副管守长。旧设提牢厅，以典狱司员外郎、主事兼充，曰总管守长。三十四年，依提牢厅司狱往制，仍定为兼职。寻置监医正、医副各一人。宣统三年，改尚书为大臣，侍郎为副大臣。
修订法律馆大臣，无定员。特简兼任。提调二人。总纂四人，纂修、协修各六人。庶务处总办一人。译员、委员无恒额。并以谙法律人员充之。光绪三十三年设。
大理院，正卿，正二品。少卿，正三品。俱特简。各一人。刑科、民科推丞各一人。正四品。请简。推事二十有八人。正五品。刑科、民科第一庭俱各四人，第二、三庭俱各五人。典簿厅都典簿一人，从五品。典簿四人。从六品。主簿六人，正七品。以上俱奏补。八、九品录事三十人。咨补。
正卿掌申枉理谳，解释法律，监督各级审判，以一法权。少卿佐之。推丞分掌民、刑案款，参议疑狱。刑科掌被旨推鞫宗室官犯，披详刑事京控上诉法状。民科掌宗室诤讼，披详民事京控上诉法状。都典簿掌簿籍罪囚。典簿掌出纳文移。大理於重罪为终审。凡法庭审判，推事五人会鞫之，是为合议制。附设总检察厅，掌综司大理民、刑案内检察事务，监督各级检察厅，调度司法警察官吏。厅丞一人，从三品。请简。检察官六人，正五品。奏补。主簿二人，八、九品录事四人。看守所所长一人，从五品。奏补。所官四人，正八品。奏补。九品录事二人。