二十八年，令各省巡抚於每年奏销时，盘查司库钱粮。先是各州县催徵用二联串票，官民分执，不肖有司句结奸胥，以已完作未完，多徵作少徵，弊窦日滋。至是议行三联串票，一存有司，一付役应比，一付民执照。其后更刊四联串票，一送府，一存根，一给花户，一於完粮时令花户别投一櫃以销欠。未几，仍复三联串票之制。各省绅衿本有优免丁银之例，而豪强土著，往往诡寄滥免，更有绅衿包揽钱粮耗羡，尽入私橐，官民交累。有诏，诡寄地亩，悉退还业户。三十年，以由单既停，令直省州县卫所照赋役全书科则输纳数目，勒石署门外。复谕民间隐匿地亩，限两年内自首，寻又展限两年。谕福建清丈沿海地亩，釐定疆界，湖南幅员辽阔，先饬民人自行丈量，官府再事抽丈，隐漏者罪之。
时徵收钱粮，官吏往往私行科派，其名不一。阖邑通里共摊同出者，名曰软抬，各里各甲轮流独当者，名曰硬驼，於是设滚单以杜其弊。其法於每里之中，或五户或十户一单，於某名下註明田地若干、银米若干、春秋应各完若干，分为十限，发与甲首，依次滚催，自封投櫃。一限既定，二限又依次滚催，其有停搁不完不缴者严惩，民以为便。浙江、湖北、山东诸省匠班银，均归入地丁徵收。四十五年，九江府丈出滨江芦洲地亩三千馀顷，均按下则起科。
五十一年，四川巡抚年羹尧上言：“四川钱粮原额百六十一万两有奇，现仅徵及十分之一，宜立劝惩法，五年内增及原额之四五者准升，不及二分停升，不及一分降调，无增者褫其职。”御史段曦上疏驳之，略言：“川省自经明季兵燹，地广人稀。我朝勘定之后，虽叠次清查，增报仅及原额十分之一。近日抚臣加意催查，增至二万六千馀两。今欲五年内增及原额十之二或十之四五，是增现粮三四倍也。贤能之吏，必罹不及分数之参处，不肖者抑勒首报，滋扰无穷。请川省隐漏钱粮，彻底清查，不必另立劝惩之法。”从之。五十九年，谕：“嗣后各州县钱粮，随徵随解。若州县批解后，而布政司抵充杂派，扣批不发，许州县迳申督抚。”次年，又令各督抚将仓粮亏空，限三年补完。
圣祖在位六十年，政事务为宽大。不肖官吏，恒恃包荒，任意亏欠，上官亦曲相容隐，勒限追补，视为故事。世宗在储宫时，即深悉其弊。即位后，谕户部、工部，嗣后奏销钱粮米石物价工料，必详查覈实，造册具奏。以少作多、以贱作贵、数目不符、覈估不实者，治罪。并令各督抚严行稽查所属亏空钱粮，限三年补足，毋得藉端掩饰，苛派民间。限满不完，从重治罪。濒江沿海地，定例十年一清丈。雍正元年，谕令随时清查，坍者豁免，涨者升科。
二年，以山西巡抚诺敏、布政使高成龄请提解火耗归公，分给官吏养廉及其他公用。火耗者，加於钱粮正额之外。盖因本色折银，镕销不无折耗，而解送往返，在在需费，州县徵收，不得不稍取盈以补折耗之数，重者数钱，轻者钱馀。行之既久，州县重敛於民，上司苛索州县，一遇公事，加派私徵，名色繁多，又不止於重耗而已。康熙季年，陕甘总督年羹尧请酌留秦省火耗充各官用度，馀者捐出弥补亏空，圣祖不许。至是诺敏等复以为言。诏从其请。诺敏又请限定分数。帝以“酌定分数，则将来竟成定例，必致有增无减。今耗羡与正项同解，州县皆知重耗无利於己，孰肯加徵？若将应得之数扣存，势必额外取盈，浮於应得之数”。於是定为官给养廉之制。河南巡抚石文焯请将捐穀耗羡充公，帝曰：“耗羡存库，所以备地方公用也。国家经费，自有常额，岂可以耗羡牵入正项，致滋另取挪移诸弊乎！”又谕户部曰：“州县亏空钱粮，有阖属百姓代偿者，名曰乐捐，实无异强派，应饬禁止。”
苏、松浮粮多於他省，诏蠲免苏州额徵银三十万，松江十五万，永著为例。江苏巡抚张楷疏言：“江苏每年额赋，除蠲免浮粮外，应实徵银三百五十万有奇。历年积欠八百八十一万有奇，计已达千二百馀万。竭小民一岁所获，势难全完。现筹徵收之法，本年新粮，责令全完，旧欠匀作十分，自明年始，年徵其一，十年而毕，每岁奏销时，另册造报。嘉定一县积欠至百四十馀万，请匀作十五分分徵，上海、昆山、常熟、华亭、宜兴、吴江、武进、娄、长洲九县皆积至四十万，应匀作十二分分徵，以纾民力。”帝深纳之。
各省中赋税繁重，苏、松而外，以浙江嘉、湖二府为最。五年，诏减十之一，共银八万馀两。又命浙省南、秋等米，每年额徵作十分覈算，别为一本题销，如完解不全，罪承督各官。各省钱粮完欠细数，官吏多不宣示，胥吏因缘为奸，亏空拖欠，视为故常。诏各督、抚、布政饬州县官每年将各乡里完欠之数，呈送覆覈，张贴本里，俾民周知。如有中饱，许人民执串票具控。其分年带徵之项，亦应将花户每年应完之数，详列榜示，俾不得额外溢徵。七年，蠲浙江额赋十之三，共十万两。其江苏逋赋，自壬子年始，侵蚀包揽之项，分十年带徵。实在民欠之项，分二十年带徵。本年完纳之项若干，次年即依其数蠲免额徵之粮。如额外多完，次年亦按多完之数蠲免。