西川将纽邻奥鲁官将举兵应浑都海，八春获之，系其党五十余人于乾州狱，送二人至京兆，请并杀之。二人自分必死，希宪谓海僚佐曰：“浑都海不能乘势东来，保无他虑。今众志未一，犹怀反侧，彼军见其将校执囚，或别生心，为害不细。今因其惧死，并加宽释，使之感恩效力，就发此军余丁，往隶八春，上策也。”初，八春既执诸校，其军疑惧，骇乱四出，莫可禁遏，及知诸校获全，纽邻奥鲁官得释，大喜过望。切谕其属出兵效力，人人感悦，八春亦释然开悟，果得精骑数千，将与俱西。诏以希宪为中书右丞，行秦蜀省事。浑都海闻京兆有备，遂西渡河，趋甘州，阿蓝答儿复自和林提兵与之合，分结陇、蜀诸将，又使纽邻兄宿敦为书招纽邻。于是成都帅百家奴，兴元忙古台，青居汪惟正、钦察，俱遣使言，人心危疑，事不可测。希宪遣使深谕戒之，两川诸将素惮希宪威名，按堵从命。浑都海、阿蓝答儿合军而东，诸将失利，河右大震，西土亲王执毕帖木儿辎重皆空，就食秦雍。朝议欲弃两川，退守兴元，希宪力言不可，乃止。会亲王合丹及汪惟良、八春等合兵复战西凉，大败之，俘斩略尽，得二叛首以送，枭之京兆市。事闻，帝大嘉之曰：“希宪真男子也。”进拜平章政事，赐宅一区。时希宪年三十矣。
希宪奏：四川降民，皆散处山谷，宜申敕军吏，禁止俘掠，违者，千户以下与犯人同罪。又禁诸人无贩易生口。由是四川遂安，降者益众。又罢解盐户所摘军，及京兆诸处无籍户之戍灵州屯田者，以宽民力。钦察获宋臣张炳震、王政二人，俱以母老，愿赐矜放，希宪皆遣之还。因为书与宋四川制置余玠，谕以天道人事，玠得书，愧感自守，不敢复轻动。巩昌帅府言，镇戎州有谋为叛者，连引四百余人，希宪详推之，惟诛首恶五人。宋将刘整以泸州降，尽系前归宋者数百人待报。希宪奏释之，且致书宰臣，待整以恩，当得其死力。整后首建取襄阳之策，果立勋效。宋将家属之在北者，希宪岁给其粮，仕于宋者，子弟得越界省其亲，人皆感之。
李璮反山东，事连王文统，平章赵璧素忌希宪勋名，因言文统由张易、希宪荐引，遂至大用，且关中形胜之地，希宪得民习，有商挺、赵良弼为之辅，此事宜关圣虑。帝曰：“希宪自幼事朕，朕知其心，挺、良弼皆正士，何虑焉。”蜀降人费正寅以私怨谮希宪因李璮叛，亦修城治兵，潜畜异志。帝因惑之，命中书右丞南合代希宪行省，且覆视所告事，卒无实状。诏希宪还京师。陛见，言曰：“方关陕叛乱，川蜀未宁，事急星火，臣随宜行事，不谋佐贰，如寅所言，罪止在臣，臣请逮系有司。”帝抚御床曰：“当时之言，天知之，朕知之，卿果何罪！”慰谕良久。进拜中书平章政事。一日夜半，召希宪入禁中，从容道藩邸时事，因及赵璧所言。希宪曰：“昔攻鄂时，贾似道作木栅环城，一夕而成，陛下顾扈从诸臣曰‘吾安得如似道者用之’。刘秉忠、张易进曰‘山东王文统，才智士也，今为李璮幕僚’。诏问臣，臣对‘亦闻之，实未尝识其人也’。”帝曰：“朕亦记此。”
希宪在中书，振举纲维，综劾名实，汰逐冗滥，裁抑侥幸，兴利除害，事无不便，当时翕然称治，典章文物，粲然可考。又建言：“国家自开创已来，凡纳土及始命之臣，咸令世守，至今将六十年，子孙皆奴视部下，都邑长吏，皆其皂隶僮使，前古所无，宜更张之，使考课黜陟。”始议行迁转法。
至元元年，丁母忧，率亲族行古丧礼，勺饮不入口者三日，恸则呕血，不能起，寝卧草土，庐于墓傍。宰执以忧制未定，欲极力起之，相与诣庐，闻号痛声，竟不忍言。未几，有诏夺情起复，希宪虽不敢违旨，然出则素服从事，入必縗绖。及丧父，亦如之。
奸臣阿合马领左右部，专总财赋，会其党相攻击，帝命中书推覆，众畏其权，莫敢问。希宪穷治其事，以状闻，杖阿合马，罢所领归有司。帝谕希宪曰：“吏废法而贪，民失业而逃，工不给用，财不赡费，先朝患此久矣。自卿等为相，朕无此忧。”对曰：“陛下圣犹尧、舜，臣等未能以皋陶、稷、契之道赞辅治化，以致太平，怀愧多矣。今日小治，未足多也。”因论及魏征，对曰：“忠臣良臣，何代无之，顾人主用不用尔。”有内侍传旨入朝堂，言某事当尔，希宪曰：“此阉宦预政之渐，不可启也。”遂入奏，杖之。