乾隆二十四年以后，於乌什驻办事大臣，阿克苏驻办事大臣、协办大臣各一人，叶尔羌设办事大臣二人，及章京、卡伦侍卫等。满洲营设副都统一人，统健锐营前锋参领、副参领等，安西满洲营佐领五品官、索伦五品官、察哈尔佐领等，绿营总兵、游击以下各官。又於和阗驻领队总兵官及游击以下。又喀什噶尔驻总兵、理回疆事务大臣、协办大臣各一。满洲营设副都统一，领队侍卫二。领队侍卫兼统索伦兵。索伦设委署副总管及佐领各二，察哈尔总管一，副总管二，及护军校以下。绿营设提督及都司以下官。英阿萨尔驻领队总兵官一，兼统索伦、察哈尔、绿旗兵。又於库车、哈喇沙尔、辟展并驻办事大臣。初台站之改，属辟展者凡六。每台置外委千、把总一人。叶尔羌西路南北路卡伦六，各置坐卡侍卫一人，东西南三路凡二十一台，各置笔帖式一人。沙雅尔南路卡伦一。库车东路至哈喇沙尔西凡十台。台置笔帖式一人。每台、卡俱置防守兵，多至十人，少或一人，俱有供役回人十户。寻各官兵归并乌什、阿克苏，止驻一章京及游击以下，旋改驻协办大臣及领队侍卫等。喀什噶尔之总理大臣移驻乌什之永宁，寻改设办事大臣二人。三十一年，撤回索伦兵，改遣健锐营兵九百人换防，并令健锐营翼领一人，正副委署参领十八人，护军校二十四人，统兵分驻各回城。四十四年，裁辟展办事大臣，改设领队大臣。旋设吐鲁番屯田都司以下官。
道光八年，以阿克苏为南路適中之地，增兵一千，移柯尔坪防兵五百归阿克苏，裁拜城参将以下弁兵，共新旧防兵二千二百人，守卡借差兵外，得练兵一千三百人，控制各路。九年，於喀什噶尔边增八卡伦弁兵。寻以八卡伦内喀浪圭、图舒克塔、乌拍拉特三处通霍罕要路，於明约洛建堡，设都司一人，绿营兵二百人驻守。阿尔瑚马厂三处建堡，置兵二百或六十人。叶尔羌属卡伦七，以亮葛尔、库库雅尔为通夷要隘，英吉沙尔属卡伦五，惟乌鲁克为要路，皆建土堡兵房，设千总官，其次设把总、外委，驻守兵多者六十人，少者十五或十人。
咸丰三年，以新疆南北两路驻兵四万馀人，岁饷一百四十五万，军兴后馈餫艰难，谕陕、甘赴口外驻防官自是年始，即行停止。其喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗八城防兵，由乌鲁木齐驻防满洲兵、绿旗兵酌拨。四年，改定新疆南路换防兵制。增伊犁满洲兵二百人，乌鲁木齐绿营兵千二百人，满洲兵三百人。裁叶尔羌、喀什噶尔、乌什、阿克苏四城防兵一千人。七年，以喀城肃清，撤回土尔扈特蒙兵，留伊犁官兵防守。八年，令南路换防官兵自是年始，分六年抽换，以节繁费。天山以南，为回部所居，自设台站、卡伦，无俟重兵防守。乌什、叶尔羌、喀什噶尔、英阿萨尔咸以满、汉兵协力守边。他如和阗、阿克苏、库车、哈喇沙尔、辟展则守以绿旗兵。凡满洲营驻防兵，以三年更换，绿旗营驻防兵，以五年更换。此南路之制也。
同治以来，回疆不靖，钦差大臣左宗棠次第殄平之，新疆渐归版籍。光绪初年，改省议起。左宗棠拟令将军率旗营驻伊犁，塔尔巴哈台改设都统，并统绿、旗各营。迨八年收复伊犁，从谭锺麟、刘锦棠言，於南北两路增设额兵，其旧有参赞、办事、领队各大臣悉予裁汰。即自哈密至伊犁都统暨诸大臣名额亦酌撤之。巴里坤、古城、乌鲁木齐、库尔喀拉乌苏等处所馀旗丁，归并伊犁满营，均改从各省驻防将军营制。十一年，行省制成。伊犁旗营实存勇七千，留其精壮，改马队九旗，步队十三旗，以提督、总兵分领之。伊犁开屯由此始，而旗屯居其一焉。盖新疆自藩部迄於设行省，综其驻防旗兵制度，约略如此。
其藩部兵制，曰内外蒙古，曰青海，曰西藏。内外蒙古之兵，设旗编次，略同内八旗。每旗设札萨克一人，汗、王、贝勒、贝子、公、台吉为之。协理旗务二或四人，亦台吉以上充任。按丁数编为佐领。设佐领一，骁骑校六。每六佐领设参领一人。佐领较多者，设章京、副章京。各率所属以听於札萨克。内札萨克蒙古凡二十四部、四十九旗。科尔沁六旗，分左右二翼，二翼又各分前后旗。崇德元年，设左翼旗、左翼前旗、右翼旗、右翼前后旗。顺治六年，设左翼后旗。郭尔罗斯前后二旗，杜尔伯特一旗，紥赉特一旗，皆顺治五年设。紥鲁特二旗，左翼崇德元年设，右翼顺治五年设。喀尔喀左翼一旗，康熙三年设。奈曼一旗，敖汉一旗，皆崇德元年设。土默特二旗，左翼崇德元年设，右翼顺治二年设。喀喇沁三旗，右翼崇德元年设，左翼顺治五年设，康熙中增设一旗。翁牛特左右二旗，阿鲁科尔沁一旗，皆崇德元年设。巴林左右二旗，顺治五年设。克什克腾一旗，顺治三年设。乌珠穆沁二旗，右翼崇德六年设，左翼顺治三年设。浩齐特二旗，顺治三年设左翼，十年设右翼。阿巴哈纳尔二旗，康熙四年设左翼，六年设右翼。阿巴噶二旗，崇德六年设右翼，顺治八年设左翼。苏尼特二旗，崇德六年设左翼，七年设右翼。四子部落一旗，顺治八年设。乌喇特右翼一旗，顺治十年设。茂明安一旗，顺治元年设。乌喇特前中后三旗，顺治五年设。鄂尔多斯七旗，两翼、中旗、前旗、后旗皆顺治六年设，雍正九年，增设一旗。归化城土默特左右二旗，崇德元年设，后置副都统，隶绥远城将军辖之。是为内蒙古兵制。