同时应诏陈言者，有载垣等所议团练章程十条，贾桢等所拟办理章程八条。旋命顺天府府丞毛昶熙为督办河南团练大臣，南汝光道郑元善帮办团练事宜，按照怡亲王载垣等所拟章程办理。命户部右侍郎杜为督办山东团练大臣，登莱青道贡璜、登州府知府卢朝安帮办团练事宜，按照大学士贾桢等所拟条款，并参酌河南章程，体察情形办理。又以皖南地方紧要，应一律办团，令两江总督曾国藩察看情形，择其谙练军务素有人望者，酌保一人，即令督办皖南团练事宜。
旋曾国藩覆陈：“乡团本是良法，然奉行不善，县官徒借以敛费，局绅亦从而分肥，贼至则先行溃逃，贼退则重加苛派，转为地方之弊。所经过各省，从未见有乡团能专打一股、专克一城者，不过随官兵之后，胜则贪财，败则先奔，常藉口於工食之太少。而办理歧异者，每多给钱文，团丁所领之饷，与官勇例价相同，且有过之。其取之民间，无非劝捐抽釐之类。是於团练已失其本义，於军饷又大有妨碍。今奉谕举行皖南团练，皖南岭隘纷歧，若筑碉设卡，有险可凭，徽、宁各要隘，宜择地筑碉，以资防守。有在籍翰林院编修宋梦兰当贼由太平县窜扰徽州，宋梦兰督带练丁协力严守，众论翕然。请即以该员办理皖南团练事宜，会同委员，董劝各属绅民，兴筑碉塞。其未经克复者，官兵攻剿，概不令团丁随往。其已经克复者，绅耆修碉，团丁守之。庶几军民两利，名实相符矣。”
又以四川地属岩疆，毗连云、贵，滇匪滋扰，未能肃清。嘉庆间，四川举办乡团，行坚壁清野之法，著有成效，自应仿办。所有应行事宜，谕四川在京各员，就地方情形，各抒所见。官绅中有练达时务者，各举所知，以俟后命。同时尚书陈孚恩等以江西毗连安徽、浙江、广东等省，疏请办理团练，酌保办事人员，并拟团练事宜八条。疏入，允行。命在籍翰林院修撰刘绎为江西督办团练大臣，吉南赣宁道沈葆桢、甘肃安肃道刘于浔帮办团练事宜，按照陈孚恩等所拟章程，妥为办理。
同时督办河南团练大臣、顺天府府丞毛昶熙疏陈团练办法，并酌拟规条：一、添筑堡寨以扼要隘，一、讲求险要以便堵御，一、慎择首事以资统率，一、分选团丁以备训练，一、摊派练费以备公用，一、互为声援以资联络，一、申明号令以壹众志，一、严定约束以禁顽暴，一、秉公赏罚以示劝惩，一、严察奸宄以防内应，一、旌表忠义以作民气，一、事贵实力以冀成功。疏入，允行。
毛昶熙又疏陈河南团练，以归、陈二府为先。前统兵大臣胜保，因调团不齐，勒派百姓出资雇丁，统计勇粮运费，较正供多至倍蓰，百姓苦累，纷纷禀请，以抽丁一项，民力已竭，乡团势难再办。其开封等府百姓闻归、陈雇勇之苦，亦复观望，不肯实办。团练之事，仍恐有名无实。寻奉谕：“用民之法，总宜深得民心。胜保等所办章程既与民心不洽，自应改弦更张，以期得力。庆廉即体察情形，将此项雇勇酌量裁撤。毛昶熙按照载垣等会议章程，速即集团练勇，以辅兵力。”又以甘肃控制西陲，地方辽阔，且与陕西、四川毗连，匪患未靖，自应一律举办团练，以靖边陲。所有甘肃省团练事宜，即命陕甘总督乐斌督办，并命甘凉道萧浚兰、刑部员外郎吴可读、江西候补道杨升帮办团练。
十一年，以归化之番众僧俗兵四千馀人，马四千馀匹，防御抱罕羌人。是年，奉谕：“乡团之设，原以济兵力所不逮。必须官绅一体，兵勇同心协力，内靖土匪，外御贼氛，於地方庶有裨益。若如清盛疏劾山东章丘县之水赛街、新城之南娄里等庄，以及博山、莱芜等县乡团，遇有经过客商，往来差役，辄敢擅行杀戮，害及无辜。抚署之差弁马匹，亦被劫夺。是团练御贼尚无成效，而抗官滋事竟有滋蔓之势。巡抚谭廷襄速将清盛所奏各情，严密查访。如有藉团为名，肆行不法，及私立黑团，聚众抗官，立即严惩。”又谕浙江巡抚：“前以浙省军务未平，筹办团练，劝谕捐输，原以保卫民生。若如王履谦疏劾办团情形，杂乱无章，劝捐委员，令捐户加捐至数十倍之多，并於捐户加以威逼。今贼氛逼近浙东，若因劝捐办理不善，致失人心，必致激成内讧。巡抚王有龄速即会同王履谦妥为劝办，议定章程，不得徇私委派贪劣之员。”
是年，左副都御史潘祖荫疏言：“各省设立团练大臣，办理年馀，曾无一效，请奖请叙，纷纷效尤，并未克复一城，其为无益，已可概见。应将团练大臣分别裁撤，以一事机而节糜费。”翰林院侍讲学士颜宗仪疏言：“乡团之设，原以百姓之财力，卫百姓之身家，果能众志成城，同仇敌忾，即一举、贡、生、监，足以统领之，无俟大员为之督率。若必以大僚综任之，帮办司员分理之，是督抚之外又设督抚，僚属之外又增僚属，徒滋纷扰。上年豫省办团，各省团练大臣亦纷纷四出。旋因浙江、四川、陕西、甘肃等省情形不同，旋即裁撤。而直隶、山东、江南、江北等处，则仍归由团练大臣办理。於是帮办人员假公济私，百端纷扰。或偪勒州县供应，或苛派民间银钱，或於官设捐局之外，团练再设捐局，或於官抽釐金之外，团练再抽釐金，或查阅各处团防，支应纷烦，地方告乏，或任令家人奴仆勒索规费，约束不严。帮办人员或十馀人，或数十人，薪水所出，皆刻剥民间。刁生劣监，因以把持地方；狡吏贪夫，藉以希图名利，流弊实多。各省团练大臣，直隶桑春荣操守尚严，山东杜已啧有烦言，至於江北、江南所办乡团，自上年至今，未闻有团练大臣收复一州一县者，徒以骚动天下，无益有损。今山东杜已经撤回，河南毛昶熙较有成效，其直隶、江南、江北等处团练大臣，宜一并撤回。其各省州县距贼较远者，停止办团，以安民业。其距贼较近之处，仍责地方官切实办团，而以本省督抚总其成，庶事权不至纷歧，商民可免滋扰。”