招商局所假官帑，至光绪六年，应分期拔还。乃偿已逾半，复假洋债。鸿章言兼筹并顾，招商局力有未逮，请先偿洋债，后及官帑，格於部议。嗣以递年清还，而商股尚达四百万两焉。当招商开办之初，仅轮船三艘。嗣承领闽、沪两厂，购之英国，增至十二艘。迨购入旗昌轮船十八艘，遂与英商太古、怡和并称三公司。赀本过钜，收入转微。
是年，以言官劾奏招商局办理毫无实济，请饬认真整顿，谕李鸿章及江督吴元炳澈查。鸿章等奏言：“轮船招商局之设，乃各商集股，自行经理，已於创办之初奏明，盈亏全归商认，与官无涉。轮船商务牵涉洋务，更不便由官任之，与他项设立官局开支公款者，迥不相同。惟此举为收回中国利权，事体重大，故须官为扶持，并酌借官帑，以助商力之不足。光绪三年冬曾将商局事宜筹画整顿复奏，并饬江海、津海两关道，於每年结帐，就近分赴沪洋各局清查帐目，如有隐冒，据实奏请参赔。数年以来，虽有英商太古、怡和洋行极力倾挤，而局事尚足相持，官帑渐可拔还。复先承运京仓漕米、各省赈粮，不下数百万石，徵兵调饷、解送官物军械者，源源不绝，岂得谓於国事毫无实济？其揽载客货，以及出入款目，责成素习商业之道员唐廷枢、徐润总理其事，每年结帐后，分晰开列清册，悉听入本各商阅看稽查。若局中稍有弊端，则众商不待官查，必已相率追控。而自开办至今，并无入股商人控告者。现值漕运揽载吃紧之时，若纷纷调簿清查，不特市面徒滋摇惑，生意难以招徕；且洋商嫉忌方深，更必乘机倾挤，冀遂其把持专利之谋，殊於中国商务大局有碍。总之，商局关系国课最重，而各关各纳税课，丝毫无亏，所借官款由商局运漕水脚分年扣还，公款已归有着，其各商股本盈亏，应如前奏，全归商认，与官无涉。应俟每年结帐时，照案由沪、津两关道就近清查，以符定章。”疏入，报闻。
十一月，学士梅启照言：“招商局自归并旗昌轮船，各国轮船之利渐减，然祗在香港、福州、宁波、上海、天津、牛庄、长江等处码头，不如推广，竟令其赴东西洋各国。请饬南北洋大臣，督令局员，酌派丰顺、保大等船，先赴东洋试行。行之有效，渐及於西洋，则贸迁有无之利，中外分之。”明年，祭酒王先谦亦以为言。均下所司核议。先是招商局船驶往新嘉坡、小吕宋、日本等处，不足与外轮竞利，寻即停罢。嗣遣和众船往夏威仁国之檀香山、美之旧金山两埠，华人麕集，航业颇振。因复遣美富船往。而各国商业，英为巨擘。七年，粤人梁云汉等设肇兴公司於伦敦，船政大臣黎兆棠实倡斯议。鸿章疏言：“西洋富强之策，商务与船政互相表里。以兵船之力卫商船，必先以商船之税养兵船，则整顿尤为急务。迩者各国商船争赴中国，计每年进出口货价约银二万万两以外。洋商所逐什一之利，已不下数千万两，以十年计之，则数万万两。此皆中国之利，有往无来者也。故当商务未兴之前，各国原可闭关自治。逮风气大开，既不能拒之使不来，惟有自扩利源，劝令华商出洋贸易，庶土货可畅销，洋商可少至，而中国利权亦可逐渐收回。前此招商局轮船尝驶往新嘉坡、小吕宋、越南等埠揽载。近年和众、美富等船分驶夏威仁国之檀香山、美国之旧金山，载运客货，究止小试其端，尚未厚集其力。英国伦敦为通商第一都会，并无华商前往。黎兆棠志在匡时，久有创立公司之议，尽心提倡，力为其难。现既粗定规模，自当因势利导，期於必成。”报闻。
十年，法人来扰，海疆不靖，股商汹惧，局船虑为劫夺，以银五百二十五万两暂售之旗昌行主。事平收回，复增置江新、新昌、新康、新铭各舰。而沈没朽敝者，不一而足，其后共达二十九艘云。十二年，鄂督张之洞遣总兵王荣和至南洋，筹办捐船护商事项。宣统三年，设商船学校於吴淞。凡此皆为扩充航业之张本，而局船行驶外洋之利，终不能与各国争衡也。
招商局之设，本为挽回江海已失航利。开办之始，即知为洋商所嫉，而弥补之策，首在分运苏、浙漕米，嗣更推之鄂、赣、江、安。而滇之铜斤，蜀之灯木，江、浙之采办官物，直、晋之赈粮，胥由局船经营其事。光绪十一年，道员叶廷眷复条上扶持商局运鄂茶、鄂盐，增加运漕水脚诸策。事下直督李鸿章。先是局船运漕，石银五钱有奇。嗣英、美人揽运，故廉其值，商局运费因之减少，势益不支。鸿章请稍增益之，格部议，不果行。盖招商局自开办以来，局中之侵蚀与局外之倾挤，所有资力颇虞亏耗。商股不足，贷及官款，继以洋债。当事者日言维持补救之策，裨益实鲜，而以用款浮滥，复屡为言官所劾。至是部臣疏言：“三代之治法，贵本而抑末，重农而贱商，从古商务未尝议於朝廷。海上互市以来，论者乃竞言商政。窃谓商者逐什一之利，以厚居积、权子母为事者也。厚居积，必月计之有馀；权子母，必求倍入之息。若计存本则日亏，问子母则无著，甚且称贷乞假以补不足，犹号於众曰‘此吾致富之术也’，有是理乎？尝见富商大贾，必择忠信之人以主会计。其入有经，其出有节。守馀一馀三之法，核实厚积，乃能久远。若主计不得其人，生之者寡，食之者众，取之无度，用之无节，不旋踵而终窭。用人理财之道，与政通矣。前者李鸿章、沈葆桢创立此局，谋深虑远，实为经国宏谋，固为收江海之利，与洋商争衡，转贫为富、转弱为强之机，尽在此举。乃招商局十馀年来，不特本息不增，而官款、洋债，欠负累累，岂谋之不臧哉？稽之案牍，证之人言，知所谓利权，上不在国，下不在商，尽归於中饱之员绅。如唐廷枢、朱其昂之被参於前，徐润、张鸿禄之败露於后，皆其明证。主计之不得其人，出入之经，不能讲求撙节，又安得以局本亏折，诿之於海上用兵耶？商局既拨有官款，又津贴以漕运水脚，减免於货税，其岁入岁出之款，即应官为稽察。请饬下南北洋大臣，将局中现存江海轮若干只，码头几处，委员商董衔名，及运脚支销，分别造报。此后总办如非其人，原保大臣应即议处。”报可。然管理招商局之权，始终属之直隶总督，部臣无从过问。迨三十三年，商局与英商怡和、太古订利益均享之约，始免互相倾挤，而其利渐著。此招商局办理之大略情形也。