迁给事中、参知政事。数月，太宗言及户部使樊知古所部不治。恕与知古联事，情好款洽，密以语之，欲知古修举其职。知古诉于太宗，太宗怒恕泄禁中语，罢守本官。旋出知江陵府，大发群吏奸脏，坐徒、流、停、废者甚众，郡内惕息。
淳化四年，太宗从魏羽、段惟一之请，分三司为十道，置左右计使，以魏羽、董俨分主之；召恕为工部侍郎，充总计使，判左右计事。左右计使分判十道事，凡议论、计度并令恕等参预。恕以官司分隶，政令互出，难以经久，极言其非使。岁余，果罢，复以恕为盐铁使。
时太宗留意金谷，召三司吏李溥等二十七人对于崇政殿，询以计司利害。溥等言条目烦多，不可以口占，愿给笔札以对。太宗遣中黄门送诣相府，限五日悉条上之。溥等共上七十一事，诏以四十四事付有司行之，其十九事下恕等议可否。遣知杂御史张秉、中使张崇贵监议，令中书籍其事，专检举之，无致废格。赐溥等白金缗钱，悉补侍禁、殿直，领其职。太宗谓宰相曰："溥等条奏事颇有所长。朕尝语恕等，若文章稽古，此辈固不可望；若钱谷利病，颇自幼至长寝处其中，必周知根本。卿等但假以颜色，引令剖陈，必有所益。恕等刚强，终不肯降意询问。"吕端对曰："耕当问奴，织当问婢。"寇准曰："夫子入太庙，每事问，乃以贵下贱，先有司之义。"
后数日，太宗又曰："国家岁入财数倍于唐。唐中叶以降，藩镇擅命，征赋多不入公家，下陵上替，经制隳坏。若前代为得，即已致太平，岂复烦朕心虑也。"因召恕等责以职事旷废。恕等对曰："今土宇至广，庶务至繁，国用军须，所费浩瀚，又遇诸州凡有灾沴，必尽蠲其租。臣等每举榷利，朝廷必以侵民为虑，皆尼而不行。纵使耿受昌、桑弘羊复生，亦所不逮。臣等驽力，惟尽心簿领，终不足上裨圣治。"太宗曰："卿等清而不通，专守绳墨，终不能为国家度长絜大，剖烦析滞。只如京城仓库，主吏当改职者，簿领中壹处节目未备，即至十年五年不决，以致贫无资给，转徙沟壑。此卿等之过，岂不伤和气哉？"恕等顿首谢。五年，赐三司钱百万，募吏有能言本司不便者，令恕等量事大小，以钱赏之，钱尽更给。
至道二年，欲并三司，命官总判。其勾院、磨勘、理欠、凭由、支收、行帐、提点等司，令恕条列其事以闻。恕奏曰："伏以封域浸广，财谷繁多，三司之中，簿牒填委，朝廷设法，督责尤严，官吏救过不暇。若为三部各设主司，择才非难，办事亦易。事办过鲜，不挠上心，此亦一时之良策也。其勾院、磨勘两司，出于旧制，关防之要，莫加于此。理欠、凭由二司，虽非旧设，自理欠失序，凭由散落，故设二司专令典掌。纲目咸具，制置有伦，逋欠无失理之名，凭由鲜流散之弊，实亦要切，不可废除。若两司并委一官，方及判官一员之事。其主辖支收司，先因从京支度财货，转输外地，此除彼附，照验稽滞，若京城得贤主史，使居此司，专行检辖，凡支拨官物，便给除破文凭，却于所司置簿记录，催到收附文记，即乃勾销簿书取捷之门，亦为允当。其行帐司近日权置，了绝旧帐，帐目告尽，司额自除。提点司是中旨特置，提振三司废怠之事，固非有司敢得拟议也。"诏三司都凭由、理欠司宜令为一处，命官兼判。应诸道逋负官物，令三司逐部理约，理欠司但总其所逋之数纠督之。余悉从恕奏。
恕将立茶法，召茶商数十人，俾各条利害，恕阅之第为三等，语副使宋大初曰："吾观下等固灭裂无取。上等取利太深，此可行于商贾，不可行于朝廷。惟中等公私皆济，吾裁损之，可以经久。"于是始为三法行之，货财流通。
峡路诸州，承孟氏旧政，赋税轻重不均，阆州税钱千八百为一绢，果州六百为一绢。民前后击登闻鼓陈诉，历二十年，诏下本道官吏，因循不理。转运副使张晔年少气锐，会受诏按覆，即便宜行之。恕奏晔擅改法，计果州一岁亏上供绢万余，晔坐削一任免。
恕每便殿奏事，太宗或未深察，必形诮让。恕敛板踧缩，退至殿壁负立，若无所容。俟意稍解复进，悫执前奏，终不改易，如是或至三四。太宗以其忠，多从之。迁礼部侍郎。真宗即位，加户部，命条具中外钱谷以闻。恕久不进，屡趣之，恕曰："陛下富于春秋，若知府库充实，恐生侈心，臣是以不敢进。"真宗嘉之。
咸平二年，帝北巡，充行在转运使。俄以母老求解，拜吏部侍郎，知通进银台封驳司、审官院。上言："封驳之任，实给事中之职，隶于左曹。虽别建官局，不可失其故号。请以门下封驳事隶银台司。"从之。五年，知贡举。恕自以洪人避嫌，凡江南贡士悉被黜退。又援贡举非其人之条，故所取甚少，而所取以王曾为首，及廷试糊名考校，曾复得甲科，时议称之。恕每自叹曰："吾得曾，名世才也，不愧于知人矣。"