初以佐命功授散员都指挥使，领贵州刺史，俄迁铁骑右厢都指挥使，又为虎捷左厢都指挥使，领扶州团练使。从平泽、潞，以功领常州防御使，改龙捷左厢都指挥使。建隆二年，改领岳州防御使，俄又移领汉州。
初，诏仁瑀等领荆湖诸郡，不数岁，复其地。至是，将征蜀，又诏领川、峡诸郡，遂平之。先是，薛居正知贡举，仁瑀私嘱所与者，榜出，无其人。闻喜宴日，仁瑀酒酣，携所嘱者诣居正切责之。为御史中丞刘温叟所劾，帝优容之。王继勋以后族骄恣，凌蔑将帅，人皆引避。独仁瑀词气不相下，尝攘臂欲殴之。会帝将讲武郊外，遂欲相图，各勒所部兵私市白梃。太祖密知之，诏罢讲武，出仁瑀为密州防御使。
太祖征晋阳，命仁瑀率师巡边，至上谷、渔阳。契丹素闻仁瑀名，不敢出，因纵兵大掠，俘生口、牛羊数万计。驾还，仁瑀归治所。明年，群盗起兖州，贼首周弼、毛袭甚勇悍，材貌奇伟，弼号曰"长脚龙"。监军讨捕数不利，诏仁瑀掩击。仁瑀率帐下十余卒入泰山，擒弼，尽获其党，鲁郊遂宁。
开宝四年，迁瀛州防御使。兄子尝因醉误杀平民，系狱当死。民家自言非有宿憾，但过误尔，愿以过失杀伤论。仁瑀曰："我为长吏，而兄子杀人，此怙势尔，非过失也。岂敢以私亲而乱国法哉？"遂论如律，给民家布帛为棺敛具。太平兴国初，移知辽州。四年，车驾征太原，命仁瑀与成州刺史慕容超、飞龙使白重贵、八作使李继升分兵攻城。及征范阳，命仁瑀率禁兵击契丹于卢龙北，契丹兵奔溃。师还，迁朔州观察使，判瀛州事。七年，卒，年五十。赠河西军节度，葬事官给。
论曰：宋初，交、广、剑南、太原各称大号，荆湖、江表止通贡奉，契丹相抗，西夏未服。太祖常注意于谋帅，命李汉超屯关南，马仁瑀守瀛州，韩令坤镇常山，贺惟忠守易州，何继筠领棣州，以拒北敌。又以郭进控西山，武守琪戍晋州，李谦溥守隰州，李继勋镇昭义，以御太原。赵赞屯延州，姚内斌守庆州，董遵诲屯环州，王彦升守原州，冯继业镇灵武，以备西夏。其族在京师者，抚之甚厚。郡中筦榷之利，悉以与之。恣其贸易，免其所过征税，许其召募亡命以为爪牙。凡军中事皆得便宜，每来朝，必召对命坐，厚为饮食，锡赍以遣之。由是边臣富赀，能养死士，使为间谍，洞知敌情；及其入侵，设伏掩击，多致克捷，二十年间无西北之忧。以至命将出师，平西蜀，拓湖湘，下岭表，克江南，所向遂志，盖能推赤心以驭群下之所致也。
若李进卿、杨美亦专师西征，而美居北海，以乐易结民心，诚得为政之本。延渥、承矩、守恩、允正皆绍先业，以勋名著。承矩议屯田，赞和好，其谋甚远。守恩以果敢死事。宋之武功，于斯为盛焉。