书奏，多施行之。
昌朝请度经费，罢不急。诏与三司合议，岁所省缗钱百万。又言："朝臣七十，筋力衰者，宜依典故致仕，有功状可留者勿拘。"因疏耄昏不任事者八人，令致仕。庆历三年，拜参知政事。上言："用兵以来，天下民力颇困。请诏诸路转运使，毋得承例折变科率，须科折者，悉听奏裁。虽奉旨及三司文移，于民不便者，亦以上闻。"
以工部侍郎充枢密使，寻拜同中书门下平章事、集贤殿大学士，仍兼枢密使。居两月，拜昭文馆大学士，监修国史。元昊归石元孙，议赐死。昌朝独曰："自古将帅被执，归者多不死。"元孙由是得免。诏有司议升祔奉慈庙三后，有司论不一。昌朝曰："章献母仪天下，章懿诞育圣躬，宜如详符升祔元德皇后故事。章惠于陛下有慈保之恩，当别享奉慈庙如故。"乃奉二后神主，升祔真宗庙。密诏迁中外官一等，优赐诸军，昌朝与同列力疏，乃止。又诏迁二府官，益固辞。元昊既款附，请宰相罢兼枢密使。
六年，日食。帝谓昌朝等曰："谪见于天，愿归罪朕躬。卿宜究民疾苦，思所以利安之。"昌朝对曰："陛下此言，足以弭天变，臣敢不夙夜孜孜以奉陛下。"帝又曰："人主惧天而修德，犹人臣畏法而自新也。"昌朝因顿首谢。明年春，旱，帝避正寝，减膳。昌朝引汉灾异册免三公故事，上表乞罢。
参知政事吴育数与昌朝争议上前，论者多不直昌朝。有向绶者知永静军，疑通判谮己，诬以事，迫令自杀。高若讷知审刑院，附昌朝议，欲从轻坐。吴育力争，绶卒减死一等。未几，若讷为御史中丞，言大臣廷争不肃，故雨不时若，遂罢育，而除昌朝武胜军节度使、检校太傅、同中书门下平章事、判大名府兼北京留守司、河北安抚使。帝赐银饰肩舆。寻以讨贝州贼有功，移山南东道节度使。杨偕言贼发昌朝部中，不当赏。弗从。
契丹聚亡卒勇伉者，号"投来南军"。边法，卒亡自归者死。昌朝除其法，归者辄迁补，于是来者稍众，因廉知契丹事。契丹遂拒亡卒，黜南军不用。边人以地外质，契丹故稍侵边界。昌朝为立法，质地而主不时赎，人得赎而有之，岁余，地悉复。
三司使叶清臣移用河北库钱，昌朝格诏不与，清臣论列不已，遂出清臣河阳，徙昌朝判郑州。过阙入觐，留为祥源观使，拜尚书右仆射、观文殿大学士、判尚书都省，朝会班中书门下，视其仪物。岁中求外，复除山南东道节度使、右仆射、检校太师兼侍中、判郑州。固辞仆射、侍中，改同中书门下平章事。赐中谢，自昌朝始也。
母丧去位，服除，判许州。召对迩英阁，帝问《乾卦》，昌朝上奏曰："《乾》之上九称：'亢龙有悔。'悔者，凶灾之萌，爻在亢极，必有凶灾。不言凶而言悔者，以悔有可凶可吉之义，修德则免悔而获吉矣。'用九，见群龙无首，吉'。圣人用刚健之德，乃可决万机。天下久盛，柔不可以济，然亢而过刚又不能久。独圣人外以刚健决事，内以谦恭应物，不敢自矜为天下首，乃吉也。"手诏优答。又言："汉、唐都雍，置三辅内翼京师，朝廷都汴，而近京诸郡皆属他道，制度不称王畿。请析京东之曹州，京西之陈、许、滑、郑，皆隶开封府，以四十二县为京畿。"帝纳之。将行，命讲读官饯于资善堂。复判大名府兼河北安抚使。时河决商胡，昌朝请复故道，不从。语在《河渠志》。六塔功败，滨、棣、德、博民多水死，昌朝振救之甚力。内侍刘恢往视，还，言河决赵征村，与帝名嫌为不祥，时皆谓昌朝使之以摇当国者。嘉祐元年，进封许国公，又兼侍中，寻以同中书门下平章事为枢密使。
三年，宰相文彦博请罢，谏官、御史恐昌朝代彦博，乃相与言昌朝建大第，别创客位以待宦官，宦官有矫制者，枢密院释不治。遂以镇安军节度使、右仆射、检校太师、侍中兼充景灵宫使，出判许州。又以保平军节度、陕州大都督府长史移大名府兼安抚使。英宗即位，徙凤翔节度使，加左仆射、凤翔尹，进封魏国公。治平元年，以侍中守许州，力辞弗许。明年，以疾留京师，乃以左仆射、观文殿大学士判尚书都省，卒，年六十八，谥曰文元。御书墓碑曰"大儒元老之碑"。所著《群经音辨》、《通纪》、《时令》、《奏议》、《文集》百二十二卷。
昌朝在侍从，多得名誉。及执政，乃不为正人所与，而数有攻其结宦官、宫人者。初，昌朝侍讲时，同王宗道编修资善堂书籍，其实教授内侍，谏官吴育奏罢之。及张方平留唐询，而询谮育，世以为昌朝指也。然言者谓昌朝释宦官矫制，后验问无事实云。