纯粹沉毅有干略，才应时须，尝论卖官之滥，以为："国法固许进纳取官，然未尝听其理选。今西北三路，许纳三千二百缗买斋郎，四千六百缗买供奉职，并免试注官。夫天下士大夫服勤至于垂死，不沾世恩，其富民猾商，捐钱千万，则可任三子，切为朝廷惜之。"疏上，不听。凡论事剀切类此。
纯仁字尧夫，其始生之夕，母李氏梦儿堕月中，承以衣裾，得之，遂生纯仁。资警悟，八岁，能讲所授书。以父任为太常寺太祝。中皇祐元年进士第，调知武进县，以远亲不赴；易长葛，又不往。仲淹曰："汝昔日以远为言，今近矣，复何辞？"纯仁曰："岂可重于禄食，而轻去父母邪？虽近，亦不能遂养焉。"仲淹门下多贤士，如胡瑗、孙复、石介、李覯之徙，纯仁皆与从游。昼夜肄业，至夜分不寝，置灯帐中，帐顶如墨色。
仲俺没，始出仕，以著作佐郎知襄城县。兄纯祐有心疾，奉之如父，药膳居服，皆躬亲时节之。贾昌朝守北都，请参幕府，以兄辞。宋庠荐试馆职，谢曰："辇毂之下，非兄养疾地也。"富弼责之曰："台阁之任岂易得？何庸如是。"卒不就。襄城民不蚕织，劝使植桑，有罪而情轻者，视所植多寡除其罚，民益赖慕，后呼为"著作林"。兄死，葬洛阳。韩琦、富弼贻书洛尹，使助其葬，既葬，尹讶不先闻。纯仁曰："私室力足办，岂宜慁公为哉？"
签书许州观察判官、知襄邑县。县有牧地，卫士牧马，以践民稼，纯仁捕一人杖之。牧地初不隶县，主者怒曰："天子宿卫，令敢尔邪？"白其事于上，劾治甚急。纯仁言："养兵出于税亩，若使暴民田而不得问，税安所出？"诏释之，且听牧地隶县。凡牧地隶县，自纯仁始。时旱久不雨，纯仁籍境内贾舟，谕之曰："民将无食，尔所贩五谷，贮之佛寺，候食阙时吾为籴之。"众贾从命，所蓄十数万斛。至春，诸县皆饥，独境内民不知也。
治平中，擢江东转运判官，召为殿中侍御史，迁侍御史。时方议濮王典礼，宰相韩琦、参知政事欧阳修等议尊崇之。翰林学士王珪等议，宜如先朝追赠期亲尊属故事。纯仁言："陛下受命仁宗而为之子，与前代定策入继之主异，宜如王珪等议。"继与御史吕诲等更论奏，不听。纯仁还所授告敕，家居待罪。既而皇太后手书尊王为皇，夫人为后。纯仁复言："陛下以长君临御，奈何使命出房闱，异日或为权臣矫托之地，非人主自安计。"寻诏罢追尊，起纯仁就职。纯仁请出不已，遂通判安州，改知蕲州。历京西提点刑狱、京西陕西转运副使。
召还，神宗问陕西城郭、甲兵、粮储如何，对曰："城郭粗全，甲兵粗修，粮储粗备。"神宗愕然曰："卿之才朕所倚信，何为皆言粗？"对曰："粗者未精之辞，如是足矣。愿陛下且无留意边功，若边臣观望，将为他日意外之患。"拜兵部员外郎，兼起居舍人、同知谏院。奏言："王安石变祖宗法度，掊克财利，民心不宁。《书》曰：'怨岂在明，不见是图。'愿陛下图不见之怨。"神宗曰："何谓不见之怨？"对曰："杜牧所谓'天下之人，不敢言而敢怒'是也。"神宗嘉纳之，曰："卿善论事，宜为朕条古今治乱可为监戒者。"乃作《尚书解》以进，曰："其言，皆尧、舜、禹、汤、文、武之事也。治天下无以易此，愿深究而力行之。"加直集贤院、同修起居注。
神宗切于求治，多延见疏逖小臣，咨访阙失。纯仁言："小人之言，听之若可采，行之必有累。盖知小忘大，贪近昧远，愿加深察。"富弼在相位，称疾家居。纯仁言："弼受三朝眷倚，当自任天下之重，而恤己深于恤物，忧疾过于忧邦，致主处身，二者胥失。弼与先臣素厚，臣在谏省，不录私谒以致忠告，愿示以此章，使之自省。"又论吕诲不当罢御史中丞，李师中不可守边。
及薛向任发运使，行均输法于六路。纯仁言："臣尝亲奉德音，欲修先王补助之政。今乃效桑羊均输之法，而使小人为之，掊克生灵，敛怨基祸。安石以富国强兵之术，启迪上心，欲求近功，忘其旧学。尚法令则称商鞅，言财利则背孟轲，鄙老成为因循，弃公论为流俗，异己者为不肖，合意者为贤人。刘琦、钱顗等一言，便蒙降黜。在廷之臣，方大半趋附。陛下又从而驱之，其将何所不至。道远者理当驯致，事大者不可速成，人材不可急求，积敝不可顿革。傥欲事功亟就，必为憸佞所乘，宜速还言者而退安石，答中外之望。"不听。遂求罢谏职，改判国子监，去意愈确。执政使谕之曰："毋轻去，已议除知制诰矣。"纯仁曰："此言何为至于我哉，言不用，万钟非所顾也。"