太宗即位，召直左右。天聪三年，复从伐明，入蓟门，克遵化。文程别将偏师徇潘家口、马兰峪、三屯营、马栏关、大安口，凡五城皆下。既，明围我师大安口，文程以火器进攻，围解。太宗自将略永平，留文程守遵化，敌掩至，文程率先力战，敌败走。以功授世职游击。五年，师围大凌河，降其城，而蒙古降卒有阴戕其将叛去者，上怒甚，文程从容进说，贷死者五百馀人。时明别将壁西山之巅，独负险坚守未下，文程单骑抵其垒，谕以利害，乃请降。上悦，以降人尽赐文程。
六年，从上略明边，文程与同直文馆宁完我、马国柱上疏论兵事，以为入宣、大，不若攻山海。及师至归化城，上策深入，召文程等与谋。文程等疏言：“察我军情状，志皆在深入。当直抵北京决和否，毁山海关水门而归，以张军威。若计所从入，惟雁门为便，道既无阻，道旁居民富庶，可资以为粮。上如虑师无名，当显谕其民，言察哈尔汗远遁，所部归於我，道远不可以徒行，来与尔国议和，假尔马以济我新附之众。和议成，偿马值；不成，异日兴师，荷天之宠，以版图归我，凡军兴而扰及者，当量免赋税数年。此所谓堂堂正正之师也。否则，作书抵近边诸将吏，使以议和请於其主，为期决进止。彼朝臣内挠，边将外诿，迁延逾所期，我师即乘衅而入。我师进，利在深入；否，利在速归；半途而返，无益也。”疏入，上深嘉纳之。
七年，孔有德等使通款，而明兵迫之急，上命文程从诸贝勒帅师赴援；文程宣上德意，有德等遂以所部来归。自是破旅顺，收平岛，讨朝鲜，抚定蒙古，文程皆与谋。
崇德元年，改文馆为内三院，以文程为内秘书院大学士，进世职二等甲喇章京。初，旗制既定，设固山额真。诸臣议首推文程，上曰：“范章京才诚胜此，然固山职一军耳，朕方资为心膂。其别议之。”文程所典皆机密事，每入对，必漏下数十刻始出；或未及食息，复召入。上重文程，每议政，必曰：“范章京知否？”脱有未当，曰：“何不与范章京议之？”众曰：“范亦云尔。”上辄署可。文程尝以疾在告，庶务填委，命待范章京病已裁决。抚谕各国书敕，皆文程视草。初，上犹省览，后乃不复详审，曰：“汝当无谬也。”文程迎父楠侍养，尝入侍上食，有珍味，文程私念父所未尝，逡巡不下箸。上察其意，即命彻馔以赐楠，文程再拜谢。
世祖即位，命隶镶黄旗。睿亲王多尔衮帅师伐明，文程上书言：“中原百姓蹇离丧乱，备极荼毒，思择令主，以图乐业。曩者弃遵化，屠永平，两次深入而复返。彼必以我为无大志，惟金帛子女是图，因怀疑贰。今当申严纪律，秋毫勿犯，宣谕进取中原之意：官仍其职，民复其业，录贤能，恤无告。大河以北，可传檄定也。”及流贼李自成破明都，报至，文程方养疴盖州汤泉，驿召决策，文程曰：“闯寇涂炭中原，戕厥君后，此必讨之贼也。虽拥众百万，横行无惮，其败道有三：逼殒其主，天怒矣；刑辱搢绅，拷劫财货，士忿矣；掠人赀，淫人妇，火人庐舍，民恨矣。备此三败，行之以骄，可一战破也。我国上下同心，兵甲选练，声罪以临之，恤其士夫，拯其黎庶。兵以义动，何功不成？”又曰：“好生者天之德也，古未有嗜杀而得天下者。国家止欲帝关东则已，若将统一区夏，非乂安百姓不可。”翌日，驰赴军中草檄，谕明吏民言：“义师为尔复君父仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼。吏来归，复其位；民来归，复其业。师行以律，必不汝害。”檄皆署文程官阶、姓氏。
既克明都，百度草创，用文程议，为明庄烈愍皇帝发丧，安抚孑遗，举用废官，蒐求隐逸，甄考文献，更定律令，广开言路，招集诸曹胥吏，徵求册籍。明季赋额屡加，册皆毁於寇，惟万历时故籍存，或欲下直省求新册，文程曰：“即此为额，犹虑病民，其可更求乎？”於是议遂定。论功，并遇恩诏，进一等阿思哈尼哈番加拖沙喇哈番，赐号“巴克什”。复进二等精奇尼哈番。
顺治二年，江南既定，文程上疏言：“治天下在得民心，士为秀民。士心得，则民心得矣。请再行乡、会试，广其登进。”从之。五年正月，定内三院为文臣班首，命文程及刚林、祁充格用珠顶、玉带。七年，睿亲王多尔衮卒。八年，大学士刚林、祁充格以附睿亲王妄改太祖实录，坐死。文程与同官当连坐，上以文程不附睿亲王，命但夺官论赎。是岁即复官。九年，遇恩诏，复进世职一等精奇尼哈番，授议政大臣，监修太宗实录。