顺治元年，世祖定鼎，七月，命为右副都御史，巡抚保定。时畿南未定，保定、大名、真定所属诸州县，盗千百并起，焚掠为民害。文奎到官，驻真定，训练所部兵，与巡按卫周胤谋捕治，盗渠赵崇阳等数百人降。有韩国璧者，为盗宁晋泊，拒官军。文奎即用崇阳捕斩国璧，歼其徒。遂分部总兵王巇、守备刘文选等将兵逐贼。巇等讨灭香炉、乔家二寨，戮其渠钱子亮、赵建英。文选等攻深州，戮其渠于小安；攻晋州，戮其渠马数全。於是冀州郭世先、保定李库、内黄李君相、顺德袁三才数十渠魁，并就俘戮。散其胁从，录骁勇置部下。畿南渐定。州县吏徵赋仍明季旧习，优免多则蚀赋，摊派行则厉民，文奎疏请悉从正额；宁晋泊地肥而赋轻，豪右竞占，逋赋为州县吏累，文奎疏请招民分耕纳赋；二年正月，疏言畿南民重困，岁贡绵丝诸品，皆求诸他行省，请改折色；二月，又论诸卫所地纳赋丁入保甲，皆当属州县吏：并见采择。李联芳、张成轩等为盗南皮、盐山间，四月，遣都司杨澄、守备徐景山捕治，戮联芳等九十三人。
寻命加兵部右侍郎，总督陕西。五月，改命总督淮、扬漕运。淮、扬群盗，高进忠、魏用通、高升三人者为之魁，复有酆报国、司邦基挟明宗室新昌王，与相应为乱。文奎遣游击裴应旸等击斩用通，总兵王天宠亦击破升，报国、邦基为其徒缚诣江宁以降；进忠走崇明，亦降。十二月，复令总兵孔希贵、苏希乐逐盗如皋，得其渠于锡藩、刘一雄。三年八月，又与淮徐道张兆熊发兵击斩邳州盗杨秉孝、王君实等。江、淮间始稍安。十月，疏请禁革苏、松诸府徵漕积弊，悉去官户、儒户、济农仓诸名，著为令。四年正月，以擅免荒田赋，又渎请明陵祀典，夺职。
五年十二月，起为内弘文院学士。六年，充会试总裁。八年，大学士刚林、祁充格得罪，文奎以知睿亲王多尔衮令改实录不上言，当坐，上命免议。四月，复命以兵部侍郎、左副都御史，总督漕运，巡抚凤阳。请复姓沈氏。七月，疏请慎选运官，清核舍馀，合选殷丁，清勾黄快，皆漕政大端，凡四事。十年，率师讨胶州叛将海时行。十一年，遣兵捕朱周錤，清通、泰滨海逋寇。江北庐、凤、淮、扬诸府灾，文奎请蠲赋，户部议未定，冬尽未启徵。九月，文奎坐督运愆迟，左迁陕西督粮道。寻卒。
与文奎同时以诸生直文馆者，云深、应时同被召对。又有李栖凤、杨方兴、高士俊、马国柱、马鸣佩、雷兴辈，盖皆文奎疏中所谓秀才八九者也。栖凤、方兴、国柱、鸣佩、兴自有传。云深后不著。应时为启心郎，以祝世昌请毋以俘妇为妓，为改疏稿，坐死。士俊尝上疏谓：“上定例一丁予田五日，衣食於此出，力役於此出。民已苦不足，况以绳量田，名五日，实止二三日。将吏复占沃地，役民以耕，宜禁革。民间贷金，当视金多寡定取息重轻，其有逾度者，宜坐罪。”日者，满洲以计田，土俊用当时语也。士俊入关后，尝为湖广巡抚，收长沙，克衡州、常德，有劳。
方上召文奎等策议和成否，亦谕吏民令建言。有胡贡明者，疏言：“我国与南朝未尝无内外君臣之分。今既议和，当遣使修表，姑听其区画。如不欲为之下，遂图大事，必如汉高祖而后可。”因谓鼓舞用人，养百姓，立法令，收人心，皆未若汉高祖。贡明先尝上疏请更养人旧例，略言：“太祖时方草创，土地、人民、财用皆与诸贝勒均之。今尚沿此习，上名虽有国，实不啻正黄旗一贝勒耳。一人寸土，上与诸贝勒互不相容。十羊九牧，即有中原不可以为治。出师得财，当以三属上，七分畀诸贝勒。得人聚而赎之，视其贤不贤，厚薄予夺，权得以自操，而人心亦归于一。”至是又别疏申前说，并反覆言养豪杰当破格，如高祖之于“三杰”。上览先疏，颇韪其语，谓后出师当用汝议；览后疏，责其语冗。贡明复上疏抗辨。
七年，又有扈应元者，疏诋汉官但求名利，语近戆，略如贡明。别疏陈七事，谓备荒宜储粮；编丁宜恤老幼；筑城建关宜不妨农业；出师宜选公正廉能吏，拊循新下郡邑；取士宜尚德行；求言宜置谏官；乘机取天下，在人心不在火器。上览其疏，至论筑城建关，疑勿善也，不竟阅。应元亦上疏抗辨。
贡明隶镶红旗，亦诸生；应元隶正白旗，自署“隐士”。
李栖凤，字瑞梧，广宁人，本贯陕西武威。父维新，仕明为四川总兵官。尝官蓟、辽，家焉。马鸣佩字润甫，辽阳人，本贯山东蓬莱。其先世尝为辽东保义副将，因占籍辽阳左卫。栖凤、鸣佩皆以诸生来归，事太宗，并值文馆。崇德元年，甄别文馆诸臣，栖凤、鸣佩俱列二等，赐人户、牲畜。汉军旗制定，同隶镶红旗。世祖定鼎，授栖凤山东东昌道，鸣佩山西冀南道。顺治二年，收湖广，移栖凤上荆南道，鸣佩下湖南道。