二十年，擢两广总督。兴祚上官，疏言尚之信在广东横徵苛敛，民受其害数十年。因举盐埠、渡税、税总店、渔课诸害，悉奏罢之。自迁界令下，广东沿海居民多失业，兴祚疏请展界，恣民捕采耕种。上遣尚书杜臻、内阁学士石柱会兴祚巡历规画，兵民皆得所。又言潮州海汛辽阔，商民往来贸易，恐宵小潜踪，应令澄海协达濠营水汛官兵船只改归南澳水师镇统辖，与碣石镇互相联络，巡防外海岛屿，诏并允行。二十四年，疏请於广东、广西二省设炉鼓铸，给事中钱晋锡、御史王君诏疏劾兴祚鼓铸浮冒，下吏议，当镌秩，命以副都统用。
三十一年，授归化城右翼汉军副都统，复坐事镌秩。三十五年，上征噶尔丹，命自呼坦和硕至宁夏安十三塘，兴祚原效力坐沙克舒尔塘，未几，复原秩。三十六年，卒。
兴祚为政持大体，除烦苛，卒后远近戴之。历官之地，并籥祀名宦。
施琅，字琢公，福建晋江人。初为明总兵郑芝龙部下左冲锋。顺治三年，师定福建，琅从芝龙降。从征广东，戡定顺德、东莞、三水、新宁诸县。芝龙归京师，其子成功窜踞海岛，招琅，不从。成功执琅，并絷其家属。琅以计得脱，父大宣、弟显及子侄皆为成功所杀。十三年，从定远大将军世子济度击败成功於福州，授同安副将。十六年，成功据台湾，就擢琅同安总兵。
康熙元年，迁水师提督。时成功已死，其子锦率众欲犯海澄，琅遣守备汪明等率舟师御之海门，斩其将林维，获战船、军械。未几，靖南王耿继茂、总督李率泰等攻克厦门，敌惊溃，琅募荷兰国水兵，以夹板船要击，斩级千馀，乘胜取浯屿、金门二岛。叙功，加右都督。三年，加靖海将军。
七年，琅密陈锦负嵎海上，宜急攻之。召诣京师，上询方略，琅言：“贼兵不满数万，战船不过数百，锦智勇俱无。若先取澎湖以扼其吭，贼势立绌；倘复负固，则重师泊台湾港口，而别以奇兵分袭南路打狗港及北路文港海翁堀。贼分则力薄，合则势蹙，台湾计日可平。”事下部议，寝其奏。因裁水师提督，授琅内大臣，隶镶黄旗汉军。
二十年，锦死，子克塽幼，诸将刘国轩、冯锡范用事。内阁学士李光地奏台湾可取状，因荐琅习海上事，上复授琅福建水师提督，加太子少保，谕相机进取。琅至军，疏言：“贼船久泊澎湖，悉力固守。冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣今练习水师，又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。俟风便，可获全胜。”二十一年，给事中孙蕙疏言宜缓征台湾。七月，彗星见，户部尚书梁清标复以为言，诏暂缓进剿。琅疏言：“臣已简水师精兵二万、战船三百，足破灭海贼。请趣督抚治粮饷，但遇风利，即可进行，并请调陆路官兵协剿。”诏从之。
二十二年六月，琅自桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩。国轩踞澎湖，缘岸筑短墙，置腰铳，环二十馀里为壁垒。琅遣游击蓝理以鸟船进攻，敌舟乘潮四合。琅乘楼船突入贼阵，流矢伤目，血溢於帕，督战不少卻，总兵吴英继之，斩级三千，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分列东西，遣总兵陈蟒、魏明、董义、康玉率兵东指鸡笼峪、四角山，西指牛心湾，分贼势。琅自督五十六船分八队，以八十船继后，扬帆直进。敌悉众拒战，总兵林贤、朱天贵先入阵，天贵战死。将士奋勇衷击，自辰至申，焚敌舰百馀，溺死无算，遂取澎湖，国轩遁归台湾。克塽大惊，遣使诣军前乞降，琅疏陈，上许之。八月，琅统兵入鹿耳门，至台湾。克塽率属薙发，迎於水次，缴延平王金印。台湾平，自海道报捷。疏至，正中秋，上赋诗旌琅功，复授靖海将军，封靖海侯，世袭罔替，赐御用袍及诸服物。琅疏辞侯封，乞得如内大臣例赐花翎，部议谓非例，上命毋辞，并如其请赐花翎。
遣侍郎苏拜至福建，与督抚及琅议善后事。有言宜迁其人、弃其地者，琅疏言：“明季设澎水标於金门，出汛至澎湖而止。台湾原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民潜往生聚，已不下万人。郑芝龙为海寇，据为巢穴。及崇祯元年，芝龙就抚，借与红毛为互市之所。红毛联结土番，招纳内地民，渐作边患。至顺治十八年，郑成功盘踞其地，纠集亡命，荼毒海疆。传及其孙克塽，积数十年。一旦纳土归命，善后之计，尤宜周详。若弃其地、迁其人，以有限之船，渡无限之民，非阅数年，难以报竣。倘渡载不尽，窜匿山谷，所谓藉寇兵而赍盗粮也。且此地原为红毛所有，乘隙复踞，必窃窥内地，鼓惑人心。重以夹板船之精坚，海外无敌，沿海诸省，断难安然无虞。至时复勤师远征，恐未易见效。如仅守澎湖，则孤悬汪洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，岂不受制於彼，而能一朝居哉？臣思海氛既靖，汰内地溢设之官兵，分防两处：台湾设总兵一、水师副将一、陆营参将二、兵八千；澎湖设水师副将一、兵二千。初无添兵增饷之费，已足固守。其总兵、副将、参、游等官，定以二三年转升内地。其地正赋杂粮，暂行蠲豁。驻兵现给全饷，三年后开徵济用，即不尽资内地转输。盖筹天下形势，必期万全，台湾虽在外岛，关四省要害，断不可弃。并绘图以进。”疏入，下议政王大臣等议，仍未决。上召询廷臣，大学士李霨奏应如琅请。寻苏拜等疏亦用琅议，并设县三、府一、巡道一，上命允行。