四十七年，命赴湖北按谳荆州同知王侃等侵蚀木税，疏请裁港口渡私税，荆州关税部差如故。申乔还，又请以靖州属鸬鹚关税并入辰州关。别疏言：“营兵给饷，每於正月支领，时地丁尚未开徵，挪移则累官，预徵则累民，请以隔岁馀存米石拨给兵饷。”并下部议行。内阁学士宋大业祭告南岳还京师，劾申乔轻亵御书，诏诘申乔。申乔疏辨，并言：“大业初使湖南，餽金九千。此次再使湖南，餽金五百，意不慊，札布政使董昭祚，言南岳庙工馀银毋报部。臣仍报部充饷，以是诬劾。”大业坐夺官，申乔镌五级留任。
四十八年，疏劾提督俞益谟取兵粮三十五石，诏诘益谟。益谟劾申乔苛刻，请并解官质讯。四十九年，上命尚书萧永藻往按，永藻察申乔疏实，上为罢益谟，而命申乔还职。寻擢左都御史，谕曰：“申乔甚清廉，但有性气，人皆畏其直。朕察其无私，是以护惜之。”五十年，疏请刻颁部行则例。劾编修戴名世所著南山集、孑遗录有大逆语，下刑部，鞫实坐斩。五十一年，疏请禁营兵冒名食粮；又言上普免各省地丁钱粮，惟潼关卫、大同府徵本色，不在蠲例，请如奉天、台湾例，一体蠲免：并允所请。
又疏言每岁农忙，京师当遵例停讼。上谕曰：“农忙停讼，听之似有理，实乃无益。民非独农也，商讼则废生理，工讼则废手艺。地方官不滥准词状，准则速结，讼亦少矣。若但四月至七月停讼，而平日滥准词状，又复何益？且此四月至七月间，或有奸民诈害良善，冤向谁诉？八月以后，正当收穫，亦非閒时。福建、广东四季皆农时，岂终岁停讼乎？读书当明理，事有益於民，朕即允行，否则断乎不可也。”五十二年，广东饥，命往督平粜。寻授户部尚书。
五十三年，旗丁请指圈沧州民地，直隶巡抚赵弘燮议以旗退地另拨，部议不许。申乔言沧州民地有旨停圈，宜如弘燮议，上从之。时方铸大钱，商人请纳银领易小钱送宝源局改铸，命内务府会户部议。申乔言：“收小钱，有司责也，商人图利，恐近藉端扰民，不可许。”而疏已上，议准申乔奏，请罢斥。上召问状，申乔言：“司官但送侍郎画题，为所藐视，无颜复居职。”上曰：“君子惩忿窒欲，此语宜详思。司官藐视，但当奏劾。尔性苛急，不能容人。天地之大德曰生，非但不杀而已。盖於万物皆养育而保全之。尔在官诚廉，然岂可恃廉而矫激乎？”命任事如故。卒用申乔议，罢商人纳银领钱。
申乔子凤诏，官太原知府。上幸龙泉关，凤诏入谒，上以申乔子优遇之。问巡抚噶礼贤否，凤诏言噶礼清廉第一，上为擢噶礼江南总督。及噶礼以贪败，上举凤诏问尚书张鹏翮，鹏翮言其贪。五十四年，山西巡抚苏克济劾凤诏受赇至三十馀万，命夺官按治。申乔疏谢不能教子，请罢斥，上责其词意忿激，非大臣体，命任事如故。凤诏坐赃罪至死。
五十九年，以病乞休。上仍奖申乔清廉，令在官调治。凤诏赃未清，命免追，并谕大学士，谓“速传此旨，使其早知，庶服药可效也”。寻卒，年七十有七，赐祭葬，谥恭毅。雍正元年，加赠太子太保。六年，湖广总督迈柱疏劾属吏亏帑，有申乔在偏沅时事，例当分偿。世宗特命免之。
论曰：弘祚定赋役，文然修律例，皆为一代则，其绩效钜矣。象枢廉直謇謇，能规切用事大臣，尤言人所难言。之弼意主於爱民，凡所献替，皆切於民事。申乔名辈差后，清介绝流辈，慷慨足以任国家之重。贞元之际，自据乱入升平，开济匡襄，诸臣与有力焉。