康熙初，南疆大定，留重兵镇之：吴三桂云南，尚可喜广东，耿精忠福建。十馀年，渐跋扈，三桂尤骄纵。可喜亦忧之，疏请撤藩，归老海城。精忠、三桂继请。上召诸大臣询方略，户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等主撤，明珠和之。诸大臣皆默然。上曰：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发。”因下诏许之。三桂遂反，精忠及可喜子之信皆叛应之。时争咎建议者，索额图请诛之。上曰：“此出自朕意，他人何罪？”明珠由是称上旨。十四年，调吏部尚书。十六年，授武英殿大学士，屡充实录、方略、一统志、明史诸书总裁，累加太子太师。迨三叛既平，上谕廷臣以前议撤藩，惟明珠等能称旨，且曰：“当时有请诛建议者，朕若从之，皆含冤泉壤矣！”
明珠既擅政，簠簋不饬，货贿山积。佛伦、余国柱其党也，援引致高位。靳辅督南河，主筑堤束水，下游不濬自通。于成龙等议濬下游，与异议。辅兴屯田，议者谓不便於民，多不右辅，明珠独是其议。蔡毓荣、张汧皆明珠所荐引者也，迨得罪按治，恐累举者，傅轻比，上谕斥，始定。与索额图互植党相倾轧。索额图生而贵盛，性倨肆，有不附己者显斥之，於朝士独亲李光地。明珠则务谦和，轻财好施，以招来新进，异己者以阴谋陷之，与徐乾学等相结。索额图善事皇太子，而明珠反之，朝士有侍皇太子者，皆阴斥去。荐汤斌傅皇太子，即以倾斌。会天久不雨，光地所荐讲官德格勒明易，上命筮，得夬，因陈小人居鼎铉，天屯其膏，语斥明珠。事具德格勒传。
二十七年，御史郭琇疏劾：“明珠、国柱背公营私，阁中票拟皆出明珠指麾，轻重任意。国柱承其风旨，即有舛错，同官莫敢驳正。圣明时有诘责，漫无省改。凡奉谕旨或称善，明珠则曰‘由我力荐’；或称不善，明珠则曰‘上意不喜，我从容挽救’；且任意附益，市恩立威，因而要结群心，挟取货贿。日奏事毕，出中左门，满、汉部院诸臣拱立以待，密语移时，上意罔不宣露。部院事稍有关系者，必请命而行。明珠广结党羽，满洲则佛伦、格斯特及其族侄富拉塔、锡珠等，凡会议会推，力为把持；汉人则国柱为之囊橐，督抚藩臬员缺，国柱等展转徵贿，必满欲而后止。康熙二十三年学道报满应升者，率往论价，缺皆预定。靳辅与明珠交结，初议开下河，以为当任辅，欣然欲行。及上欲别任，则以于成龙方沐上眷，举以应命，而成龙官止按察使，题奏权仍属辅，此时未有阻挠意也。及辅张大其事，与成龙议不合，乃始一力阻挠。明珠自知罪戾，对人柔颜甘语，百计款曲，而阴行鸷害，意毒谋险。最忌者言官，惟恐发其奸状，考选科道，辄与订约，章奏必使先闻。当佛伦为左都御史，见御史李兴谦屡疏称旨，吴震方颇有弹劾，即令借事排陷。明珠智术足以弥缝罪恶，又有国柱奸谋附和，负恩乱政。伏冀立加严谴。”
疏入，上谕吏部曰：“国家建官分职，必矢志精白，大法小廉。今在廷诸臣，自大学士以下，惟知互相结引，徇私倾陷。凡遇会议，一二倡率於前，众附和於后，一意诡随。廷议如此，国是何凭？至於紧要员缺，特令会同推举，原期得人，亦欲令被举者警心涤虑，恐致累及举者，而贪黩匪类，往往败露。此皆植党纳贿所致。朕不忍加罪大臣，且用兵时有曾著劳绩者，免其发觉。罢明珠大学士，交领侍卫内大臣酌用。”未几，授内大臣。后从上征噶尔丹，督西路军饷，叙功复原级。
明珠自罢政后，虽权势未替，然为内大臣者二十年，竟不复柄用。四十七年，卒。子性德、揆叙自有传。
余国柱，字两石，湖广大冶人。顺治九年进士，授兖州推官。迁行人司行人，转户部主事。康熙十五年，考授户科给事中。时方用兵，国柱屡疏言筹饷事，语多精覈。二十年，擢左副都御史。旋授江宁巡抚，请设机制宽大缎疋。得旨：“非常用之物，何为劳费？”当明珠用事，国柱务罔利以迎合之，及内转左都御史，迁户部尚书，汤斌继国柱抚江苏；国柱索斌献明珠金，斌不能应，由是倾之。二十六年，授武英殿大学士，益与明珠结，一时称为“余秦桧”。会上谒陵，中途召于成龙入对，成龙尽发明珠、国柱等贪私。上归询高士奇，士奇亦以状闻。及郭琇疏论劾，言者蜂起，国柱门人陈世安亦具疏纠之，颇中要害，国柱遂夺官。既出都，於江宁治第宅，营生计，复为给事中何金兰所劾，命逐之回籍。卒於家。