三十三年，召来京修书。士奇既至，仍直南书房。三十六年，以养母乞归，诏允之，特授詹事府詹事。寻擢礼部侍郎，以母老未赴。四十二年，上南巡，士奇迎驾淮安，扈跸至杭州。及回銮，复从至京师，屡入对，赐予优渥。上顾侍臣曰：“朕初读书，内监授以四子本经，作时文；得士奇，始知学问门径。初见士奇得古人诗文，一览即知其时代，心以为异，未几，朕亦能之。士奇无战阵功，而朕待之厚，以其裨朕学问者大也。”寻遣归，是年卒於家。上深惜之，命加给全葬，授其子庶吉士舆为编修。寻谥文恪。
论曰：儒臣直内廷，谓之“书房”，存未入关前旧名也。上书房授诸皇子读，尊为师傅；南书房以诗文书画供御，地分清切，参与密勿。乾学、士奇先后入直，鸿绪亦以文学进。乃凭藉权势，互结党援，纳贿营私，致屡遭弹劾，圣祖曲予保全。乾学、鸿绪犹得以书局自随，竟编纂之业，士奇亦以恩礼终，不其幸欤！