靖康元年，金人再围汴京，诸道兵勤王，存中与张俊、田师中从信德府守臣梁扬祖以万兵入援，后隶张俊部曲。上问将于俊，俊以存中对。召见，赐袍带。时元帅府草创，存中昼夜扈卫寝幄，不顷刻去侧。帝知其忠谨，亲信之。剧贼李昱据任城，久不克，存中以数骑入，击杀数百人。帝乘高望见，介胄尽赤，意其被重创。召视之，皆污贼血，壮之，饮以酒，曰："酌此血汉。"存中请复往，帝止之。存中曰："此贼胆碎，即成擒矣。"遂大破之，复任城，迁阁门祗候。
建炎二年，讨贼徐明于嘉兴，先登。主帅将屠城，存中力谏止之，戮其渠魁而已，郡赖以全。迁荣州刺史。高宗南渡，以胜捷军从张俊守吴门；苗、刘之变，又从俊赴难。迁贵州团练使，寻为御前右军统领。金人攻明州，又从俊与田师中、赵密殊死战，破之。以奇功迁文州防御使、御前中军统制。
绍兴元年，从俊讨李成。诸将议，多欲分道进，存中曰："贼势如此，兵分则力弱，又诸将位均势敌，非招讨督之，必不相为用。"俊然之。整军至豫章，存中率兵数千，首破贼于玉隆观，追至筠州。贼骁将以众十万来援，夹河而营。存中谓俊曰："彼众我寡，击之当用奇，愿以骑见属，公以步兵居前。"俊从之。存中夜衔枚渡筠河，出西山，驰下击贼，俊以步兵夹攻，俘八千人。诸将夜见存中曰："战未休，降卒多，忽有变，奈何？非尽歼之不可。"存中曰："杀降吾不忍。"诸将转告俊，竟夜坑之。乘胜追至九江，成遂遁去。迁宣州观察使。
二年春，进神武中军统制，宰相吕颐浩袖敕以授存中。俊奏留存中军中，上曰："宿卫乏帅，朕所选，为不可易也。"存中亦固辞，且谓："神武诸帅如韩世忠、张俊，皆贵拥旄钺，名望至重，如臣么麽，一旦位与之抗，实不自安。"不许，遣中使宣押，乃视事。兼提举宿卫亲兵。时中军卒不满五千，疲癃者居半。存中请拘神武卒借出于外者归军中，由是军政浸修。
三年，严州妖贼缪罗据白马源，杀王官，存中讨平之。除带御器械，加保信军承宣使、权发遣鄜延路马步军副总管。
六年，为龙神卫四厢都指挥使、密州观察使。先是，张浚视师，谋渡淮以图刘豫，倚韩世忠为用。世忠围淮阳，从浚乞张俊将赵密为助，俊拒之。赵鼎语浚曰："世忠所欲者赵密尔，存中武勇，不减于密，盍令存中助之。"浚请于朝，故有是命。于是存中以八队万人，趋督府助世忠。
十月，存中与刘猊战于藕塘，大破之。猊之初入也，淮西宣抚使刘光世欲弃庐州，退保太平。贼众十万已次濠、寿间，浚命张俊拒之，使存中往泗州与俊合。及至泗，则光世已舍庐去。浚遣人谕之曰："一人渡江，即斩以狥。"光世不得已还庐驻兵，与存中相应。贼先犯定远县，存中以兵二千袭败于越家坊。既而与猊兵遇藕塘，贼据山列阵，矢下如雨。存中急击之，且使统制吴锡以劲骑五千突其阵。阵乱，存中鼓大军乘之，自以精骑冲其肋，大呼曰："破贼矣！"贼错愕骇视。前军统制张宗颜自泗来，乘背击之，贼大败。猊以首抵谋主李愕曰："适见髯将军，锐不可当，果杨殿前也。"即以数骑遁去。余党万人僵立失措，存中跃马叱之，皆怖而降。麟在顺昌，孔彦舟方围光州，闻之皆拔砦遁去，北方大恐。所得贼舟数百艘，车数千两。
捷闻，帝遣中使劳赐，谓宰执曰："卿辈始知朕得人也。"除保成军节度使、殿前都虞候寻兼领马步帅。存中奏："祖宗置三衙，鼎列相制，今令臣独总，非故事也。"不允。七年，为淮南西路制置使，将以抚定郦琼诸军，不果行，语在《王德传》。九年，迁殿前副都指挥使。
十年，金人叛盟取河南，命存中为淮北宣抚副使，引兵至宿州，以步军退屯于泗。金人诡令来告敌骑数百屯柳子镇。存中欲即击之，或以为不可，存中不听。留王滋、萧保以千骑守宿，自将五百骑夜袭柳子镇，黎明，不见敌而还。金人以精兵伏归路，存中知之，遂横奔而溃。参议官曹勋不知存中存亡，以闻，朝廷震恐，于是有权宜退保之命。既而存中自寿春渡淮归泗，人心始安。冬，引兵还行在。
十一年，兀术耻顺昌之败，复谋来侵。诏大合兵于淮西以待之。于是存中以殿司兵三万卒戍淮，与金人战于柘皋，败之。时张俊为宣抚使，存中为副使，刘锜为判官，王德为都统制，田师中、张子盖为统制官。金人以拐子马翼进，存中曰："敌恃弓矢，吾有以屈之。"使万人操长斧，如墙而进，诸军鼓噪奋击，金人大败，退屯紫金山。是役也，失将士九百人，金人死者以万计，而濠围犹未解。