五十九年，上命平逆将军延信率兵自青海入西藏，授羹尧定西将军印，自拉里会师，并谘羹尧孰可署总督者。羹尧言一时不得其人，请以将军印畀护军统领噶尔弼，而移法喇军驻打箭炉，上用其议。巴塘、里塘本云南丽江土府属地，既抚定，云贵总督蒋陈锡请仍隶丽江土知府木兴；羹尧言二地为入藏运粮要路，宜属四川，从之。兴率兵往收地，至喇皮，击杀番酋巴桑，羹尧疏劾。上命逮兴，囚云南省城。八月，噶尔弼、延信两军先后入西藏，策凌敦多卜败走，西藏平。上谕羹尧护凯旋诸军入边，召法喇还京师。
羹尧寻遣兵抚定里塘属上下牙色、上下雅尼，巴塘属桑阿坝、林卡石诸生番。六十年，入觐，命兼理四川陕西总督，辞，还镇，赐弓矢。上命噶尔弼率兵驻守西藏，行次泸定桥，噶尔弼病不能行，羹尧以闻。上命公策旺诺尔布署将军，额驸阿宝、都统武格参赞军务，驻西藏。青海索罗木之西有郭罗克上中下三部，为唐古特种人，屡出肆掠。阿宝以闻，上令羹尧与锺琪度形势，策进讨。羹尧疏言：“郭罗克有隘口三，悉险峻，宜步不宜骑。若多调兵，塞上传闻，使贼得为备，不如以番攻番。臣素知瓦斯、杂谷诸土司亦憾郭罗克肆恶，原出兵助剿。臣已移锺琪令速赴松潘，出塞督土兵进剿。”寻，锺琪督兵击败郭罗克，下番寨四十馀，获其渠，馀众悉降。
六十一年，羹尧密疏言：“西藏喇嘛楚尔齐木臧布及知府石如金呈策旺诺尔布委靡，副都统常龄、侍读学士满都、员外郎巴特玛等任意生事，致在藏官兵不睦。”因请撤驻藏官兵。下廷臣议，以羹尧擅议撤兵，请下部严议，上原之，命召满都、巴特玛、石如金、楚尔齐木臧布等来京师，遣四川巡抚色尔图、陕西布政使塔琳赴西藏，佐策旺诺尔布驻守。
自军兴，陕西州县馈运供亿，库帑多亏缺。羹尧累疏论劾州县吏，严督追偿。陕西巡抚噶什图密奏亏项不能速完，又与羹尧请加徵火耗垫补。上谕曰：“各省钱粮皆有亏空，陕西尤甚。盖自用兵以来，师所经行，资助马匹、盘费、衣服、食物，仓卒无可措办，势必挪用库帑。及撤兵时亦然。即如自藏回京，将军以至士卒，途中所得，反多於正项。各官费用，动至万金，但知取用，不问其出自何项也。羹尧等欲追亏项以充兵饷，追比不得，又议加徵火耗。火耗止可议减，岂可加增？朕在位六十一年，从未加徵火耗。今若听其加派，必致与正项一例催徵，肆无忌惮矣。著传旨申饬。”命发帑银五十万送陕西资饷。
世宗即位，召抚远大将军允昷还京师，命羹尧管理大将军印务。雍正元年，授羹尧二等阿达哈哈番世职，并加遐龄尚书衔。寻又加羹尧太保。诏撤西藏驻防官军。羹尧疏陈边防诸事，请於打箭炉边外中渡河口筑土城，移岚州守备驻守；大河南保县，移威茂营千总驻守；越巂卫地方寥阔，蛮、倮出没，改设游击，增兵驻守；松潘边外诸番，阿树为最要，给长官司职衔；大金川土目莎罗奔从征羊峒有功，给安抚司职衔；乌蒙蛮目达木等凶暴，土舍禄鼎坤等请擒献，俟其至，给土职，分辖其地。下部议，从之。论平西藏功，以羹尧运粮守隘，封三等公，世袭。
青海台吉罗卜藏丹津为顾实汗孙，纠诸台吉吹拉克诺木齐、阿尔布坦温布、藏巴札布等，劫亲王察罕丹津叛，掠青海诸部。上命羹尧进讨，谕抚远大将军延信及防边理饷诸大臣，四川、陕西、云南督、抚、提、镇，军事皆告羹尧。十月，羹尧率师自甘州至西宁，改延信平逆将军，解抚远大将军印授羹尧，尽护诸军。羹尧请以前锋统领素丹、提督岳锺琪为参赞大臣，从之。论平郭罗克功，进公爵二等。
羹尧初至西宁，师未集，罗卜藏丹津诇知之，乃入寇，悉破傍城诸堡，移兵向城。羹尧率左右数十人坐城楼不动，罗卜藏丹津稍引退，围南堡。羹尧令兵斫贼垒，敌知兵少，不为备，驱桌子山土番当前队；炮发，土番死者无算。锺琪兵至，直攻敌营，罗卜藏丹津败奔，师从之，大溃，仅率百人遁走。羹尧乃部署诸军，令总兵官周瑛率兵截敌走西藏路，都统穆森驻吐鲁番，副将军阿喇纳出噶斯，暂驻布隆吉尔，又遣参将孙继宗将二千人与阿喇纳师会。敌侵镇海堡，都统武格赴援，敌围堡，战六昼夜，参将宋可进等赴援，敌败走，斩六百馀级，获多巴囊素阿旺丹津。罗卜藏丹津攻西宁南川口，师保申中堡。敌围堡，堡内囊素与敌通，欲凿墙而入。守备马有仁等力御，可进等赴援，夹击，敌败走，诸囊素助敌者皆杀之。羹尧先后疏闻，并请副都统花色等将鄂尔多斯兵，副都统查克丹等将归化土默特兵，总兵马觌伯将大同镇兵，会甘州助战，从之。