大都河道提举司。秩从五品。提举一员，从五品。同提举一员，从六品。副提举一员。从七品。
都水康田使司。秩正三品。掌种稻田之事。庸田使二员，副使二员，佥事二员，经历、知事、照磨和一员。泰定二年，置都水康田使司于松江，掌江南水利。后罢。后至元二年，复置司于平江。未几，又罢。五年复置。至正十二年，又置水康田使司于汴梁，定置诸员如上。
都总制庸田使司。秩从二品。使二员，从二员。副使二员，从三品。佥司六员，从四品。经历二员，从六品。都事二员，从七品。照磨兼管勾承发架阁一员。从八品。至正十年，置河南江北等处都总制庸田使司。其属：
军民总管府。秩从三品。凡五处，各置达鲁花赤一员，从三品。总管一员，正五品。同知一员，正六品。府判一员，从七品。经历一员，从八品。知事一员，从九品。提控案牍兼管勾承发架阁一员。
农政司。秩正五品。农政一员，正五品。农丞一员，正六品。提控一员。
丰盈库。秩正八品。提领一员，正八品。大使、副使各一员。正九品。
秘书监。秩正三品。掌历代图籍并阴阳禁书。卿四员，正三品。太监二员，从三品。少监二员，从四品。丞二员，从五品。典簿一员。从七品。属官：着作郎二员，从六品。着作佐郎二员，正七品。秘书二员，正七品。校书郎二员，正八品。辨验书画直长一员。正八品。至元九年置。《元典章》：秘书都从三品，少监正五品，丞正六品。大德九年，升正三品。给银印。延祐元年，置卿四员，参用宦者二人。
司天监。秩正四品。掌历象之事。提点一员，正四品。司天监三员，正四品。少监五员，正五品。丞四员。正六品。《元典章》：司天台判官，从八品。知事。属官：提举二员，教授二员，并从九品。《元典章》作从八品，学正同。学正二员，天文科管勾二员，算历科管勾二员。三式科管勾二员，已验科管勾二员，漏刻科管勾二员。并从九品。阴阳管勾一员，押宿官二员，司晨官八员。《元典章》：司晨郎副监侯正九品，司晨郎正八品。中统元年，置司天台。至元八年，以上都承应阙官，增置行司天台。十五年，别严太史院与台并立，颁历之政归院，学校之设隶台。至大元年，升正四品。延祐元年，改司天台为司天监。升正三品。七年，仍正四品。至正八年。置上都司天台。
回回司天监。秩正四品。掌观象历。提点一员，司天监三员，少监二员，丞二员。品秩同前。知事一员，令史二员，属官：教授一员，天文科管勾一员，算历科管勾一员，测验科管勾一员，漏刻科管勾一员。至元八年，置回回司天台。秩从五品。以札马不为提点。十七年，置行监。皇庆元年，改为监。秩正四品。延祐元年，升正三品。二年，命秘书卿提调监事。四年，复为正四品。
司禋监。秩正三品。内监、少监、监丞各二员，知事一员。至元六年，置司禋监。至大元年罢。四年，复置。后又罢。至正元年，复置，给四品印。未几升正三品。掌祭祀祈禳之事。
上都留守司。品秩同大都留守司。监本路都总管府，兼治民事。并领诸仓库之事。留守六员，同知二员，副留守二员，判官二员，经历二员，都事四员，照磨兼管勾一员。元初，置开府。中统四年，改上都路总管府。至元三年，又给留守司印。十八年，并为上都留守司，兼本路都总管府。二十七年，增副留守、判官各一员。至大三年，省司官七员。延祐七年，汰留守五员，留一员。至治三年，增判官二员。泰定四年，增判官一员。其属附见：
修内司。秩从五品。掌营缮内府之事。大使一员，从五品。副使三员，正七品。直长三员。正八品。至元八年置。
祗应司。掌妆銮油染表褙之事。大使一员，副使二员，直长三员。品秩同前。
器物局。秩从五品。掌造铁器内府钉线之事。大使一员，副使一员，直长二员。
仪鸾局。秩正五品。大使二员，《元典章》：仪鸾局大使，从六品。副使三员，直长二员。至大四年，罢典设署，置局。
兵马司局。秩正四品。指挥使三员，正四品。副指挥使二员，正五品。知事一员，捉控案犊一员。二十九年置。至大四年，省上都兵马指挥为五员。
警巡院。秩正六品。达鲁花赤一员，正六品。使一员，正六品。副使二员，从七品。判官二员。从八品。至正三年，立上都司狱司。