初，青海罗卜藏丹津败走，准噶尔策妄阿喇布坦纳之。上屡遣使索献，策妄阿喇布坦亦遣使请和，上罢两路兵，久之议未决。策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零嗣，屡犯边。七年二月，上命廷臣集议，大学士朱轼、左都御史沈近思皆言天时未至，副都统达福亦言不可，惟大学士张廷玉赞用兵，上意乃决，复出师。命傅尔丹为靖边大将军，出北路；发京师八旗兵六千、车骑营兵九千、奉天等处兵八千八百，以巴赛为副将军，顺承郡王锡保掌振武将军印，陈泰、衮泰、石礼哈、岱豪、达福、觉罗海兰为参赞。定寿将前锋，魏麟、闪文绣将车骑营，纳秦将奉天兵，塔尔岱、西弥赖将索伦兵，费雅思哈将宁古塔兵，阿三将右卫兵，素图将宁夏兵，承保、常禄将察哈尔兵，马尔齐、衮布将土默特兵，丹巴、沙津达赖将喀喇沁、土默特兵，法敏、伊都立、巴泰、西琳、傅德理饷，永国护印。上祭告太庙，幸南苑阅车骑营兵，御太和殿行授钺礼，赐傅尔丹御用朝珠、黄带、紫辔、白金五千，加少保。出驻阿尔泰。八年，噶尔丹策零表请执罗卜藏丹津以献，上命缓进兵。寻召与兵锺琪同诣京师议军事，遣还军。九年，疏言科布多为进兵孔道，请仍於此筑城，下廷议，如所请。
五月，傅尔丹移军科布多，噶尔丹策零遣所部嗒苏尔海丹巴为间，为守卡侍卫所获，诘之，曰：“噶尔丹策零发兵三万，使大策零敦多卜、小策零敦多卜分将犯北路。小策零敦多卜已至察罕哈达，大策零敦多卜以事宿留未至。”傅尔丹信其语，计及其未集击之。令选兵万人，循科布多河西以进，素图、岱豪为前锋，定寿等领第一队，马尔萨等领第二队，傅尔丹举大兵继其后，令衮泰护筑城，陈泰屯科布多河东，断奇兰道。六月庚子，师发科布多，定寿等进次紥克赛河，获准噶尔逻卒，言距察罕哈达止三日程，准噶尔兵不过千人，未立营。傅尔丹命乘夜速进，行数日不见敌。戊申，获谍，言准噶尔兵二千屯博克托岭。傅尔丹遣素图、岱豪将三千人往击之。敌出羸兵诱师，而伏二万人谷中。己酉，定寿师次库列图岭，遇敌，斩四百馀级，敌驱驼马逾岭遁。
庚戌，傅尔丹师至，素图、定寿皆会。辛亥，逐敌入谷，伏发，据高阜冲击。傅尔丹督战，杀敌千馀，塔尔岱、马尔齐督兵夺西山，敌据险，师攻之不能克。壬子，傅尔丹令移军和通呼尔哈诺尔，定寿、素图、觉罗海兰、常禄、西弥赖据山梁东，塔尔岱、马尔齐据其西，承保居中，马尔萨出其东，达福、岱豪当前，舒楞额、沙津达赖等护后。师甫移，敌力攻山梁东西二军，定寿等奋战。大风雨雹，师为敌所围。傅尔丹遣兵援塔尔岱出，又令承保援定寿，日暮，围未解。癸丑，海兰突围出，定寿、素图、马尔齐皆自杀；西弥赖令索伦兵赴援，兵溃，亦自杀。甲寅，敌环攻大营，傅尔丹督兵御之，杀敌五百馀。科尔沁兵溃，沙津达赖奋战入敌阵，师望见其纛，曰：“土默特兵陷贼矣！”遂大溃。乙卯，永国、海兰、岱豪皆自杀。傅尔丹杂士伍中以出。敌大集，查弼纳、巴赛、达福、马尔萨、舒楞额皆战死。傅尔丹率残兵渡哈尔噶纳河，敌追至，击杀五百馀人。七月壬戌朔，还至科布多，收馀兵仅存二千馀。
方战，科尔沁蒙古兵先败，傅尔丹闻人言，谓先败者土默特兵也。劾沙津达赖，论斩。归化城土默特副都统衮布降敌，戮其孥。傅尔丹疏请罪，上谕曰：“损兵诚有罪，朕因尔等竭蹶力战，特宽恕之。痛恻难忍，不觉泪下！解朕亲束带赐傅尔丹。尔等毋妄动，敌至能坚守，即尔等之功。科布多不能守，可还军察罕廋尔。”傅尔丹复疏请罪，上谕曰：“轻信贼言，冒险深入，中贼诡计，是尔之罪。至不肯轻生自杀，力战全归，此尔能辨别轻重。事定，朕自有处置。”寻命以锡保为靖边大将军，傅尔丹掌振武将军印，协办军务。十年七月，准噶尔侵乌逊珠勒，锡保令傅尔丹将三千人御之，败绩。锡保疏劾，罢领侍卫内大臣、振武将军，削公爵。十一年，锡保再疏劾傅尔丹，上察傅尔丹兵寡，原其罪，命留军效力。
十三年，伊都立等侵军饷事发，辞连傅尔丹，命侍郎海望逮诣京师下狱，并追论和通呼尔哈诺尔及乌逊珠勒失机罪，王大臣等依律拟斩。命未下，世宗崩，高宗即位，命改监候。乾隆四年，与岳锺琪并释出狱。十三年，师讨大金川未下，授内大臣、护军统领，赴军，寻命署川陕总督，与锺琪治军事。大学士傅恒出为经略，奏傅尔丹衰老，惟熟於管理满洲兵，请专治营垒诸事。十四年，命为参赞。大金川师罢，授黑龙江将军。十七年，卒，赐祭葬，谥温悫。子兆德，袭爵；哈达哈，自有传。