明年二月，世祖在开平，召行中书省事祃祃与文统，亲率各路宣抚使俱赴阙。世祖自去秋亲征叛王阿里不哥于北方，凡民间差发、宣课盐铁等事，一委文统等裁处。及振旅还宫，未知其可否何若，且以往者急于用兵，事多不暇讲究，所当振其纪纲者，宜在今日。故召文统等至，责以成效，用游显、郑鼎、赵良弼、董文炳等为各路宣抚司，复以所议条格诏谕各路，俾遵行之。未几，又诏谕宣抚司，并达鲁花赤管民官、课税所官，申严私盐、酒醋、曲货等禁。
文统为人忌刻，初立中书时，张文谦为左丞。文谦素以安国利民自负，故凡讲论建明，辄相可否，文统积不能平，思有以陷之，文谦竟以本职行大名等路宣抚司事而去。时姚枢、窦默、许衡，皆世祖所敬信者，文统讽世祖授枢为太子太师，默为太子太傅，衡为太子太保，外佯尊之，实不欲使朝夕备顾问于左右也。默尝与王鹗及枢、衡俱侍世祖，面诋文统曰：“此人学术不正，必祸天下，不可处以相位。”世祖曰：“若是，则谁可为者？”默以许衡对，世祖不怿而罢。鹗尝请以右丞相史天泽监修国史，左丞相耶律铸监修《辽史》，文统监修《金史》。世祖曰：“监修阶衔，俟修史时定之。”
又明年二月，李鋋反，以涟、海三城献于宋。先是，其子彦简，由京师逃归，鋋遣人白之中书。及反书闻，人多言文统尝遣子荛与鋋通音耗。世祖召文统问之曰：“汝教鋋为逆，积有岁年，举世皆知之。朕今问汝所策云何，其悉以对。”文统对曰：“臣亦忘之，容臣悉书以上。”书毕，世祖命读之，其间有曰：“蝼蚁之命，苟能存全，保为陛下取江南。”世祖曰：“汝今日犹欲缓颊于朕耶？”会鋋遣人持文统三书自洺水至，以书示之，文统始错愕骇汗。书中有“期甲子”语，世祖曰：“甲子之期云何？”文统对曰：“李鋋久蓄反心，以臣居中，不敢即发，臣欲告陛下缚鋋久矣，第缘陛下加兵北方，犹未靖也。比至甲子，犹可数年，臣为是言，姑迟其反期耳。”世祖曰：“无多言。朕拔汝布衣，授之政柄，遇汝不薄，何负而为此？”文统犹枝辞傍说，终不自言“臣罪当死”，乃命左右斥去，始出就缚。犹召窦默、姚枢、王鹗、僧子聪及张柔等至，示以前书曰：“汝等谓文统当得何罪？”文臣皆言“人臣无将，将而必诛”。柔独疾声大言曰：“宜剐！”世祖又曰：“汝同辞言之。”诸臣皆曰：“当死。”世祖曰：“渠亦自服朕前矣。”
文统乃伏诛。子荛并就戮。诏谕天下曰：“人臣无将，垂千古之彝训；国制有定，怀二心者必诛。何期辅弼之僚，乃蓄奸邪之志。平章政事王文统，起由下列，擢置台司，倚付不为不深，待遇不为不厚，庶收成效，以底丕平。焉知李鋋之同谋，潜使子荛之通耗。迩者获亲书之数幅，审其有反状者累年，宜加肆市之诛，以著滔天之恶。已于今月二十三日，将反臣王文统并其子荛，正典刑讫。於戏！负国恩而谋大逆，死有余辜；处相位而被极刑，时或未喻。咨尔有众，体予至怀。”然文统虽以反诛，而元之立国，其规模法度，世谓出于文统之功为多云。
阿鲁辉帖木儿，灭里大王之裔也。初，太宗生七子，而灭里位第七。世祖既定天下，乃大封宗亲为王，灭里其一也。灭里生脱忽，脱忽生俺都剌，俺都剌生秃满，至大元年，始封阳翟王，赐金印螭纽，俾镇北藩。秃满传曲春，曲春传太平，太平传帖木儿赤，而阿鲁辉帖木儿袭其封。
会兵起汝、颍，天下皆震动，帝屡诏宗王，以北方兵南讨。阿鲁辉帖木儿知国事已不可为，乃乘间拥众数万，屯于木儿古兀彻之地，而胁宗王以叛。且遣使来言于帝曰：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？盍以国玺授我，我当自为之。”帝闻，神色自若，徐曰：“天命有在，汝欲为则为之。”于是降诏开谕，俾其悔罪。阿鲁辉帖木儿不听。乃命知枢密院事秃坚帖木儿等击之。行至称海，起哈剌赤万人为军。其人素不习为兵，而一旦驱之使战，既阵，兵犹未接，皆脱其号衣，奔阿鲁辉帖木儿军中，秃坚帖木儿军遂败绩，单骑还上都。至正二十一年，更命少保、知枢密院事老章以兵十万击之，且俾阿鲁辉帖木儿之弟忽都帖木儿从征军中，遂大败其众。阿鲁辉帖木儿遂谋东遁。其部将脱欢知其势穷，乃与宗王囊加、玉枢虎儿吐华擒阿鲁辉帖木儿送阙下，帝命诛之。于是加老章太傅，脱欢知辽阳行枢密院事，仍以忽都帖木儿袭封阳翟王，而宗王囊加等，悉议加封。寻又诏加封老章和宁王，以岭北行省丞相知行枢密院事，俾镇北藩云。