五年夏，署两江总督。秋，授吏部尚书，仍署总督。疏劾江西巡抚岳濬及知府董文伟、刘永锡徇情纳贿，遣侍郎阿里衮会江南河道总督高斌按治，濬等坐谴。六年，疏请裁太通道、扬州盐务道，以通州隶常镇道辖，馀如旧，可其奏。兼署安徽巡抚。秋，大风雨，滨江、海诸州县皆被水。超曾令先以本州县所存银米抚恤，并发司库银八万、未被水诸州县仓米十万，赈上江各州县；又发司库银十万、各县穀百馀万，赈下江各州县。疏入，上谕曰：“料理赈恤，颇为得宜。当以至诚恻怛为之，庶可稍救灾黎也。”通州盐河亦以水发辍工，督治水利大理寺卿汪漋、副都御史德尔敏令开唐家闸泄水。民虑淹及麦田，纷集欲罢巿。侍郎杨嗣璟疏劾，命超曾按其事。超曾奏：“民无挟制阻挠情状，似可无事深究。”上从之。复疏荐江苏巡抚徐士林处己俭约，安徽巡抚陈大受虚中无滞，江西巡抚包括性情和平，惟吏玩民刁，鲜所整顿。上谕曰：“此至当至公之论，与朕见同也。”寻内召视部事，以父忧归，籍丧次。病作，七年，卒，赐祭葬，谥文敏。
徐士林，字式儒，山东文登人。父农也，士林幼闻邻塾读书声，慕之，跪母前曰：“原送儿入塾。”乃奋志励学。康熙五十二年，成进士，授内阁中书。再迁礼部员外郎。雍正五年，授江南安庆知府。十年，擢江苏按察使。坐在安庆失察私铸，左迁福建汀漳道。漳州俗好斗，杀人，捕之，辄聚众据山拒。或请用兵，士林不可。命壮丁分扼要隘，三日，度其食且尽，遣人深入，好语曰：“垂手出山者免！”如其言，果逐队出。伏其仇於旁，仇举为首者，擒以徇，众惊散。自此捕杀人者，无敢据山拒。
乾隆元年，迁河南布政使。以父病乞归侍，旋居父丧。命署江苏布政使，士林以母病、父未葬，辞。四年，命以布政使护江苏巡抚，复奏母病笃不能行。是年夏，诣京师，高宗召对，问：“道所经山东、直隶，麦收若何？”曰：“旱且萎。”问：“得雨如何？”曰：“虽雨无益。”问：“何以用人？”曰：“工献纳者，虽敏非才；昧是非者，虽廉实蠹。”上深然之。真除江苏布政使。五年，湖广遣山东流民还里，道经江南，恃其众扰民。士林疏言：“真确灾民，或有田可耕，或无田而佃，素皆力穑。时值春融，自当资送复业。至若游惰无业，漂泊日久，彼固非能耕之人，亦不尽被灾之民，应请停资送。或谓无籍穷民，恐流而为匪，终年搜查递送不得休。臣未闻不为匪於本籍，独为匪於邻封者；亦未闻真为匪者递回本籍，即能务本力田而不复潜至邻封者也。安分则抚之，犯法则惩之，在地方官处置得宜而已。”上是其言，下九卿议行。
秋，授江苏巡抚。湖北巡抚崔纪以湖广食淮盐，自雍正元年定值，递年加增，为民累，疏请核减，命士林会盐政准泰核议。士林奏：“盐为民食所资，贵固累民，贱亦累商。今确核成本，每引贱价以五两三钱馀为率，贵价以五两七钱馀为率。商人计子母，若令按本出售，恐商力日绌，转运不前，民亦所未便。请每引酌给馀息二三钱。”疏下户部议，成本如所定，至馀息已在成本内，无庸酌给。士林奏：“商人牟利，运盐不时至，巿值即因之而长。盐政三保原议每引贱至六两三钱馀，贵至六两五钱馀，是实有馀息。今臣所议已将馀息减除，仅加息二三钱。计售於民，每斤增不过以毫计，利已至薄。祗以商本饶裕，常年通算，积少成多。今不给馀息，商情必生退阻。倘汉口运盐不继，恐淮商困而楚民亦病也。”上特从之。是岁徐、海水灾，士林疏请治赈。六年春，复疏请酌借贫民穀麦。沛县灾最重，请发藩库馀平银籴米续赈。别疏言：“江苏社穀积贮无多，去年秋成，惟徐、海被灾，馀俱丰稔。臣饬诸州县劝捐十馀万石，仍戒勿强派，勿限数，勿差役滋扰。”上深嘉之。寻以病请告，温旨慰留，遣医诊视。又疏言：“淮北被水，二麦无收，急宜抚恤。臣不敢泥成例，已先饬发库帑赈济，俟察实成灾分数具题。”上谕曰：“如此料理，甚副朕视民如伤之念。”
及秋，病益甚，疏请乞假，且言：“母年八十三，未能迎养，暌违两载，寝食靡宁。”上允之。行至淮安，卒。遗疏入，上谕曰：“士林忠孝性成，以母老远离，不受妻孥之养，鞠躬尽瘁，遂致沉疴。及得假后，力疾旋里，以图侍母。临终无一语及私，劝朕以忧盛危明之心为长治久安之计。此等良臣，方资倚任。乃今溘逝，朕实切切含悲不能自已者也！”命祀京师贤良祠，赐祭葬。遗疏言：“故父之淮，母鞠氏，孝养祖父母，侍病二十馀年，历久不懈。恳赐表扬。”命予旌如例。