调直隶总督，兼管总河。奏言：“永定河惟在尾闾通畅，请於三角淀旁开引河，下接大清河老河头，上接郑家楼水口。挑去积土，即於北岸圈筑坡埝，以防北轶。南岸亦量为接筑，以遏南溜。下口河唇，随时疏通。至上游应筹分泄，请於南岸双营，北岸胡林店、小惠家庄各增建三合土滚坝一；并减堤高，使卑於坝。南岸郭家堤旧草坝应一律修筑如式。”七年，淮、扬水灾，上命高斌及侍郎周学健会总督德沛等治赈。事毕，还直隶，复奏言：“永定河上游为桑乾河，自山西大同至直隶西宁，两岸可各开渠灌田。自西宁石闸村入山，经宣化黑龙湾、怀来和合堡、宛平沿河口，两山夹峙，一线中趋。若於山口取巨石错落堆叠，仿竹络坝之意，为玲珑水坝，以杀其汹涌，则下游河患可减。”疏上，均议行。十年三月，加太子太保。五月，授吏部尚书，仍管直隶水利、河道工程。十二月，命协办大学士、军机处行走。
十一年，御史杨开鼎劾南河河道总督白锺山河决匿灾不报，命高斌往江南会总督尹继善按治，白锺山坐夺官。疏言：“淮、黄二渎，每年伏秋水涨，以老坝口水志为准则。乾隆七年最大，水志连底水一丈四尺七寸，当以此较量每年水势。各处闸坝开闭，应以就近石工水涨尺寸为度。”运河水涨，又命高斌往勘。疏陈培六塘河谢家庄、龙沟口诸处堤堰，濬中墩河、项家冲东门河；又疏请豁免海州、沭阳、赣榆诸县逋赋，及板浦、徐渎、中正、莞渎、临洪、兴庄诸场折价带徵银：并从之。高斌尝谓黄水宜合不宜分，清水宜蓄不宜泄，惟规度湖河水势，视其缩盈以定蓄泄，方不至泛溢阻碍为民害。诸所筹画，皆可循守。十二年三月，授文渊阁大学士。四月，命往江南同河道总督周学健督理防汛。五月，直隶水利工竟。
十三年，命偕左都御史刘统勋如山东治赈。又命偕总督顾琮如浙江按巡抚常安婪贿状，高斌等颇不欲穷治。上又遣大学士讷亲往按，责高斌模棱，下吏议，夺官，命留任。闰七月，周学健得罪，命兼管江南河道总督。寻以籍学健家产徇私瞻顾，夺大学士，仍留河道总督。十六年三月，上南巡，命仍以大学士衔管河道总督事。闰五月，暂管两江总督。八月，盱南阳武漫工未合龙，诏往相度修筑，命未下，高斌奏请驰赴协办。上奖其急公任事，得大臣体。十一月，工竟，命同侍郎汪由敦勘天津诸处河工。十七年，年七十，赐诗。
十八年，洪泽湖溢，邵伯运河二闸冲决，高邮、宝应诸县被水，下部严议。学习河务布政使富勒赫奏劾南河亏帑，命署尚书策楞、尚书刘统勋往按。策楞等疏发外河同知陈克济、海防同知王德宣亏帑状；并及洪泽湖水溢，通判周冕未为备，水至不能御，不即奏劾状。上责高斌徇纵，与协办河务张师载并夺官，留工效力赎罪。九月，黄河决铜山张家路，南注灵、虹诸县，归洪泽湖，夺淮而下。上以秋汛已过，何至冲漫河堤，责高斌命往铜山勒限堵塞。策楞寻奏同知李燉、守备张宾侵帑误工状，上命斩燉、宾，絷高斌、张师载使视行刑，仍传旨释之。二十年三月，卒於工次。予内大臣衔，发内库银一千治丧。
二十二年，上南巡，谕曰：“原任大学士、内大臣高斌，任河道总督时颇著劳绩。即如毛城铺所以分泄黄流，高斌设立徐州水志，至七尺方开。后人不用其法，遂致黄弱沙淤，隐贻河患。其於黄河两岸汕刷支河，每岁冬季必率厅汛填筑。近年工员疏忽，因有孙家集夺溜之事。至三滚坝泄洪湖盛涨，高斌坚持堵闭，下游州县屡获丰收。功在民生，自不可没。癸酉张家路及运河河闸之决，则其果於自信，抑且年迈自满之失。在本朝河臣中，即不能如靳辅，较齐苏勒、嵇曾筠有过无不及。可与靳辅、齐苏勒、嵇曾筠同祀，使后之司河务者知所激劝。”二十三年，赐谥文定。御制怀旧诗，列五督臣中。命祀贤良祠。
子高恒，高恒子高朴，皆坐事获谴，自有传。上复录高斌孙高杞授内务府郎中。从子高晋。
高晋，字昭德。父述明，凉州总兵。高晋初授山东泗水知县，累迁安徽布政使，兼江宁织造。乾隆二十年，擢安徽巡抚。二十二年，上南巡视河，命高晋协办徐州黄河两岸堤工。高晋奏言：“凤、颍灾区诸工并举，米价日昂，动工程银三万两购米，尚虑不敷。上念淮徐海道诸工，截漕二十万石平粜。请分五万济上江各工。”从之。工竟，加太子少傅。
二十六年，迁江南河道总督。奏言：“高、宝、兴、泰积年被水，上命封南关、车逻等坝，於金湾坝下濬引河，泄水归江，使洪泽湖、运河之水不致漫坝东注。下河各县支河汊港及田间积水，均汇入串场河，北至盐城石、天妃等闸，出新洋港。又自兴化白驹、青龙、八社、大团等闸出斗龙港，分二道归海。惟下河形如釜底，积涝骤难消涸。请浚兴化迤南丁溪、小梅二闸引河使出王家港，兴化迤北上冈、北草堰、陈家冲三闸引河，使汇射阳湖，增二道归海，俾数州县积水节节流通，沮洳渐成沃壤。”从之。二十七年，授内大臣，奏言：“运河归江，邵伯以下旧设六闸。自盐河分流下注，请将六闸金门量为展宽。又盐河旧设中、南、北各二闸，应留北二闸以济盐、运。南、中二闸过水迟滞，应添建石坝，接长土堤，酌挑引河，俾高、宝湖水归江益畅。”二十八年，加太子太傅。二十九年，奏言：“清口以上桃、宿等厅，专受黄水；清口东坝以下，淮、黄合流，至云梯关迤东归海。北岸五套、南岸陈家浦顶冲入溜，议培筑旧堤。臣以云梯关外近海，与其筑堤束水，不若於旧堤上首作斜长子堰，使水汇正河入海。”上均是之。