二曰同堂异室之制。后汉明帝遵俭自抑，遗诏无起寝庙，但藏其主于光武庙中更衣别室。其后章帝又复如之，后世遂不敢加。公私之庙。皆用同堂异室之制。先儒朱熹以谓至使太祖之位，下同孙子，而更僻处于一隅，无以见为七庙之尊；群庙之神，则又上厌祖考，不得自为一庙之主。以人情论之，生居九重，穷极壮丽，而设祭一室，不过寻丈，甚或无地以容鼎俎，而阴损其数，子孙之心，于此宜亦有所不安矣。且命士以上，其父子妇姑，犹且异处，谨尊卑之序，不相亵渎。况天子贲为一人，富有四海，祖宗神位数世同处一堂，有失人子事亡如事存之意矣。
是年，太庙常设牢醴外，益以羊、鹿、豕、蒲萄酒。敕常德府岁贡苞茅。
十六年八月丁酉，以江甫所获玉爵及坫四十九事，纳于太庙。十七年十二月甲申，告迁于太庙。癸巳，承旨和礼霍孙，大常卿太出、秃忽思等，以祐室内栗主八位并日月山牌位、圣安寺木主俱迁。甲午，和礼霍孙、太常卿撒里蛮率百官奉安太祖、睿宗二室金主于新庙，遂大享焉。乙未，毁旧庙。
十八年二月，博士李时衍等议：“历代庙制，俱各不同。欲尊祖宗，当从都宫别殿之制；欲崇俭约，当从同堂异室之制，“三月十一曰，尚书段那海及太常礼官奏曰：“始议七庙，除正殿、寝殿、正门、东西门已建外，东西六庙不须更造，余依太常寺新图建之。”遂为前庙、后寝，庙分七室。
是时，东平人赵天麟献《太平金镜策》，其议宗庙之制曰：
天子立七庙，在都城内之东南。太祖中位于北，三昭在东，三穆在西。庙皆南向，主皆东向。都宫用于外，以合之墙，宇建于内，以别之门。堂、室、寝一一分方庭砌堂，除区区异地，山节藻棁腒，以示崇高，重檐列茅，以示严肃，斩砻其桷，以示丽而不奢，覆之用茅，以示合俭而有节，此庙之制度也。祖功宗德，百世不易。亲尽之庙，因亲而祧。祧旧主于太祖之夹室，袝新主于南庙之室中。昭以取其向明，而班乎昭，穆以取其深远，而常从其穆。穆袝而昭不动，昭袝而穆不迁。二世祧，则四世迁于二室，六世迁于四世，以八世袝昭之南庙。三世祧，则五世迁于三世，七世迁于五世，以九世袝穆之南庙。孙以子袝于祖，父孙可以为王，父尸由共昭穆之同，非有尊卑之辨。故祧主既藏袷则出，余则否，袝庙贯新。易其檐，改其涂，此庙之祧袝也。散斋七日，致斋三日，牲铨肥脂，旨酒嘉栗，粢盛丰洁，器皿具务，祠宜羔豚膳膏，芗禴宜腒禴膈膳膏，臊尝宜犊麝膳膏，腥烝宜鱻羽膳膏。膻设守祧所掌之遗衣，陈奕世递传之宗器，王后及宾，礼成九献，辟公卿士，奔执豆笾，此庙之时祭也。大祖庙主寻常东面，移昭南穆北而合食，就已毁未毁而制礼，四时皆陈，未毁而祭之，五年兼己毁而祭之，此庙之袷祭也。三年大祭，祭祖之所自出，以始祖配之，此庙之祶祭也。
其言皆援据古礼。世祖虽善其言，而不能尽用云。
二十一年三月丁卯，太庙正殿成，奉安神主。二十二年十二月丁未，皇太子薨。太常博士与中书翰林诸老臣议，宜加谥，立别庙奉祀。遂谥曰明孝太子，作金主。是月，丹太庙楹。二十三年九月，以太庙雨坏，遣宫致告，泰安神主于别殿。二十五年五月，奉安神主于太宙。是年冬享，制用白马一。三十年十月朔，皇太子袝于太庙。
三十一年，成宗即位，追尊皇考明孝太子为皇帝，庙号裕宗。元贞元年冬十月癸卯，有事于太庙。中书首臣言：“去岁世祖、皇后、裕宗袝庙，以绫代玉册。今玉册、玉宝成，请纳诸各室。”帝曰：“亲飨之礼，祖宗未尝行之。其奉册以来，朕躬祝之。”命献官迎导入庙。大德元年十一月，太保月赤察儿等奏请庙享增用马，制可。二年正月，特祭太庙，用马一、牛一、羊鹿野豕天鹅各七，余品如旧，是为特祭之始。四年八月，以皇妣、皇后袝。六年五月戊申，太庙寝殿灾。
十一年，武宗即位，追尊皇考为皇帝，庙号顺宗。太祖室居中，睿宗西第一室，世祖西第二窒，裕宗西第三室，颀宗东第一室，成宗东第二室。追尊先元妃为皇后，袝成宗室。睿宗、裕宗、颀宗并未践大位，入庙称宗，而黜太宗、定宗、宪宗不在六室之列，又跻顺宗于成宗之上，皆失礼之甚者也。至大二年春正月乙未，以受尊号，恭谢太庙，是为亲祀之始。十月，以将加谥太祖、睿宗，择日请太祖、睿宗尊谥于天，择日请光献皇后、庄圣皇后尊谥于庙，改金主，题写尊谥庙号。十二月乙卯，亲享太庙。奉玉册、玉宝。加上太祖圣武皇帝尊谥曰法天启运，庙号太祖，光献皇后曰翼圣。加上睿宗景襄皇帝曰仁圣，庙号睿宗，庄圣皇后曰显懿。其旧主以椟贮两旁，自是主皆范金作之。先是，太庙皆遣官行事，帝复欲如之。大司徒李邦宁谏曰：“先胡非不欲亲致享祀，诚以疾废礼耳。今逢继成之初，正宜开彰孝道以率天下，躬祀太室，以成一代之典。循习故事，非臣所知也。”帝曰：“善。”即日备法驾宿斋官，且命邦宁为大司徒。三年，丞相三宝奴等言：“太祖祠祭用瓦尊，乞代以银。”从之。