浙江布政使盛住疏论总督陈辉祖籍王亶望家有所私，命阿桂如浙江按治。还，又命勘江南盐河水道，又命勘河南兰阳十二堡堤工，并於戴村建闸。四十九年，甘肃盐茶厅回民张阿浑据石峰堡以叛。上遣福康安、海兰察等讨之，复命阿桂视师。两月馀，破堡，戮张阿浑等，加一等轻车都尉世职。又命督河南睢州堤工。五十年，举千叟宴，阿桂领班。又命勘河南睢州河工，并察洪泽湖、清口形势。五十一年，又命勘清口堤工，并如浙江按仓库亏缺，勘海塘；又命勘江南桃源、安东河决。再如浙江按治平阳知县黄梅重徵，论如律。
五十二年，又命督塞睢州十三堡河决。时台湾民林爽文叛，上命福康安讨之，谘阿桂军事。阿桂疏论师当扼要害，分道并进，先通诸罗道，廓清后路，自大甲溪进兵。谕曰：“所见与朕略同，已谕福康安奉方略。”睢州工竟，又命勘江南临湖砖石堤工。五十三年，又命按湖北荆州水灾。请疏窖金洲以导水，修万城堤以护城。五十四年，命再勘荆州堤工。嘉庆元年，高宗内禅，阿桂奉册宝。再举千叟宴，仍领班，於是阿桂年八十矣，疏辞领兵部。二年八月，卒，仁宗临其丧。赠太保，祀贤良祠，谥文成。
阿桂屡将大军，知人善任使。诸将有战绩，奖以数语，或赉酒食，其人辄感激效死终其身。临敌，夜对酒，深念得策，辄持酒以起，旦必有所号令。方温福败，受命代将。一日日欲暮，率十数骑升高阜觇贼砦。贼望见，獷骑数百环阜上。阿桂令从骑皆下马，解衣裂悬林木，乃令上马徐下阜。贼迫阜，从落日中睹旂帜，疑我师众，方遣骑出侦，阿桂已还军矣。师薄噶拉依，索诺木约以明日降，城栅尽毁。日暮，诸将谒阿桂，谓：“今日必生致索诺木，不然，虑有他。”阿桂不答，入帐卧。明旦，索诺木自缚诣帐下。阿桂谓诸将曰：“诸君昨日语，盖虑索诺木他窜，或且死。我已得险要，窜安之？且能死，岂至今日？故吾以为无虑。”诸将皆谢服。及执政，尤识大体。康熙中，诸行省提镇以次即有空名坐粮，雍正八年著为例。乾隆四十七年诏补实额，别给养廉。阿桂疏言：“国家经费骤加不觉其多，岁支则难为继。此新增之饷，岁近三百万，二十馀年即需七千万。请除边省外，无庸概增。”上不从。是时帑藏盈溢，其后渐至虚匮。此其一端也。乾隆末，和珅势渐张，阿桂遇之不稍假借。不与同直庐，朝夕入直，必离立数十武。和珅就与语，漫应之，终不移一步。阿桂内念位将相，受恩遇无与比，乃坐视其乱政，徒以高宗春秋高，不敢遽言，遂未竟其志。
高宗图功臣於紫光阁，前后凡四举，列於前者亲为之赞。
定伊犁回部五十人：大学士傅恒，将军兆惠、班第、纳木札尔，副将军策布登紥布、富德、萨拉尔，大学士总督黄廷桂，参赞大臣亲王色布腾巴尔珠尔，贝子紥拉丰阿，郡王罗卜藏多尔济、额敏和卓，尚书舒赫德、阿里衮，总督鄂容安，侍郎明瑞、阿桂、三泰、鄂实，领队大臣内大臣博尔奔察，提督豆斌、高天喜，副都统端济布，护军统领爱隆阿，前锋统领玛巘，副都统巴图济尔噶尔，散秩大臣齐凌紥布、噶布舒，郡王霍集斯，贝子鄂对，内大臣鄂齐尔，散秩大臣阿玉锡、达什策凌，副都统鄂博什、温布、由屯、三格，侍卫奇彻布、老格、达克、塔纳、萨穆坦、璊绰尔图、塔玛鼐、富锡尔、海兰察、富绍、紥奇图、阿尔丹察、五十保。
定金川五十人：将军阿桂，副将军丰升额、明亮，大学士舒赫德、于敏中，尚书福隆安，参赞大臣亲王色布腾巴尔珠尔，都统海兰察，护军统领额森特、舒常，领队大臣都统奎林、和隆武、福康安，副都统普尔普，荆州将军兴兆，参赞大臣提督哈国兴，领队大臣提督马彪、马全、书麟，副都统三保、乌什哈达、瑚尼尔图、珠尔格德、阿尔都、阿尔萨朗、舒亮、科玛、伊兰保、佛伦泰、富兴、德赫布、莽喀察，总兵海禄、敖成、官达色、成德、钦保、曹顺、保宁、特成额、乌尔纳，总兵敦柱，侍卫额尔特、托尔托保、泰斐英阿、柏凌、达兰泰、萨尔吉岱，佐领特尔惇澈，副将兴奎。
定台湾二十人：大学士阿桂、和珅、王杰，协办大学士福康安，领侍卫内大臣海兰察，尚书福长安、董诰，总督李侍尧、孙士毅，巡抚徐嗣曾，成都将军鄂辉，护军统领舒亮、普尔普，提督蔡攀龙、梁朝柱、许世亨，总兵穆克登阿、张芝元、普吉保，散秩大臣穆塔尔。