五十四年,安南阮惠攻黎城,孙士毅师退。上移福康安两广总督,诏未至,福康安疏请往莅其事。上奖福康安忠,谓:“大臣视国如家,休戚相关,当若此也。”惠更名光平,乞输款,福康安为疏陈,请罢兵,上允之。御史和琳劾湖北按察使李天培为福康安致木材,令湖广粮船运京师,福康安疏请罪。上手诏谓阮光平方入朝,特宽之;命夺职留任,仍罚总督俸三年、公俸十年。五十五年,福康安率光平朝京师,以获盗免罚总督俸。
五十六年,廓尔喀侵后藏,命福康安为将军,仍以海兰察为参赞大臣,督师讨之,免罚公俸。五十七年三月,福康安师出青海,初春草未盛,马瘠,粮不给,督诸军速进。行四十日,至前藏,自第理浪古如绒辖、聂拉木,察地势,疾行向宗喀,至辖布基。诸道兵未集,督所部分六队,趋擦木,潜登山,夺贼前后二碉,歼贼渠三、贼二百馀,擒十馀。进次玛噶尔辖尔甲山梁,贼渠手红旗,拥众登,令设伏诱贼进,至山半,伏起横击,搴旗贼尽殪。进攻济陇,济陇当贼要隘,大碉负险,旁列诸碉卡,相与为犄角;乃分兵先翦其旁诸碉卡,并力攻大碉,缚大木为梯,督兵附碉登,毁垒。战自辰至亥,克其寨,斩六百,擒二百。捷闻,上为赋志喜诗书扇,并解御用佩囊以赐。
六月,自济陇入廓尔喀境,进克索勒拉山。度热索桥,东越峨绿山,自上游潜渡。越密里山,攻旺噶尔,克作木古拉巴载山梁。攻噶勒拉、堆补木诸山,破甲尔古拉、集木集两要寨。转战深入七百馀里,六战皆捷。上诏褒福康安劳,授武英殿大学士。福康安恃胜,军稍怠,督兵冒雨进;贼为伏以待,台斐英阿战死。廓尔喀使请和,福康安允之。廓尔喀归所掠后藏金瓦宝器,令大头人噶木第马达特塔巴等赍表进象、马及乐工一部,上许受其降。师还,加赐福康安一等轻车都统畀其子德麟,授领侍卫内大臣,视王公亲军校例,置六品顶戴蓝翎三缺,官其傔从。复图形紫光阁,大学士阿桂让福康安居首。
福康安初征金川,与海兰察合军讨乱回,同为参赞;及征台湾、定廓尔喀,皆专将,海兰察为参赞,师有功,受殊赏。上手诏谓:“福康安能克阳布,俘拉特纳巴都尔、巴都尔萨,当酬以王爵。今以受降班师,不克副初原。然福康安孝贤皇后侄,大学士傅恒子,进封为王,天下或议朕厚於后族,富察氏亦虑过盛无益。今如此蒇事,较荡平廓尔喀倍为欣慰。”阳布,廓尔喀都城;拉特纳巴都尔等,其渠名也。五十八年,疏陈西藏善后十八事,诏从之。
安南国王阮光平卒,上虑其国且乱,命福康安如广西。福康安母卒於京师,令在任守制。福康安途中病,命御医往视。福康安疏言:“安南无事,乞还京师,冀得庐墓数日。”诏许之,加封嘉勇忠锐公。移四川总督。旋又率金川土司入觐。恒秀时为吉林将军,以采参亏库帑累民,命福康安莅谳,拟罪轻,上责福康安袒戚谊。复移云贵总督。方寒,赐御服黑狐大腿褂。
六十年,贵州苗石柳邓,湖南苗吴半生、石三保等为乱,命福康安讨之。柳邓围正大营、嗅脑营、松桃厅三城,福康安师至,力战,次第解三城围,赐三眼花翎。福康安率贵州兵破老虎岩贼寨,诇得柳邓踪迹。和琳时为四川总督,将四川兵来会,攻满华寨,焚贼寨四十。柳邓入湖北,投三保,三保方围永绥厅,福康安督兵赴援。师当渡,贼筑卡拒守。分兵出上流,缚筏,纵民牧牛,设伏;待贼至掠牛,伏起,夺贼船,所缚筏亦顺流至,师尽济。攻石花寨,越得拉山战,杀贼甚众,令总兵花连布间道援永绥,师从之,战三日,围解。
进次竹子山,贼屯兰草坪西北崖,以板为寨,树旗东南山阙;乃设伏对山,仍督兵若将自山阙入。贼来战,伏兵发炮,贼溃,退保琅木陀山;再进,克之。山西为登高坡,与黄瓜山对,分兵出五道,冒风雨克黄瓜山,焚寨五十六;攻蒩麻寨,夺大小喇耳山,焚寨四十。半生、三保悉众拒战,分兵攻雷公山,阻其援兵,击破西梁上中下三寨。再进至大乌草河,循河克沙兜寨、盘基坳山;战於板登塞,再战於雷公滩,贼屡败。取右哨营,渡河,於群山中越险,进克马蝗冲等大小寨五十。至狗脑坡,山益险,兵皆附葛藤,冒矢石,行陟其巅,破贼寨;再进,克虾蟆峒、乌龙岩。攻茶它,降者七十馀寨。上移福康安闽浙总督,进封贝子。
再进,克岩碧山,焚巴沟等二十馀寨。再进攻麾手寨山,总兵花连布将广西兵克苗寨四十,赐貂尾褂。围高多寨,吴半生穷蹙出降。上官福康安子德麟副都统,在御前侍卫上行走。再进攻鸭保寨,鸭保右天星寨,为贼中奇险处,督兵自雪中求道,进取木城七、石卡五,克垂藤、董罗诸寨,赐御服黄里玄狐端罩。旋克大小天星寨。进攻木营,乘风雪夜进,拔地良、八荆、桃花诸寨。自平陇复乾州,尽克擒头坡、骡马峒诸隘,焚其寨三百。嘉庆元年,再进,克吉吉寨、大陇峒等寨。战於高吉陀,再战於两岔溪,屡败贼。贼袭木营,攻擒头坡,皆以有备败走。克结石冈,焚牧牛坪等大小寨七十。进克官道溪,再进攻大麻营石城,至廖家冲,夺山巅石卡。夜间,道出连峰坳,夺山梁七。上褒福康安,命赠傅忄互贝子。