五十四年，安南阮惠攻黎城，孙士毅师退。上移福康安两广总督，诏未至，福康安疏请往莅其事。上奖福康安忠，谓：“大臣视国如家，休戚相关，当若此也。”惠更名光平，乞输款，福康安为疏陈，请罢兵，上允之。御史和琳劾湖北按察使李天培为福康安致木材，令湖广粮船运京师，福康安疏请罪。上手诏谓阮光平方入朝，特宽之；命夺职留任，仍罚总督俸三年、公俸十年。五十五年，福康安率光平朝京师，以获盗免罚总督俸。
五十六年，廓尔喀侵后藏，命福康安为将军，仍以海兰察为参赞大臣，督师讨之，免罚公俸。五十七年三月，福康安师出青海，初春草未盛，马瘠，粮不给，督诸军速进。行四十日，至前藏，自第理浪古如绒辖、聂拉木，察地势，疾行向宗喀，至辖布基。诸道兵未集，督所部分六队，趋擦木，潜登山，夺贼前后二碉，歼贼渠三、贼二百馀，擒十馀。进次玛噶尔辖尔甲山梁，贼渠手红旗，拥众登，令设伏诱贼进，至山半，伏起横击，搴旗贼尽殪。进攻济陇，济陇当贼要隘，大碉负险，旁列诸碉卡，相与为犄角；乃分兵先翦其旁诸碉卡，并力攻大碉，缚大木为梯，督兵附碉登，毁垒。战自辰至亥，克其寨，斩六百，擒二百。捷闻，上为赋志喜诗书扇，并解御用佩囊以赐。
六月，自济陇入廓尔喀境，进克索勒拉山。度热索桥，东越峨绿山，自上游潜渡。越密里山，攻旺噶尔，克作木古拉巴载山梁。攻噶勒拉、堆补木诸山，破甲尔古拉、集木集两要寨。转战深入七百馀里，六战皆捷。上诏褒福康安劳，授武英殿大学士。福康安恃胜，军稍怠，督兵冒雨进；贼为伏以待，台斐英阿战死。廓尔喀使请和，福康安允之。廓尔喀归所掠后藏金瓦宝器，令大头人噶木第马达特塔巴等赍表进象、马及乐工一部，上许受其降。师还，加赐福康安一等轻车都统畀其子德麟，授领侍卫内大臣，视王公亲军校例，置六品顶戴蓝翎三缺，官其傔从。复图形紫光阁，大学士阿桂让福康安居首。
福康安初征金川，与海兰察合军讨乱回，同为参赞；及征台湾、定廓尔喀，皆专将，海兰察为参赞，师有功，受殊赏。上手诏谓：“福康安能克阳布，俘拉特纳巴都尔、巴都尔萨，当酬以王爵。今以受降班师，不克副初原。然福康安孝贤皇后侄，大学士傅恒子，进封为王，天下或议朕厚於后族，富察氏亦虑过盛无益。今如此蒇事，较荡平廓尔喀倍为欣慰。”阳布，廓尔喀都城；拉特纳巴都尔等，其渠名也。五十八年，疏陈西藏善后十八事，诏从之。
安南国王阮光平卒，上虑其国且乱，命福康安如广西。福康安母卒於京师，令在任守制。福康安途中病，命御医往视。福康安疏言：“安南无事，乞还京师，冀得庐墓数日。”诏许之，加封嘉勇忠锐公。移四川总督。旋又率金川土司入觐。恒秀时为吉林将军，以采参亏库帑累民，命福康安莅谳，拟罪轻，上责福康安袒戚谊。复移云贵总督。方寒，赐御服黑狐大腿褂。
六十年，贵州苗石柳邓，湖南苗吴半生、石三保等为乱，命福康安讨之。柳邓围正大营、嗅脑营、松桃厅三城，福康安师至，力战，次第解三城围，赐三眼花翎。福康安率贵州兵破老虎岩贼寨，诇得柳邓踪迹。和琳时为四川总督，将四川兵来会，攻满华寨，焚贼寨四十。柳邓入湖北，投三保，三保方围永绥厅，福康安督兵赴援。师当渡，贼筑卡拒守。分兵出上流，缚筏，纵民牧牛，设伏；待贼至掠牛，伏起，夺贼船，所缚筏亦顺流至，师尽济。攻石花寨，越得拉山战，杀贼甚众，令总兵花连布间道援永绥，师从之，战三日，围解。
进次竹子山，贼屯兰草坪西北崖，以板为寨，树旗东南山阙；乃设伏对山，仍督兵若将自山阙入。贼来战，伏兵发炮，贼溃，退保琅木陀山；再进，克之。山西为登高坡，与黄瓜山对，分兵出五道，冒风雨克黄瓜山，焚寨五十六；攻蒩麻寨，夺大小喇耳山，焚寨四十。半生、三保悉众拒战，分兵攻雷公山，阻其援兵，击破西梁上中下三寨。再进至大乌草河，循河克沙兜寨、盘基坳山；战於板登塞，再战於雷公滩，贼屡败。取右哨营，渡河，於群山中越险，进克马蝗冲等大小寨五十。至狗脑坡，山益险，兵皆附葛藤，冒矢石，行陟其巅，破贼寨；再进，克虾蟆峒、乌龙岩。攻茶它，降者七十馀寨。上移福康安闽浙总督，进封贝子。
再进，克岩碧山，焚巴沟等二十馀寨。再进攻麾手寨山，总兵花连布将广西兵克苗寨四十，赐貂尾褂。围高多寨，吴半生穷蹙出降。上官福康安子德麟副都统，在御前侍卫上行走。再进攻鸭保寨，鸭保右天星寨，为贼中奇险处，督兵自雪中求道，进取木城七、石卡五，克垂藤、董罗诸寨，赐御服黄里玄狐端罩。旋克大小天星寨。进攻木营，乘风雪夜进，拔地良、八荆、桃花诸寨。自平陇复乾州，尽克擒头坡、骡马峒诸隘，焚其寨三百。嘉庆元年，再进，克吉吉寨、大陇峒等寨。战於高吉陀，再战於两岔溪，屡败贼。贼袭木营，攻擒头坡，皆以有备败走。克结石冈，焚牧牛坪等大小寨七十。进克官道溪，再进攻大麻营石城，至廖家冲，夺山巅石卡。夜间，道出连峰坳，夺山梁七。上褒福康安，命赠傅忄互贝子。