道光四年，命在军机大臣上行走。六年，回疆乱起，西四城皆陷。阿克苏办事大臣长清独能固守却贼，先由玉麟论荐，诏特嘉之，赐花翎。七年，兼翰林院掌院学士，充上书房总师傅，加太子少保。八年，回疆既定，晋太子太保，绘像紫光阁。
上方廑顾西陲，以玉麟悉边务，九年，特命出为伊犁将军。疏言：“浩罕将作不靖，请缓南路换防。阿坦台、汰劣克屡请投顺，包藏祸心，添巡边兵以备御。伊萨克忠勇能事，责令乘机谋之。近夷布呼等爱曼恭顺，重赏以固其心，则卡外动静俱悉。”诏如议行，并令喀什噶尔参赞大臣札隆阿为之备。札隆阿误信汰劣克等，不之疑也。十年秋，安集延果引浩罕内犯，喀什噶尔帮办大臣塔斯哈率兵出御，遇伏陷殁。札隆阿将弃城退守阿克苏，玉麟急疏闻，请责长清等速筹粮储，哈丰阿速进攻，发伊犁兵四千五百名，令容安率之赴援。容安至阿克苏，与长清议，中途有朵兰回子梗阻，令哈丰阿、孝顺岱由和阗草地进兵。玉麟疏劾曰：“喀、英两城被困两月，贼势尚单，易於援剿，由大路直赴叶尔羌，二城之围自解。迂道和阗，须一月方至，贼势渐厚，哈丰阿军未必得力。阿克苏现集兵不下万人，仅以三千人绕路进发，留兵坐糜饷粮，实属非计。札催十数次，该大臣等始以粮运迁延，后又称蒙兵、民遣皆不足恃。计程裹粮二十日足用，后路转运已源源而来。前年克复四城，民遣得力，浑巴什河之捷，土尔扈特出力较多。近日璧昌以少胜众，岂沿边零匪转不能就地歼除？请将长清等严行申饬。”上韪其言，仍促哈丰阿进兵。及长龄督杨芳、胡超等大兵至喀、英二城，贼已远遁。玉麟疏言：“贼势涣散，现调官兵不止四万，月需粮万五千石，运费十馀万两。请停止续调四川、陕、甘兵，并饬回疆各城采买粮饷，较之戈壁转输，节省不止倍蓰。”从之。
初张格尔之就擒也，回子郡王衔贝子伊萨克实诱致，诸夷忌之，乱起，兵民谋劫掠，事泄，诛首犯，逐流民。怨者譌言伊萨克通贼，遂围劫其家，并杀避乱回众二百馀人。札隆阿不能制，反附和劾囚之。玉麟以伊萨克身膺王封，助乱得不偿失，子孙在阿克苏，家业在库车，岂无顾虑？疏陈其可疑，命偕长龄会鞫，得札隆阿惧罪欲杀之以掩迹，及委员章京等捏奏迎合诬证状，札隆阿以下坐罪有差，复伊萨克爵职，回众大服。
时诸臣议回疆事宜，玉麟上疏曰：“阅固原提督杨芳添兵招佃奏稿，称四川总督鄂山有请西四城改照土司之议。伏思回疆自入版图，设官驻兵，不惟西四城为东道藩篱，南八城为西陲保障，即前后藏及西北沿边蒙古、番子部落，皆赖以巩固。若西四城不设官兵，仅令回人守土，诚恐回性无恒，又最畏布鲁特强横，转瞬即为外夷所有，则阿克苏又将为极边矣。其迤东之库车、喀喇沙尔、吐鲁番、哈密等城，必至渐不安堵。以形势论，唇亡则齿寒；以地利论，喀什噶尔、叶尔羌、和阗三处为回疆殷实之区。舍沃壤而守瘠土，是藉寇兵而赍盗粮也。杨芳所谓守善於弃，实不易之论。至请将喀什噶尔参赞移迁阿克苏，殊非善计。该处幅员狭隘，不足为重镇。且距喀城二千里，有鞭长不及之患。其所陈招佃通商各条，则为治边良法，请用之。”於是诏发长龄密陈十条及中外奏议，交玉麟悉心筹画。十一年，偕长龄会疏，上定以参赞大臣移驻叶尔羌，暨善后诸政，具详长龄传。十二年，事定，回伊犁，调剂番戍官兵以均劳逸。惠远城南濒河，定岁修之例；以待种之地租给回民，收租充兵食，并为赡孤寡备差操诸用。拓敬业官学学舍，创建文庙。宣宗特颁扁额以重其事，边徼士风渐蒸蒸焉。十三年，命回京，以特依顺保代之。行至陕西，卒於途次。上闻震悼，优诏赐恤，赠太保，入祀贤良祠。柩至京，亲临赐奠，谥文恭。伊犁请祠祀，允之。
特依顺保，钮祜禄氏，满洲正白旗人。由吉林前锋长从征廓尔喀，有功。嘉庆中，从长龄剿教匪，屡破高天升、马学礼，赐号安成额巴图鲁。累擢甘肃西宁镇总兵。十八年，从那彦成讨滑县教匪，力战，数破贼，克司寨，歼首逆李文成，克滑县，执贼渠，予云骑尉世职。移剿陕西三才峡匪。事平，擢黑龙江将军。调乌里雅苏台将军、塔尔巴哈台参赞大臣、叶尔羌办事大臣。召授正白旗蒙古都统。张格尔之乱，命赴阿克苏。寻署甘肃提督，兼西宁办事大臣。历绥远城、黑龙江、宁夏、西安将军。调伊犁，承玉麟之后，休息边氓，抚驭夷部。巴尔楚克诸地屯田渐兴，酌撤防兵。在任五年，边疆无事。道光十八年，入觐，诏嘉其治边措施悉当，加太子太保，授内大臣，留京供职。寻授领侍卫内大臣。二十年，病，请解职。未几，卒，赐恤如例。
论曰：回疆之役，削平易而善后难。长龄持重於始，老成之谋。那彦成力袪积弊，善矣，而操切肇衅，未竟厥功。玉麟以枢臣自请治边，补救绸缪，西陲乃得乂安无事。紫阁铭勋，盖非幸已。