五年，调江苏。先是洪泽湖决，漕运梗阻，协办大学士英和陈海运策，而中外纷议挠之。澍毅然以身任，奏请苏、松、常、镇、太五府州漕粮百六十馀万石归海运，亲赴上海，筹雇商船，体恤商艰，群情踊跃。六年春，开兑，至夏全抵天津，无一漂损者，验米色率莹洁，过河运数倍。商船回空，载豆而南，两次得值船馀耗米十馀万石，发部帑收买，由漕项协济天津、通仓之用，及调剂旗丁，尚节省银米各十馀万。事竣，优诏褒美，赐花翎。明年，遂偕总督蒋攸銛合疏陈海运章程八条，冀垂令甲，永纾漕累，格於部议，未果行。又以绅衿包完漕米，横索陋规，为漕务之害，奏请惩办。学政辛从益意不合，争之。澍复疏言：“陋规日增，势必取偿小民。若预计有司不减浮收，置陋规於不问，非釜底抽薪之计。”仍执前议，治包抗从严焉。
江苏频遭水患，由太湖水泄不畅。疏言：“太湖尾闾在吴淞江及刘河、白茆河，而以吴淞江为最要。治吴淞以通海口为最要。”於是以海运节省银二十馀万兴工，择贤任事，至八年工竣。又以江以南运道，徒阳运河最易淤阻，而练湖为其上游，孟渎为其旁支。澍自巡漕时，条奏利害，至是先濬徒阳河，将以次举刘河、白茆、练湖、孟渎诸工。后在总督任，与巡抚林则徐合力悉加疏濬，吴中称为数十年之利，语详则徐传。
十年，以捕获户部私造假照要犯，加太子少保衔，署两江总督，寻实授。时淮盐败坏，商困课绌，岌岌不可终日。澍疏陈积弊，请大删浮费，以为补救。议者多主改法课归场灶，命尚书王鼎、侍郎宝兴赴江南查议。澍谓除弊即以兴利，无事轻改旧制，偕鼎等合疏胪陈利害，条上十五事。鼎等复请裁盐政归总督管理，报可。澍受事，缴还盐政养廉五千两，裁减衙门陋规十六万两有奇，凡淮南之窝价，淮北之坝槓，两淮之岸费，分别减除，岁计数百万两，分设内外二库，正款贮内库，杂项贮外库，杜绝挪垫。革总商以除把持，散轮规以免淹滞，禁粮船回空带芦盐，及商船借官行私，令行禁止，弊肃风清。淮北尤疲累，先借款官督商运，继仿山东、浙江票引兼行之法，於海州所属中正、板浦、临兴三场择要隘设局给票，注明斤数运地，无票越境以私论。仍留畅销之岸，江运八州县、湖运十一州县，归商运。十二年，奏准开办，越半岁，溢销逾额，复推广於江运、湖运各岸，减价裁费，商贩争趋，而窝商蠹吏、坝夫岸胥一旦尽失其中饱需索之利，群议沸腾。言官摭浮言，屡事弹劾，赖宣宗鉴其忠诚，倚畀愈专。屡请复盐政专职，皆不许，澍益感奋，力排众议，毅然持之，卒获成效。道光元年至十年，淮南行六纲，淮北仅行三纲。澍承极弊之后，自十一年至十七年，淮南已完六纲有馀，淮北率一岁行两纲之盐，尽完从前滞欠，且割淮南悬引，两淮共完正杂银二千六百四十馀万两，库贮实存三百馀万两。两届京察，并被褒奖优叙。晚年将推淮北之法於淮南，已病风痺，未竟其施，然天下皆知票盐减价敌私，为正本清源之计。后咸丰中乃卒行之。十九年，卒。遗疏上，优诏轸惜，称其“实心任事，不避嫌怨”，晋赠太子太保，依尚书例赐恤，赐其子桄主事，谥文毅。祝名宦祠，於海州建专祠。
澍见义勇为，胸无城府。用人能尽其长，所拔取多至方面节钺有名。在江南治河、治漕、治盐，并赖王凤生、俞德源、姚莹、黄冕诸人之力。左宗棠、胡林翼皆识之未遇，结为婚姻，后俱为名臣。所著奏议、诗文集、蜀輶日记、陶桓公年谱、陶渊明诗辑注并行世。
论曰：赵慎畛学有本源，察吏治民，严而能恕，所至政无不举。卢坤治回疆军需，平湖南瑶，驭广东夷商，皆有殊绩。陶澍治水利、漕运、盐政，垂百年之利，为屏为翰，庶无媿焉。道光中年后，海内多事，诸臣并已徂谢，遂无以纾朝廷南顾之忧。人之云亡，邦国殄瘁，其信然哉！