五年，擢闽浙总督。奏请噶玛兰收入版藉，设官治理。彰化匪徒械斗焚劫，旁近蜂起，全台震动，檄水师提督许松年剿捕，副将邵永福等趋艋舺，阻其北窜；总兵陈化成以兵渡鹿仔，防其入海。尔准亲驻厦门，遣副将佟枢等分往彰化、淡水，搜山围捕，诇知贼党煽诱日众，移陆路提督马济胜守厦门，自渡海驻彰化督剿，贼首李通遁，捕得伏诛。令各庄举首事，缉馀匪，闽人捕闽人，粤人捕粤人，以免诬累。
台人有与生番贸易遂娶番妇者，俗名“番割”，其魁黄斗乃等久踞三湾，潜出为盗。当乱起时，诱生番出山助斗，遣参将黄其汉等分路侦击。番窜后山，士卒攀藤蹑葛而登，擒黄斗乃等二十一人，斩以徇。尔准疏陈匪徒起事，由於造谣焚掠，非叛逆，当以强盗论；淡水以北分党报复，当以械斗论；焚杀有据者始坐辟，馀俱末减。其胁从旋解散者，多所保全。又奏台湾北路至艋舺几五百里，仅有守备一员，巡防难周。调南路游击一员驻竹堑，并於大甲、铜锣湾、斗换坪诸处添驻营汛，改建淡水土城。头道溪为生番出入总路，亦建土城，以屯丁驻守。事平，加太子少保。七年，入觐，宣宗嘉其治台湾匪乱悉合机宜，迅速蒇功，赐其子慧翼官主事。
木兰陂者，创自宋熙宁间，溉民田四十万亩，筑石堤千一百馀丈以御海潮，岁久倾坏，尔准道经莆田，亲勘修复。工蒇，以宋长乐室女钱创陂实功首，建祠列入祀典。尔准治闽最久，谙悉其风土人情，吏民皆相习，政从宽大，闽人安之。九年，坐失察家仆收贿，镌二级留任。十一年，以病乞休。逾年，卒，赠太子太师，赐子慧惇进士，慧翼员外郎，谥文靖，祀福建名宦及乡贤祠。
程祖洛，安徽歙县人。嘉庆四年进士，授刑部主事，洊迁郎中。谙练刑名，为仁宗所知。京察记名道府，久未外简，以截取铨授甘肃平凉知府。部臣请留，诏斥规避边远，撤销记名，留部永不外用。久之，擢内阁学士。寻授江西按察使，迁湖南布政使，调山东。
道光二年，擢陕西巡抚，调河南。教匪朱麻子由新蔡窜安徽阜阳，捕获置之法。与直隶、山东、安徽、湖北毗连诸县素多盗，拨库帑五万两生息，为缉捕经费。漳水决安阳樊马坊，河流北徙，命大学士戴均元往会勘。祖洛周历上下游，合疏言：“漳水自乾隆五十九年南徙合洹以来，卫水为所遏，每致溃溢。今河流既分，不可使复合。议於樊马坊上下距洹水最近处，及南岸冲决成沟，并筑土坝，使二河分流，冀减漫溢之势。”至四年春，积水消涸，地形显露。田市之北，漫水与沟隔断，不能引归正河。乃就其上游龙家庄洼地抽沟启放，复於内黄马家洼开引河，添筑田家营大坝，使溜势南趋。自是漳、卫合并之患遂息。虞城横河、惠民沟，夏邑巴清河，永城减水沟，旧为豫东宣泄潦水要区，迭经黄河漫淤，滨河连岁被灾，并疏濬之。初，河南、安徽治捻匪从重典，嗣部议有所减改。祖洛疏言：“匪徒结捻，倡劫党众，一呼而集，其豫谋早在结捻之时。新例以是否豫谋分别轻重，诸多窒碍，请复旧例。”并论匪徒拒捕及捕人治罪各条。又言：“获盗究出旧案，免究从前失察处分。请遵嘉庆间谕旨，俾除瞻顾。”并从之。
七年，丁母忧，服阕，署工部侍郎。寻署湖南巡抚，调江苏。十二年，擢闽浙总督。命查办浙江盐务，严定裁汰浮费章程，下部议行。台湾奸民张丙、陈办等倡乱，命将军瑚松额督兵进剿，祖洛专治后路军需。十三年，提督马济胜破贼，张丙等就擒，赴台湾筹办善后事宜，劾战守不力之都司周进龙等，褫黜有差。改营制，增防守。优叙，赐花翎。疏陈福建吏治，略曰：“安民必先惩蠹，不可以回护瞻顾而曲纵奸恶。闽省吏治无子惠之政，而务宽大之名，始因官之庸劣，酿成顽梗之风，今又因民之诪张，遂有疲难之势。官曰民刁，民曰吏虐，互相传播，渐失其真。官不执法，幕不守法，因而愚民犯法，书役弄法，棍徒玩法。必先惩不执法之官，然后能治犯法、弄法、玩法之人。”於是连劾官吏不职者，略无假贷，吏治始肃。已革县丞秦师韩京控提督马济胜矇奏邀功，并讦祖洛偏袒欺蒙，命侍郎赵盛奎偕学攻张鳞按鞫，白其诬，师韩遣戍新疆。十五年，疏陈闽洋形势，以漳州之南澳、铜山为藩篱，泉之厦门、金门为门户，兴化之海坛为右翼，闽安为省会咽喉，福宁之铜山为后户。巡缉守御，全资寨城炮台。就最要者四十四处，由官民捐赀修筑。十六年，丁父忧去官，服阕，引疾不出。二十八年，卒，宣宗甚惜之，赠太子太保，谥简敬。