七年，偕林翼疏言：“湖北为长江上游要害，武汉尤九省通衢，自来东南有事必争之地。三次失陷，力攻两载而后克之。目前相机防剿，不令贼乘间上窜，蹈从前覆辙。业派李续宾由南岸，都兴阿、孔广顺、王国才由北岸，杨载福率水师由江路分道进剿。现北岸黄州至黄梅，南岸武昌至兴国，均已肃清，崇、通一带搜捕殆尽；李续宾抵九江，与曾国藩会合进攻；杨载福毁城外贼营；惟小池口贼垒未拔，派鲍超助攻。安徽之英山、太湖、宿松、望江接壤湖北，皆为贼薮，有窥伺上犯之心。饬王国才驻黄梅之大河铺、界岭岩，孔广顺驻蕲水之孔陇驿，巴扬阿率马队为各路应援，以固楚北门户。道士洑水阔溜急，田家镇两山对峙，水师皆难久驻，酌留各营游巡江面，足备镇驭。通筹大局，我军已据水陆上游，实蓄破竹建瓴之势。所虑江西七府未平，武昌尚有肘腋之患。贼若由通城、崇阳、兴国窜逼武昌，反出江西各军之上，自当固守武昌，以为后路根本。相机筹画，节节进取，仍步步严防，庶军情无返顾掣肘之虞，转饷有源源不竭之利。”疏入，报闻。
初，官文由荆州将军调总督，凡上游荆、市、襄、郧诸郡兵事饷事悉主之。林翼以巡抚驻金口，凡下游武、汉、黄、德诸郡兵事饷事悉主之。南北军各领分地，徵兵调饷，每有违言。武昌既复，林翼威望日起，官文自知不及，思假以为重，林翼益推诚相结纳，於是吏治、财政、军事悉听林翼主持，官文画诺而已。不数年，足食足兵，东南大局，隐然以湖北为之枢。
八年四月，复九江，论功，加太子少保。皖贼陷麻城、黄安，围蕲州，先后破走之。七月，胡林翼丁母忧，官文疏请留林翼治军，改为署理，从之。命官文暂行兼署巡抚，寻以湖广总督协办大学士。李续宾战殁三河，皖、鄂震动。官文分兵扼蕲州、广济、麻城诸隘，固守九江、彭泽，水师严防江面，人心始定。九年，贼窜湖南，围宝庆，檄荆宜施道李续宜赴援，大破之，宝庆围解。十二月，复太湖，被优叙。十一年，拜文渊阁大学士，仍留总督任。时大军围安庆急，陈玉成、李秀成先后分兵犯湖北境，冀掣动局势，遣将迭破之，所陷诸郡县皆复。八月，克安庆，加太子太保。是年，胡林翼病殁，严树森代之。
降捻苗沛霖踞安徽寿州，诏疆臣议剿抚之策。官文疏陈沛霖包藏祸心，罪大恶极，请伸天讨。同治元年，遣副将周凤山等剿捻於河南信阳、罗山，败之；又破黄梅捻巢，收复十馀寨：晋文华殿大学士。发、捻合扰楚、豫之交，势甚炽。荆州将军多隆阿方督师赴陕西，官文以楚兵不敷分布，奏调回援。九月，多隆阿至，屡战皆捷，襄河以北贼皆远遁。三年，劾巡抚严树森把持刚愎，黜之。六月，克复江宁，曾国藩奏捷，推官文列名疏首。诏嘉官文徵兵筹饷，推贤让能，接济东征，不分畛域，锡封一等伯爵，号果威，世袭罔替，升入正白旗满洲，赐双眼花翎。盖褒其能与胡林翼和衷卒成大功也。
四年，僧格林沁剿捻战殁於山东，诏追论前年发、捻扰湖北，官文不能就地歼除，仅驱出境，以致蔓延益炽，下严议，降三级调用，改革职留任，褫宫衔、花翎。五年，偕曾国藩奏设长江水师，如议行。湖北巡抚曾国荃劾官文贪庸骄蹇，命尚书绵森、侍郎谭廷襄往按，坐动用捐款，议革职，诏念前劳，原其尚非贪污欺罔，优与保全，解总督，仍留大学士、伯爵，罚伯俸十年。召还京，管理刑部，兼正白旗蒙古都统。寻出署直隶总督。
七年，捻匪张总愚由西路窜扰畿辅，下严议。寻李鸿章、左宗棠等入援，七月，捻匪平，复宫衔、花翎。八年，回京，管理户部三库，授内大臣。十年，卒，优诏赐恤，赠太保，赐金治丧，遣惠郡王奠醊，祀贤良祠，谥文恭。寻以疆臣请合祀湖北胡林翼专祠。
当官文之在湖北，事事听林翼所为，惟驭下不严，用财不节，林翼忧之。阎敬铭方佐治饷，一日林翼与言，恐误疆事。敬铭曰：“公误矣！本朝不轻以汉大臣专兵柄。今满、汉并用，而声绩炳著者多属汉人，此圣明大公划除畛域之效。然湖北居天下要冲，朝廷宁肯不以亲信大臣临之？夫督抚相劾，无论未必胜，即胜，能保后来者必贤耶？且继者或厉清操，勤庶务，而不明远略，未必不颛己自是，岂甘事事让人？官文心无成见，兼隶旗籍，每有大事，正可借其言以伸所请。其失仅在私费奢豪，诚於事有济，岁糜十万金供之，未为失计。至一二私人，可容，容之；不可，则以事劾去之。彼意气素平，必无忤也。”林翼大悟。及林翼殁，督抚不相能，官文劾严树森去之；而曾国荃又劾官文去之。官文晚节建树不能如曩时，然林翼非官文之虚己推诚，亦无以成大功，世故两贤之。