二十一年，英吉利兵船游弋秦王岛，命讷尔经额移驻天津筹防，加太子太保。时渐多事，财政支绌，疆臣犹因袭承平旧制，惮於兴革。廷议兴屯垦及畿辅水利，讷尔经额疏言：“屯田不能行於畿辅，先朝试行水利，屡兴屡废。良由南北异宜，民多未便。”寝其议。又言官请长芦悬岸盐额如河南、山东，改归官办。讷尔经额言：“悬岸由於私充引滞，但使枭贩敛迹，民贩亦可持久，诸商不招自至。不必务官办之虚名，徒事更张，无裨实用。”咸丰二年，以直隶总督协办大学士，寻拜文渊阁大学士，仍留总督任。
三年，粤匪既踞江宁，分党由安徽入河南，归德、睢州、宁陵、兰封相继陷，河南巡抚陆应穀败绩。贼窥开封，命讷尔经额防守大名，遏贼北窜。令总兵花里雅逊布屯延津防河，双禄守彰德为后继，而贼酋林凤祥、李开芳已自汜水渡河，陷温县，犯怀庆。讷尔经额檄总兵董占元赴援，自驻临洺关，请增调盛京、吉林步骑。诏授讷尔经额为钦差大臣，节制河南、北诸军。贼围怀庆久，知府余炳焘率绅民固守，贼周树木栅为久困计。援军四集，惟都统胜保、将军托明阿军战最力，花里雅逊布、董占元等隔丹水驻军，畏贼不敢进。胜保屡以为言，诏促讷尔经额进师夹击，并防贼窜入山西，乃进驻清化镇。八月，诸军五路合击，破贼栅，贼大溃，围乃解。文宗大悦，赐讷尔经额双眼花翎、黄马褂，赉擢诸将有差。
贼之败窜也，诸军以久战疲罢，未能力追；山西兵多调援，设防不密。贼遂由济源入太行山，连陷垣曲、阳城、曲沃，犯平阳府，扰及洪洞，并失守。追军皆落后，惟胜保先进，战於平阳，挫之。绕前扼贼北路，贼乃东趋。讷尔经额回驻临洺关，素不知兵，束手无措。或告潞城、黎城间有孔道，循太行东出武安，密迩临洺，然险隘可扼。讷尔经额以非直隶辖境，咨山西巡抚守御。既而贼果破黎、潞，犹谓贼不能遽至。忽有冒钦差大臣旗帜责州县供张者，盖贼之前驱已出山矣。俄而麕至，官军出不意，惊溃，讷尔经额以数十人走保广平府城，关防、令箭、军书、资械委弃皆尽。事闻，褫职，留於直隶随同办理军务。贼遂大炽，畿辅半被蹂躏，京师震动。命惠亲王绵愉为大将军，科尔沁郡王僧格林沁副之，胜保督师前敌追剿。於是逮讷尔经额下狱，论斩监候。逾年始殄贼，先后擒首逆林凤祥、李开芳伏诛，畿辅肃清。赦讷尔经额出狱，遣戍军台。逾年释回，予六品顶戴，命守慕陵。寻以四五品京堂候补。七年，卒。子蕴秀、衍秀，并官内阁学士。
论曰：清沿故事，有大军事，辄以满洲重臣督师。乾、嘉时，如阿桂、福康安、勒保、额勒登保等，皆胸有韬略，功在旂常。道光以来，惟长龄平定回疆，差堪继武。其后禧恩之征瑶，奕山、奕经之防海，或以骄侈召谤，或以轻率偾事。至粤匪初起，李星沅不胜任，易以赛尚阿，驭将无方，遂致寇不可制。讷尔经额庸懦同之，畿甸震惊，自是朝廷始知其弊。惟僧格林沁犹以勋望膺其任，不复轻以中枢阁部出任师干，即有时亲藩遥领，亦居其名不行其实。盖人材时会使然，固不可与国初入关时并论也。