九年，调广东巡抚，兼署两广总督。英军犹踞省城，前任总督黄宗汉、巡抚耆龄等，皆驻外县不敢入。崇光至，坦然入城，与敌军狎居。寻实授总督，迭遣将御湖南、江西窜匪，击走之。本境土寇时起，皆不久扑灭。与广西军会剿艇匪，梧州、浔州贼匪渐清。至十一年，英法联军犯京师，和议成，广州敌军始退。同治元年，以失察都司陶昌培、知县许庆镕营私纳贿，降三级调用，命仍以一品顶戴赴贵州按事。前巡抚耆龄、御史华祝三复劾崇光任用非人，调度乖方，诏命自陈，下署总督晏端书、提督昆寿察按，得免议。
寻授云贵总督。云南自总督潘铎被戕，巡抚徐之铭结回酋以自保，张凯嵩继署总督，久不至，以规避黜，命崇光代之。崇光至贵州，会粤匪石达开馀党陷绥阳，督兵击走之，遂驻贵阳。三年春，土匪、苗匪屡来犯，偕巡抚张亮基勒兵固守，贼败退。时云南叛回犹杂处省城，议者皆言不可遽往。崇光迳行，军民父老喜，迎於郊，回众始稍敛。逆首马荣、马连升踞曲靖为巢穴。崇光知候补道岑毓英、降回总兵马如龙可用，四年春，令参将冯世兴与二人合师攻克曲靖，擒荣、连升等斩以徇，遂收马龙、寻甸，迤东肃清，遣提督赵德光克平江外贼巢，复广顺，进克贵州，黔西大定。五年，复普洱及思茅，云南军事渐利。
六年，卒，优诏赐恤。嘉其“沉毅有为，历官两广、云贵，皆不避艰险，俾地方日有起色”，赠太子太保，谥文毅。广西请建专祠，云、贵祀名宦祠。
论曰：粤匪之起也，始由疆臣玩误，继复将帅不和。李星沅、周天爵皆素以忠勤著，文宗采时誉而付以重任，於军事皆不得要领。及易以赛尚阿，而败坏益甚，虎兕出柙，遂不可制矣。劳崇光久在兵间，洪秀全北窜后已不顾旧巢，然伏莽四起，终赖湘军之力，数年而后克定；其於广东、云南皆受事於万难措置之时，履虎不咥，权略有足称焉。