十一年，予二品顶戴，起署云贵总督。云南回、汉相仇，稔乱已久。巡抚徐之铭倾险，挟回自重，总督张亮基为所齮龁去。布政使邓尔恒擢陕西巡抚，行至曲靖，之铭嗾副将何有保遣党戕害，以盗杀闻，命铎往治之。亮基亦被命赴滇督办军务。时之铭已为回众所挟持，所陈奏多夸诞，莫可究诘。铎、亮基先后取道四川，与骆秉章筹商，冀资其兵力以规进取。四川乱亦未平，遽不得要领。滇将林自清为亮基旧部，与回众不协，率所部入川。之铭虑亮基至於己不利，嗾回众扬言拒之，亮基益观望。铎秉性忠正，诏屡敦促，命赴贵州按事，遂由黔入滇，仅从仆数人。在途或以危词相怵，不之顾。
同治元年九月，抵任，治邓尔恒被戕之狱。何有保已前死，捕凶犯诛之。见抚局初定，省城稍安，屡密疏陈：“徐之铭尚能抚回，被劾各款，请俟张亮基到后会同查办。”又云：“马如龙求抚出於诚心，岑毓英鲠直有战功，加以阅历，乃有用之材。”铎意欲因势利导，徐图补救。於是诏亮基移署贵州巡抚，滇事专责铎与之铭，盖羁縻之也。回人掌教马德新，之铭所谄事。初见铎貌为恭顺，后渐跋扈。武职多越级僣用翎顶，之铭所擅赏，铎面斥之。元新营参将梁士美乃临安土豪，不与回教联和。马如龙誓欲剿灭，铎不可，强出师，与岑毓英同败归，欲添调兵练，铎复阻之。回绅田庆馀议设公局，通省粮赋税釐悉归之，文武职官亦由公举，铎以非政体斥止，由是马如龙等皆不悦。
马荣者，迤西回酋杜文秀之党，之铭檄署武定营参将。二年正月，荣忽率二千人至省城，踞五华书院，铎令出，迁延三日，乃亲往谕遣，荣抗恣不听，其所部回练遽攒刺，铎临殒骂不绝口。云南知府黄培林、昆明知县翟怡曾同被害。荣遂纵兵大掠，官衙民居悉遍。惟岑毓英勒兵守藩署，之铭遁往潜匿。越两日，毓英始殓铎尸。回众拥马德新为总督。马如龙在临安，闻警驰至，马荣已率众携所掠散去。如龙杀馀匪数十人及附乱者百馀，谓马德新不当为总督，取关防授之铭兼署。之铭以巡抚让如龙，如龙不受，遂令署提督，一切拱手听之。事闻，诏嘉铎“万里赴滇，不避艰险，见危授命，大节懔然”。依总督阵亡例赐恤，赠太子太保，予骑都尉兼云骑尉世职，入祀云南昭忠祠，谥忠毅。子四人，并录授京职。
当铎之亲谕马荣也，约之铭同往，竟不至。事定，疏奏诿为杜文秀勾结武定匪犯省城，又讳匿马荣委署参将事。论者谓荣之为乱，之铭实与知之。於是褫之铭职，听候治罪。授劳崇光总督，贾洪诏巡抚，皆不能至。云南军事分隶於马如龙、岑毓英，崇光驻贵阳遥制之，至五年，始入滇履任。马荣已先为如龙等剿除，之铭亦死，迄未就逮云。
邓尔恒，字子久，江苏江宁人，总督廷桢子。道光十三年进士，选庶吉士，授编修。出为湖南辰州府知府。父忧，服阕，补云南曲靖府。平寻甸叛回马二花，弥勒土匪吴美、朱顺，招抚昆阳回匪，甚有声绩，擢盐法道，累迁按察使、布政使。咸丰十一年，擢贵州巡抚，未行，调陕西。徐之铭袒回，营将多与通。副将何有保者，之铭私人，尤不法。虑尔恒入觐发其罪，讽有保害之以灭口。尔忄互行次曲靖，宿於知府署。有保使其党史荣、戴玉棠伪为盗，戕之，掠其行橐。有保索所劫物不得，执拷二人。玉棠潜逸，纠党攻杀有保。铎至，擒二人诛之。诏尔恒依阵亡例赐恤，予骑都尉世职，谥文悫。
论曰：吴文镕由卿贰出膺疆寄，凡十馀年，风采严峻，时推其治行亚於林则徐。潘铎亦负端人之望。二人者晚任艰危，并受事於岌岌之日，守正不阿，尽瘁完节，不可复以成败苛论矣。其死也，皆由同官所构陷。国家於岩疆要地，督抚同驻，岂非以资钤制，备不虞哉！然推诿牵掣，因之而生；甚且倾轧成衅，贻祸封疆。楚、滇覆辙，盖其昭著者也。至光绪中，其制始改焉。