十年，罢钦差大臣，命赴河南剿匪。御史林之望论劾，降授镶蓝旗汉军副都统。复坐剿匪不力，降授光禄寺卿，召回京。甫至，会英法联军内犯，命率八旗禁军驻定福庄，偕僧格林沁、瑞麟进战通州八里桥，败绩，胜保受伤，退保京师。停战议和，胜保收集各路溃军及勤王师续至者共万馀人。疏陈京兵亟应训练，拟议章程以进。命兼管圆明园八旗、内务府包衣三旗，亲督操练，是为改练京兵之始。
十一年，擢兵部侍郎，捻匪扰山东，诏分所部五千人畀僧格林沁往剿。寻命胜保赴直、东交界治防，连克丘县、馆陶、冠县、莘县，破贼老巢。招降捻首宋景诗，率众随军。复朝城、观城，命督办河南、安徽剿匪事宜。河北肃清，予优叙。
是年七月，文宗崩於行在，穆宗嗣位，肃顺、载垣、端华等辅政专擅。胜保昌言将入清君侧，肃顺等颇忌惮之。洎回銮，上疏曰：“政柄操之自上，非臣下所得专。皇上冲龄嗣位，辅政得人，方足以资治理。怡亲王载垣、郑亲王端华等非不宣力有年，赫赫师尹，民具尔瞻；今竟揽君国大权，以臣仆而代纶音，挟至尊而令天下，实无以副寄讬之望，而餍四海之心。该王等以承写朱谕为辞，居之不疑。不知皇上缵承大统，天与人归，原不以朱谕之有无为重。至赞襄政务，当以亲亲尊贤为断，不当专以承写为凭。先皇帝弥留之际，近支亲王多不在侧。仰窥顾命苦衷，所以未留亲笔朱谕者，未必非以辅政之难得其人，待皇上自择而任之，以成未竟之志也。嗣圣既未亲政，皇太后又不临朝，是政柄尽付之该王等数人。其讬诸掣签简放，钤用符信图章，以此取信於人，无如人皆不信，民碞可畏，天下难欺。近如御史董元醇条陈，极有关系，应准应驳，惟当断自圣裁，广集廷议，以定行止。乃径行拟旨驳斥，已开矫窃之端，大失臣民之望。道路之人皆曰：‘此非吾君之言也，非母后圣母之意也。’一切发号施令，真伪难分。众情汹汹，咸怀不服。夫天下者，宣宗成皇帝之天下，传之文宗显皇帝以付之我皇上者也。昔我文皇后虽无垂帘之明文，而有听政之实用。为今之计，非皇太后亲理万几，召对群臣，无以通下情而正国体；非特简近支亲王佐理庶政，尽心匡弼，无以振纪纲而顺人心。惟有籥恳皇上俯察刍荛，即奉皇太后权宜听政，而於近支亲王择贤而任，仍秉命而行，以成郅治。”奏上，会大学士周祖培等亦以为言，下廷议，从之。肃顺等并伏法。寻授镶黄旗满洲都统兼正蓝旗护军统领。
时捻匪肆扰皖、豫间，以张洛行为最强。苗沛霖自踞寿州，逼走巡抚翁同书后，佯称就抚，阴与粤匪陈玉成勾结。署巡抚贾臻被围於颍州，久不解。楚军已克安庆，陈玉成退踞庐州。朝廷本意安徽军事属之李续宜，用为巡抚。沛霖旧隶胜保部下，心惮楚军，扬言胜保来始薙发。贾臻以闻，诏促胜保援颍州。同治元年，遣军先进，为贼所挫。三月，胜保至，击破贼垒，围乃解，加兵部尚书衔。多隆阿等克庐州，陈玉成遁走，沛霖诱擒之，献於胜保军。诏於军前诛玉成，赦沛霖罪，许立功后复官。沛霖拥众号十万，所属二百馀圩。与张洛行势敌相仇，自请剿之，心实叵测。诏询曾国藩、官文、李续宜、袁甲三等，皆主剿。独胜保一意主抚，上疏言事权不一，身为客军，地方掣肘，请以安徽、河南两巡抚帮办军务，允之。迭诏训饬，褒其才略，戒其骄愎。卒不悛，力言沛霖无他，而为李续宜所疑，恐激变。续宜奉旨进驻颍州，亦迄不至。
会陕西回乱炽，多隆阿援军阻隔不能遽达。遂授胜保钦差大臣，督办陕西军务。八月，转战至西安，解其围。降捻宋景诗中途率众叛走。东路同州、朝邑犹为回踞，诏责胜保专剿东路，命多隆阿进军分任西路。胜保力不能制贼，而忌多隆阿，擅调苗沛霖率兵赴陕，严诏斥阻，不听。命僧格林沁大军监制，乃止。於是中外交章劾胜保骄纵贪淫，冒饷纳贿，拥兵纵寇，欺罔贻误，下僧格林沁及山西巡抚英桂、西安副都统德兴阿察实奏上，密诏多隆阿率师至陕，传旨宣布胜保罪状，褫职逮京，交刑部治罪，籍其家。
二年，王大臣会鞫，胜保仅自承携妾随营，呈诉参劾诸人诬告之罪。诏斥其贪污欺罔，天下共知，苗沛霖已戕官踞城，宋景诗反覆背叛，皆其养筴贻患，不得谓无挟制朝廷之意；念其战功足录，从宽赐自尽，并逮其从官论罪有差。当其被逮也，降捻李世忠已擢至提督，请黜己官为之赎罪，不许。御史吴台寿疏言胜保有克敌御侮之功，无失地丧师之罪，请从末减。台寿兄台朗在胜保军中，诏斥党附，褫台寿职。