十年正月，贼移垒罗山冲、白沙畈，与城贼互应。多隆阿定计以大围包裹援贼，以伏兵横截城贼，令步队诱敌，马队骤起围击。唐训方钞其后，朱品隆扼其右，鲍超遏其前，自率马步冲突陷阵，贼大败。次日，分军三路，鲍超等东出小池驿，朱品隆等西趋罗山冲，多隆阿自居中路，见贼屯袤广二十馀里，陈玉成踞罗山冲，尤为悍贼所聚，列队进攻，为贼阵所压，遂督中西两路效力攻山，奋呼直上，贼始败窜。鲍超亦由小池驿连破四路之贼，合队追奔，同攻贼垒，乘风纵火，贼栅、贼馆顷刻延烧，大小营垒百馀，一律平毁。金国琛等沿山兜击，贼前后受敌，夺路狂窜，连夜追剿，擒斩无算。城贼闻败，宵遁，伏兵四起，截杀未逸者，尽数歼之，即日克复太湖，乘胜追贼至潜山城下，亦克之。是役时称奇捷，推多隆阿首功，诏加头品顶戴。贼既败，回踞桐城，增垒为固。七月，多隆阿率军进逼城西，昼夜环攻，其西北山冈曰毛狗洞，贼垒最据形势，攻下之。俯瞰全城，掘隧道轰之，未克。陈玉成复纠捻匪自舒城来援，十月，於挂车河隔河而阵，连战败之。复与李续宜约期合攻，裹贼於中，战酣，以马队钞击，贼大败，歼殪近万，解散胁从万馀，贼弃垒夜遁，赐黄马褂。
陈玉成屡为多隆阿所挫，知不敌，乃谋犯湖北。是年冬，又纠众绕英、霍，陷蕲水，掠黄州、德安。十一年春，折回趋安庆，经挂车河，耀兵而过。多隆阿曰：“此示假道，不欲战也。”设伏山隘，令贼过呼噪勿击，而以轻骑蹑之，斩馘甚众。玉成入安庆，筑垒集贤关，多隆阿进驻高路埔。桐城、庐江诸贼二万馀，将与玉成联合。多隆阿分五路进击，迭败之於练潭、横山堡、金神墩、新安渡，馀贼遁回桐城。未几，悍贼黄文金纠众二万馀踞天林庄，击走之。陈玉成留悍党守集贤关，自率马步五六千窜马踏石，欲与桐城诸贼会合。多隆阿要击於河岸，卻之。四月，玉成复率诸酋合粤、捻三万馀人图上犯，以解安庆之围。多隆阿分路设伏，扼之於挂车河，左右往来冲击，伏发，四面夹攻，歼毙八九千，追剿，五战皆捷。贼仍退桐城，安庆之援遂绝。
官文、胡林翼疏陈多隆阿朴诚忠勇，智略冠军，为众所悦服，於是奉帮办军务之命。八月，安庆克复，急令穆图善攻桐城，即日克之。数日中连克宿松、黄梅，而舒城贼亦弃城走庐州，予云骑尉世职。擢正红旗蒙古都统，又擢荆州将军。进规庐州，同治元年春，连破贼，绝其运道，贼党相率投诚，散遣千馀人。四月，大破援贼，陈玉成战败不敢入城，窜走，遂克庐州。令穆图善、雷正绾追玉成，玉成奔寿州，为练总苗沛霖擒献胜保营，诛之。捷闻，优诏褒嘉，加予骑都尉世职。
寻命督办陕西军务，率所部西征。时粤匪陈得才合捻匪姜台凌、张洛行众二十万，三路窥陕。多隆阿令雷正绾、陶茂林率三千人前驱，大军继之，七月，抵商南。陈得才蹑后路，图截饷道，乃率穆图善回军掩击，大破贼於荆子关。贼夜遁，令马队追贼，步队休息，自携数十人入商南，姜台凌大队突薄城下。调卫队四营犹未至，阳示镇静，设伏城外，亲率百馀人开城冲出，伏兵齐应，贼不知众寡，仓皇退窜。次日，复出城诱战，正与相持，总兵朱希广率四营由间道来援，连日力战，擒斩二千馀，贼乃西窜，檄温德勒克西马队要截，王万年步队蹑追。金顺守荆子关，陶茂林遏武关，自率亲军於捉马沟筑垒，贼夜来袭，俟其近，排枪炮击之，穆图善自外夹攻，毙贼无算。至晓，见贼蚁聚，亘数十里，令降俘指认贼旗居中之红边白旗为姜台凌，先集攻之。战方酣，自率穆图善从山侧绕击，贼败如山倒，斫杀万计，追至三角池，截其尾队。姜台凌仅以身免，张洛行闻风亦遁。诏嘉其旬日内剿除巨寇，颁赐黄马褂及江绸刀〈角枼〉，以示优异。
时胜保入陕督师，移多隆阿赴南阳防剿，连败贼於樊城、唐县。寻复命赴陕。十一月，入潼关。胜保以罪逮，诏授多隆阿钦差大臣，督办军务。
回匪方炽，遍扰东西北三路，陕南则为粤、捻、川匪所出没。多隆阿令雷正绾任西路，自剿东路，克韩村、背坡诸贼营，同州解围。二年春，督军并攻王阁村、羌白镇，破之。回匪自倡乱，至是始被痛创，遂进攻仓头镇。多隆阿积劳致病，将士亦多染疫，遣将分攻庞谷、雷化、乔千、孝义诸镇，皆克，惟仓头为老巢，负嵎未下。四月，移营进逼，挥军纵击，破其土城，贼大奔，追杀无算，东路肃清。令曹克忠一军赴西安护运道，自率穆图善等攻高陵，分路夹击，八月，克之，扫荡附近贼巢。